|
|<
<< Page précédente
1
2
3
4
5
6
Page suivante >>
>|
|
documents par page
|
Tri :
Date
Titre
Auteur
|
|
Biologie et physiologie végétales
/ 17-07-2023
Mounier Léa
Voir le résumé
Voir le résumé
Depuis l’essor des nanoparticules d’oxydes de fer (NPs-OxFe), leur application a rapidement été étendue à la gestion environnementale car leurs propriétés physico-chimiques leur confèrent une affinité spécifique pour l'adsorption des éléments traces. Dès lors, les recherches sur la nanoremédiation se sont accrues pour tenter d’améliorer les processus de phytoremédiation existants. La première partie de cette thèse étudie l’impact à long terme des NPs-OxFe sur une culture de tournesol dans un contexte de sol pollué par le plomb. Leur phytotoxicité, nanofertilisation, mobilité, ainsi que leur potentiel de nanoremédiation y sont examinés. Dans cette étude, nous montrons que les NPs-OxFe ne génèrent aucune phytotoxicité, réduisent le stress oxydatif et sont peu mobiles dans le sol. De plus, elles améliorent la phytoextraction du plomb tout en limitant le lessivage de celui-ci vers la solution du sol. Dans un second temps, des travaux étudiant l’effet sur les plantes d’un cocktail d’éléments traces associés à l’application de NPs-OxFe sont menés. Le cocktail de contaminants n’induit pas de phytotoxicité. La réponse des plantes à l’exposition des NPs-OxFe se traduit par une augmentation de la biomasse végétale, une amélioration de la phytoextraction du cadmium et cuivre ainsi que de la réduction de l’accumulation de l’arsenic. L’ajout de NPs-OxFe enrobées à l’acide citrique induisent des effets similaires en toutes proportions à ceux des NPs-OxFe seules. À l’ensemble de ses résultats s’ajoute également une observation et quantification de l’amélioration de la tolerance au stress hydrique chez les plantes de tournesol traitées aux NPs-OxFe.
|
|
Écologie, évolution
/ 07-07-2023
Middleton Harriet
Voir le résumé
Voir le résumé
Ici, grâce au séquençage petits ARNs, nous avons découvert la présence de miARNs dans la rhizosphère d’Arabidopsis thaliana et Brachypodium distachyon. A travers le séquençage 16S/ITS des communautés microbiennes des racines et de la rhizosphère de plantes mutantes, affectées dans la biosynthèse des petits ARNs, nous avons observé le rôle structurant de ces derniers sur le microbiote. Nous avons d’ailleurs confirmé ce rôle en utilisant une approche plus fine, à base de miRNA-endoded peptides (miPEPs), qui permettent d’augmenter la production spécifique d’un miARN in planta. Cette méthodologie a démontré l’impact que peut avoir un unique miARN rhizosphérique sur la composition du microbiote. Afin d’évaluer le mécanisme moléculaire derrière ce shift taxonomique, nous avons mis au point au outil de prédiction des cibles de miARNs de plantes dans des génomes bactériens. La confirmation biologique de certains gènes cibles a été faite, d’abord en explorant le transcriptome, en confrontant une culture bactérienne à un mélange de miARNs synthétiques, imitant ceux de la rhizosphère ; puis, de façon plus fine, en applicant le miPEP159c sur des plantules d’A. thaliana, parallèlement inoculées avec Variovorax paradoxus EPS et en quantifiant les gènes cibles par qPCR. L’ensemble de ces résultats démontre que les miARNs de plantes retrouvés dans la rhizosphère ont un rôle de modulation de la composition et de l’activité du microbiote racinaire et rhizosphérique.
|
|
Sciences de la terre et de l'environnement
/ 02-06-2023
Chen Chen
Voir le résumé
Voir le résumé
Les antibiotiques sont devenus omniprésents dans l'environnement en raison de leur utilisation généralisée en médecine humaine et vétérinaire, ainsi qu'en agriculture. Ces composés peuvent persister dans les sédiments pendant de longues périodes, impactant potentiellement les processus microbiens et le fonctionnement des écosystèmes. Cependant, les effets des polluants antibiotiques sur les bactéries peuvent être atténués par des minéraux naturels, tels que les oxydes de manganèse. Par conséquent, cette thèse se concentre sur les effets des antibiotiques sur les bactéries et les processus de dénitrification dans les écosystèmes sédimentaires fluviaux, en mettant l'accent sur l'interaction entre les antibiotiques, les minéraux et les bactéries. Dans la première partie, la résistance aux antibiotiques d'une bactérie dénitrifiante non pathogène, Pseudomonas veronii, a été étudiée ainsi que l’effet de plusieurs antibiotiques représentatifs sur son activité dénitrifiante. Dans la deuxième partie, les mécanismes de transformation de la ciprofloxacine et de la tétracycline par un minéral commun du sol, la birnessite (MnO2), ont été étudiés pour déterminer les effets des sous-produits de transformation sur la croissance et l'activité de la mêmee bactérie dénitrifiante. La troisième partie s'est concentrée sur le transport de la ciprofloxacine et de la tétracycline dans les sédiments de l'estuaire de la Seine (France), dans des conditions de réduction de nitrate. Ces résultats améliorent notre compréhension de l'activité antimicrobienne et de la toxicité des antibiotiques et de leurs sous-produits d'oxydation, en particulier contre les bactéries environnementales, ce qui a des implications importantes pour l'agriculture durable, la gestion de la qualité de l'eau et des sédiments, et les cycles biogéochimiques globaux.
|
|
Écologie, évolution
/ 08-03-2023
Roudine Sacha
Voir le résumé
Voir le résumé
Les pucerons des céréales transmettent les virus de la jaunisse nanisante de l’orge (JNO) dans les cultures de céréales à l’automne et en hiver, responsables de dégâts importants. Avec le réchauffement climatique et l’interdiction récente du traitement des semences aux néonicotinoïdes, considérés comme les insecticides les plus efficaces, on s’attend à une augmentation de l’abondance des pucerons à cette période et donc de l’incidence des virus de la JNO. Une alternative à la lutte chimique consiste à manipuler la diversité végétale pour favoriser la lutte biologique des pucerons en fournissant refuge et nourriture à leurs ennemis naturels (parasitoïdes et prédateurs). Cependant, ce service de régulation des pucerons est très rarement associé à la dynamique des virus qu’ils transmettent. L’objectif de la thèse est donc de déterminer si l’implantation de couverts fleuris en hiver est favorable aux ennemis naturels et permet de réduire les densités de pucerons, l’incidence des virus et les dégâts dans la parcelle de céréales adjacente. Elle vise également à apporter de nouvelles connaissances sur l’épidémiologie des virus de la JNO en hiver. La densité de pucerons et l’incidence des virus sont réduites à proximité du couvert mais sans conséquence sur les dégâts et les rendements. Ces travaux fournissent un premier exemple illustrant comment la manipulation de la diversité végétale en bordure de champs permet de réduire l’incidence des virus. Associer l’aménagement de ces infrastructures agro-écologiques avec d’autres pratiques culturales, comme le décalage des dates de semis, permettrait de maintenir l’incidence de la JNO en dessous du seuil tolérable de dégâts.
|
|
Écologie, évolution
/ 14-12-2022
Mallick Soumen
Voir le résumé
Voir le résumé
Beaucoup arthropodes se nourrissant des arbres. Pour réussir, ces arthropodes doivent concorder aux caractéristiques des arbres. Nous avons émis l'hypothèse que les arthropodes concordent mal lorsque les arbres sont entourés de voisins phylogénétiquement éloignés, en raison de la réduction des échange d'arthropodes entre les arbres voisins. Plus précisément, l'isolement phylogénétique empêche les arthropodes de profiter (i) des arbres riches en ressources, (ii) des arbres qui débourrent rapidement, et (iii) des arbres avec un microclimat chaud. Nous avons étudié si : (i) il y a plus d'herbivorie sur les arbres avec des feuilles plus grandes et de meilleure qualité (utilisation proportionnelle des ressources), (ii) les chenilles sont plus grandes sur les arbres avec des bourgeons qui éclatent plus tôt, et se nymphosent plus tôt sur les arbres avec des feuilles qui mûrissent plus tôt (concordance phénologique), et (iii) les arthropodes de petite taille dominent sur les arbres avec un microclimat chaud permettant d'atteindre la maturité à une petite taille (règle température/taille). Nous avons prédit que ces relations disparaissent parmi les arbres phylogénétiquement isolés. Nous nous sommes concentrés sur l'espèce d'arbre la plus diversifiée en arthropodes d'Europe occidentale, Quercus petraea (hybridé avec Q. robur), dans une forêt de l'ouest de la France. Nous avons constaté que lorsque les arbres hôtes étaient phylogénétiquement isolés (i) l'herbivorie n'augmentait plus proportionnellement à la taille des feuilles, (ii) la concordance phénologique diminuait, en particulier sur les arbres à éclatement rapide, et (iii) la relation température/taille changeait. Nous suggérons que l'isolement phylogénétique empêche les arthropodes de choisir efficacement les arbres avec des ressources abondantes, une phénologie et un microclimat approprié. Nos résultats suggèrent donc que pour éviter une herbivorie excessive, les arbres devraient pousser loin des espèces phylogénétiquement proches (ou alternativement débourrer lentement).
|
|
Écologie, évolution
/ 13-12-2022
Misteli Benjamin
Voir le résumé
Voir le résumé
Les proliférations végétales sont une source majeure de préoccupations pour les gestionnaires. Les herbiers denses de macrophytes peuvent entraver les activités humaines telles que la navigation de plaisance, la pêche, etc. Afin de limiter ces nuisances, l’arrachage mécanique est la mesure de gestion généralement utilisée. Néanmoins, ces herbiers aquatiques constituent des habitats pour la faune et un potentiel support de biodiversité. Les effets des herbiers denses de macrophytes et de leur arrachage sur la biodiversité ne sont pas clairement connus. Nous supposons que les herbiers denses de macrophytes ont un impact positif sur la richesse et l'abondance du zooplancton, du phytoplancton et des macroinvertébrés. Ainsi, notre hypothèse est que l’arrachage réduise la biodiversité dans les sites gérés. Nos résultats ont démontré que la présence des herbiers de macrophytes est favorable à la biodiversité et ce pour les trois groupes étudiés. Toutefois l’effet est site dépendant. Nous avons mis en évidence par ailleurs qu’une pression d'échantillonnage plus importante est nécessaire au sein des herbiers par comparaison avec l’eau libre. Nous avons également établi que le zooplancton est influencé par la présence de plantes mais que l’effet varie en fonction du type biologique de l’espèce de macrophyte. L' arrachage mécanique des macrophytes affecte négativement la biodiversité globale, en particulier le zooplancton et les assemblages de macroinvertébrés. En revanche, il a un effet positif sur le phytoplancton. L’impact de l’arrachage sur les communautés est plus marqué une semaine après mais diminue avec le temps. Il est également site dépendant. Cette thèse souligne l'importance de considérer les impacts de la gestion sur les services écosystémiques (rôle d’habitat) et sur la biodiversité dans le cadre du développement durable.
|
|
Écologie, évolution
/ 13-12-2022
Brazier Thomas
Voir le résumé
Voir le résumé
La recombinaison méiotique est une caractéristique universelle des espèces à reproduction sexuée durant laquelle les crossovers jouent un rôle fondamental pour la ségrégation des chromosomes et le brassage des allèles. Une question centrale pour la compréhension des conséquences génomiques de la recombinaison est de savoir comment varie la recombinaison au sein d'un génome et entre espèces. Nous avons caractérisé et comparé les patrons de recombinaison chez un large nombre de plantes à fleurs dans un contexte de génomique comparative. À une large échelle, nous avons trouvé deux patrons principaux (et quelques exceptions) associés à la taille de chromosome et la densité en gènes. Dans les chromosomes les plus larges les crossovers sont redistribués vers la périphérie du chromosome, ce qui correspond globalement à la distribution sous-jacente des gènes, influençant ainsi l'efficacité du brassage génétique. À une échelle plus fine, nous avons détecté des gradients de recombinaison 5'-3' dans les régions codantes chez une dizaine d'espèces couvrant une bonne diversité phylogénétique et de caractéristiques génomiques. Les gradients de recombinaison sont principalement organisés par la position et l'intensité des hotspots ainsi que la structure des gènes. Les deux extrémités des régions codantes ont un taux de recombinaison globalement plus fort que le milieu des gènes, ce qui implique que les gènes les plus courts recombinent plus. Ces résultats mettent en avant de nouvelles questions sur l'évolution des taux de recombinaison mais aussi sur l'impact de la recombinaison sur la diversité des patrons génomiques tels que le polymorphisme ou la composition en bases des génomes.
|
|
Écologie, évolution
/ 12-12-2022
Gerber Rémi
Voir le résumé
Voir le résumé
Les écosystèmes sont connectés par des flux de matière, d’organismes et d’énergie : on parle de méta-écosystème. Les milieux aquatiques ont longtemps été considérés comme receveurs des flux terrestres. Mais ils sont également émetteurs de flux, notamment au travers des insectes qui émergent des milieux aquatiques. Les rôles des insectes aquatiques adultes dans les environnements terrestres ont été récemment mis en évidence. Ils constituent une importante biomasse et sont des proies d’une qualité nutritionnelle supérieure aux invertébrés terrestres pour de nombreux consommateurs terrestres. Ils sont également pollinisateurs, fertilisants et participent au maintien des ennemis naturels des ravageurs de cultures. Néanmoins le stade imaginal des insectes aquatiques reste peu étudié et il existe un manque de connaissances important sur leur biologie, leur vol et leurs mouvements. Comprendre comment ils se déplacent permet donc de mieux appréhender l’ensemble de leurs rôles dans les écosystèmes terrestres. Afin d’affiner ces connaissances, nous nous sommes intéressés aux réserves énergétiques et à la morphologie des insectes aquatiques adultes, deux traits biologiques liés au vol des insectes. Nous avons mis en évidence que ces traits sont partiellement reliés aux stratégies de dispersion et de reproduction. Nous avons également analysé l’influence des facteurs paysagers sur leurs mouvements. À partir de l’ensemble des milieux aquatiques (rivière, étangs, fossés) dans une zone de 140 ha et de facteurs liés à l’eau, aux boisements et à l’ensoleillement, nous avons pu prédire la distribution des éphémères et des plécoptères dans un paysage agricole. En fonction des ordres, les insectes aquatiques occupent jusqu’à 33 % du territoire. Nous avons proposé le terme d’« aquaticscape » pour prendre en compte tous les milieux aquatiques et leur emprise sur les écosystèmes terrestres via les insectes aquatiques adultes.
|
|
Écologie, évolution
/ 09-03-2022
Maréchal Jeanne
Voir le résumé
Voir le résumé
Les sols et la biodiversité qu’ils abritent fournissent de nombreux services écosystémiques participant à l’amélioration du cadre de vie en milieu urbain. Cependant, l’artificialisation croissante constitue un facteur majeur de dégradation des sols et d’érosion de la biodiversité. L’ingénierie pédologique apporte des réponses techniques pour la reconstitution de sols fertiles support de végétation. Peu d’études ont permis à l’heure actuelle de caractériser l’efficience à court et long terme de ces processus d’ingénierie sur les propriétés physiques, chimiques et biologiques de ces sols en conditions réelles de projets d’aménagement. De plus, ces processus n’incluent aucune prise en compte de la biodiversité des sols, et en particulier des vers de terre, acteurs clés de l’écosystème sol. Ces derniers sont susceptibles d’être fortement impactés par les perturbations engendrées lors des étapes de reconstitution de sol mais également par la rupture des continuités écologiques inhérente au milieu urbain, isolant les sols et les populations lombriciennes par des barrières anthropiques telles que des routes ou des trottoirs. Le premier objectif de la thèse était de caractériser à l’aide d’une quarantaine d’indicateurs les composantes physiques, chimiques et biologiques de la fertilité de Luvisols anthropisés de 30 ans issus d’une ingénierie basique impliquant un décapage peu profond et aucun amendement organique, et des Anthroposols reconstitués de 4 et 20 ans issus d’une ingénierie élaborée impliquant un décapage profond et un amendement organique. Le deuxième objectif était de caractériser les communautés lombriciennes dans ces mêmes sols et d’appréhender les impacts de leur isolement, partiel ou total, par rapport à de potentiels réservoirs. Les résultats montraient dans les Anthroposols un effet très positif de l’amendement organique sur la fertilité, stimulant particulièrement l’activité lombricienne dans les horizons de surface des sols de 4 ans. Vingt ans après leur mise en place, la fertilité des Anthroposols était supérieure à celle de Luvisols anthropisés non amendés, notamment en termes d’activité lombricienne et racinaire. L’isolement n’avait aucun impact sur les communautés lombriciennes des Anthroposols de 4 ans et les Luvisols anthropisés tandis que l’isolement total engendrait une faible abondance et la perte de trois catégories écologiques dans les Anthroposols de 20 ans. Cette thèse met en évidence les impacts contrastés des processus d’ingénierie pédologique sur les fonctions de fertilité et de réservoir de biodiversité lombricienne ainsi que sur l’intégration des sols au sein d’une Trame Brune urbaine permettant les déplacements des lombriciens au sein de la matrice urbaine.
|
|
Écologie, évolution
/ 04-02-2022
Omoniyi Gbenga Emmanuel
Voir le résumé
Voir le résumé
La dégradation généralisée d'origine anthropique du système lotique a nécessité la restauration de nombreux cours d'eau dans le monde entier. En Europe, la Directive Cadre sur l'Eau de l'Union européenne impose à tous les États membres de restaurer les cours d'eau pour qu'ils atteignent un bon état écologique et propose une évaluation basée sur les éléments structurels de l'écosystème pour surveiller l'état écologique des cours d'eau restaurés. Cependant, les composantes de l'état écologique des cours d'eau comprennent des éléments structurels mais également fonctionnels. En raison de la non homogénéité des résultats issus des évaluations de la biodiversité en tant qu'indicateurs de l'état écologique des cours d'eau restaurés, un besoin croissant de protocoles d'évaluation plus adaptés et inclusifs sont requis. Nous proposons l'oxygénation du lit du cours d'eau et le taux de décomposition de la litière comme indicateurs fonctionnels en plus des indices classiques basés sur les communautés de macro-invertébrés pour surveiller le succès de la restauration de cours d'eau situés en tête de bassin versant. Nous avons montré que les indicateurs fonctionnels proposés sont complémentaires aux indicateurs relatifs à la diversité biologique pour suivre la restauration écologique. Nous avons également constaté qu'en combinaison avec les indices de biodiversité, ces indicateurs fonctionnels sont utiles pour démêler les effets d'autres facteurs des impacts des activités de restauration sur la santé des cours d'eau. Cette thèse souligne également l'importance d'élaborer un programme de surveillance suffisamment long pour dissocier les effets à court et à long terme des opérations de restauration.
|
|
|<
<< Page précédente
1
2
3
4
5
6
Page suivante >>
>|
|
documents par page
|