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Écologie, évolution
/ 29-03-2024
Burban Ewen
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La caractérisation des mécanismes qui sous-tendent l'isolement reproductif entre des lignées divergentes est essentielle pour comprendre le processus de spéciation. Au cours de leur évolution, les populations développent progressivement un isolement reproductif (IR) en passant par des étapes intermédiaires, souvent appelées "zone grise de la spéciation". L'établissement de l'IR se manifeste par l'apparition de régions génomiques qui agissent comme des barrières réduisant le flux de gènes local par rapport au reste du génome. Les approches de génomique des populations impliquent donc l'identification de locus avec des signatures spécifiques, différentes du reste du génome. Cependant, d'autres processus peuvent créer des signatures similaires, ce qui fait de la détection des barrières une tâche difficile. Dans ma thèse, j'ai développé un nouvel outil, RIDGE - Reproductive Isolation Detection using Genomic Polymorphisms – un nouvel outil libre et portable adapté en particulier aux approches comparatives. RIDGE utilise une approche ABC (Approximate Bayesian Computation) et de “model averaging” basée sur des “random forest” pour prendre en compte divers scénarios de divergence entre lignées. Il prend en compte l'hétérogénéité du taux de migration, de la sélection en liaison et de la recombinaison le long du génome, estimant la proportion de barrières et effectuant des tests par locus pour détecter les barrières au flux génique. Des simulations et des analyses de jeux de données publiés sur des paires d'espèces de corbeaux indiquent que RIDGE est efficace pour détecter la migration en cours et identifier les locus barrières, même pour des temps de divergence récents. De plus, la contribution des statistiques résumées varie en fonction du jeux de données, ce qui met en évidence la complexité des signaux génomiques des barrières et l’intérêt de combiner plusieurs statistiques résumées. Par la suite, j'ai appliqué RIDGE à des paires de populations sauvages/domestiques : le maïs (allogame) et le millet (autogame), les deux ayant été domestiquées il y a environ 9 000 ans. Des flux de gènes entre les formes ont été documentés dans ces deux systèmes. Les modèles avec migration continue au cours du temps et hétérogène le long du génome sont clairement ressortis comme dominants. RIDGE a également démontré sa capacité à distinguer les locus barrière des locus de domestication (qui ont subi des balayages sélectifs au sein des formes domestiques). Les perspectives de ce travail comprennent l'application de RIDGE à de multiples paires population/espèce englobant un large spectre de divergence afin de déterminer les bases génomiques de l’IR au cours de la spéciation, de tester la théorie de «l’effet boule de neige” formulée par Orr en 1995 ou de déterminer la nature des gènes de spéciation.
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Signal, image, vision
/ 22-03-2024
Lecesne Erwan
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Les travaux de cette thèse s’inscrivent dans le contexte clinique visant à optimiser le geste lors des interventions endoventriculaires cardiaques. Cette recherche se concentre principalement sur le guidage en vue du diagnostic et du traitement des affections endoventriculaires à l’aide de cathéters. L’intervention considérée est la biopsie endoventriculaire utilisée pour diagnostiquer les patients atteints de sarcoïdose cardiaque. En effet, le cathéter doit être guidé avec précision vers la zone de fibrose. Cependant, l’absence d’informations visuelles précises sur la localisation de la fibrose pendant l’intervention accroît le risque de faux négatifs pour les échantillons prélevés. De plus, il existe un risque de complications telles que la perforation myocardique, également appelée tamponnade cardiaque. Les objectifs de cette thèse sont articulés en deux parties distinctes :
La première partie, préopératoire, consiste à élaborer un modèle 3D du cœur, englobant le ventricule gauche, le ventricule droit et le myocarde. Ce modèle est construit à partir de segmentations d’images d’IRM, notamment des séquences ciné pour les structures principales et LGE pour localiser les zones de fibrose. Les méthodes de segmentation développées reposent sur l’apprentissage profond, et la méthode de segmentation de la fibrose fait l’objet d’une publication en cours. La seconde partie, peropératoire, vise à assis- ter la procédure en fournissant des informa- tions précises sur l’anatomie et la localisation de la zone fibrosée. Cela permet d’optimiser le positionnement du cathéter en périphérie de cette zone fibrosée, contribuant ainsi à améliorer la précision et l’efficacité de l’intervention. Enfin, l’ensemble de la chaîne de traitement a été expérimenté avec succès sur trois patients, procurant ainsi un retour d’expérience du clinicien. Ces avancées visent à réduire les risques liés à la biopsie endoventriculaire et à accroître la précision du diagnostic de la sarcoïdose cardiaque, ouvrant ainsi la voie à des progrès significatifs dans la prise en charge de cette pathologie.
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Pharmacie
/ 19-03-2024
Sinama-Pongolle Gaëtan
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Cette thèse se focalise sur les problèmes sexuels potentiellement retrouvés chez les patients atteints de la maladie de Parkinson. Cela est un aspect souvent méconnu mais essentiel à la qualité de vie du patient et de leur entourage. Alors que la recherche sur la maladie a progressé dans la compréhension des troubles moteurs, les troubles sexuels, restent eux, peu étudiés. Cette thèse tente d’explorer la relation complexe entre la maladie de Parkinson et les divers problèmes sexuels, examinant les mécanismes physiopathologiques, les répercussions psychosociales, et les stratégies de prise en charge, pour offrir une perspective complète sur ce défi souvent négligé. En tant que professionnel de santé souvent proche du patient, le pharmacien d’officine aurait donc son rôle à jouer dans la prise en charge globale du patient souffrant de cette maladie neurodégénérative.
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Photonique
/ 22-02-2024
Hjeij Maroun
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Cette thèse se concentre sur la conception de l'architecture d'un système d'imagerie hyperspectrale active dans le moyen infrarouge, mettant l'accent sur la mesure précoce et précise du stress hydrique chez les plantes. Malgré le potentiel élevé de cette technologie en agriculture, son utilisation demeure limitée en raison du coût des équipements. L'objectif de l'étude est d'améliorer la compréhension technologique et scientifique de l'imagerie hyperspectrale active, en évaluant l'impact du speckle sur les images et en proposant des solutions numériques et optiques. L'intégration d'un diffuseur rotatif a permis de réduire le speckle, tandis que des améliorations de l'éclairage ont préservé la résolution des images. L'étude a révélé que la source laser active induit des distorsions liées au déplacement du faisceau lors de modifications de la longueur d'onde, avec des fluctuations de puissance atteignant environ 20 %. Ces difficultés ont été surmontées grâce à l'utilisation de miroirs motorisés calibrables et d'un anneau de référence, réduisant les fluctuations de puissance à 2,8 % grâce à un algorithme de compensation. En conclusion, le banc expérimental caractérise les échantillons végétaux en termes de stress hydrique, permettant une détection précoce dès le quatrième jour, avec des applications potentielles dans divers domaines pour la caractérisation des matériaux dans une scène observée.
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Pharmacie
/ 16-02-2024
Le Meur Marion
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Implanter des colonies sur la Lune et sur Mars, deux objectifs que les grandes entreprises et institutions du spatial se sont fixés pour les prochaines décennies. Ces voyages de plusieurs mois soulèvent des défis techniques et médicaux majeurs. Plus le voyage est long, plus le risque de blessures est important, et l’inquiétude première réside dans l’apparition d’une infection chez l’un des astronautes. Les conditions extrêmes du vol spatial habité ont des conséquences néfastes sur le système immunitaire. Ces conditions ne préviennent pas la croissance des microorganismes, au contraire la capsule spatiale est un environnement dans lequel les pathogènes opportunistes s’adaptent, développant des caractéristiques qui augmentent leur virulence. Le risque infectieux est donc important lors de ces missions de longue durée et constitue un axe de recherche à part entière. La finalité est d’envisager des nouvelles mesures de protection pour assurer la sécurité des futurs équipages.
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Pharmacie
/ 09-02-2024
Bellec Fiona
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Depuis des siècles, le sommeil ne cesse de fasciner du fait de ses mécanismes complexes. Bien qu’il relève d’un besoin vital, la qualité et la quantité du sommeil diminue continuellement en France, s’expliquant par de nombreux troubles du sommeil et principalement l’insomnie. L’insomnie est un problème de santé publique qui touche quasiment 20% de la population française. Ce trouble possède de nombreuses répercussions sur la vie quotidienne des personnes dont il est important d’y remédier. Pour cela, une prise en charge est possible par les techniques cognitivo-comportementales (TCC) ainsi que par la prise de médicaments hypnotiques. Cependant, les hypnotiques sont enclins à de nombreux effets indésirables et possèdent un risque de dépendance et de tolérance non négligeable. Depuis quelques années, des équipes de recherches ont développés une nouvelle classe médicamenteuse : les antagonistes des récepteurs aux orexines. Ces molécules se présentent comme une potentielle alternative aux hypnotiques usuels. Ce manuscrit a pour but d’évaluer quelle serait la place des antagonistes des récepteurs aux orexines dans la prise en charge de l’insomnie selon des critères d’efficacité et de sécurité. Pour cela, la méthode PRISMA a été utilisée comme référence pour effectuer une revue systématique de la littérature. Au total, 41 études ont été incluses dans cette revue.
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Informatique
/ 05-02-2024
Le Dilavrec Quentin
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Les systèmes informatiques jouent un rôle central dans les sociétés contemporaines, se développant et s'adaptant continuellement pour répondre aux nouvelles exigences et pratiques. Au fil des ans, grâce à des efforts de développement importants et à de nombreuses mises à jour du code, ces systèmes peuvent accumuler des millions de lignes de code. En outre, ils présentent des caractéristiques de complexité, de configurabilité et de multilinguisme, et s'appuient sur des pipelines de construction vastes et complexes pour cibler de multiples plateformes et matériels. Ce qui nécessite des analyses de code approfondies pour maintenir le code, contrôler la qualité et détecter les erreurs. L'analyse automatisée du code est un processus coûteux en ressources, principalement conçu pour examiner une seule version d'un logiciel. Actuellement, les méthodes d'analyse de code existantes peinent à évaluer efficacement plusieurs versions de logiciels au cours d'une seule analyse, ce qui prend beaucoup de temps. Ce type d'analyse de code, qui examine le code d'un logiciel à plusieurs moments de son existence, est appelé "analyse de code temporel". Les analyses temporelles de code ouvrent de nouvelles perspectives pour l'amélioration de la qualité et de la fiabilité des logiciels. Par exemple, de telles analyses permettraient d'étudier pleinement la façon dont le code et ses tests évoluent conjointement dans l'historique du code. Pour surmonter les différents défis qui empêchent de telles analyses de fonctionner à grande échelle, cette thèse apporte les contributions suivantes. Cette thèse démontre d'abord la faisabilité de l'analyse des changements de code source pour identifier les relations de causalité entre les changements (c'est-à-dire les co-évolutions). La deuxième contribution porte sur l'efficacité du calcul des modifications fines et de leurs impacts à partir de l'historique des codes. Pour ce faire, il a fallu revoir la manière dont les historiques des codes sources sont représentés et traités, en tirant parti de la nature structurée du code et de sa stabilité dans le temps. Cela a conduit à une approche, appelée HyperAST, qui calcule de manière incrémentale les dépendances référentielles. La troisième contribution est une nouvelle technique de différenciation structuré de code pour différencier les commits. Cette dernière contribution, appelée HyperDiff, complète HyperAST pour comparer les commits à grande échelle.
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Biologie et physiologie végétales
/ 24-01-2024
Boulc'h Pierre-Nicolas
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Le signal RMN de relaxation transversale de la feuille de colza permet de révéler la mise en place des changements structuraux et de distribution de l’eau dans le mésophylle au cours du développement foliaire. A la transition puits-sources, ces modifications sont susceptibles d’altérer la réponse adaptative au stress hydrique. L’objectif de la thèse était d’interpréter les variations du signal RMN et de comprendre l’effet de ces changements sur la régulation des flux d'eau en réponse à la sécheresse. En combinant des approches de relaxométrie RMN, diffusiométrie, IRM, physiologie, microscopie et multi-omiques, il a été possible de caractériser les structures cellulaires, les solutés impliqués dans l’ajustement osmotique, les relations hydriques à l’échelle des tissus ou de l’ensemble du limbe sur des plantes de colza en conditions hydrique optimales, stressées ou réhydratées. Les résultats obtenus ont montré le rôle de la plasticité structurelle et métabolique dans la réponse adaptative des feuilles. L’imagerie IRM a révélé l’hétérogénéité des structures et de l’état hydrique à l’échelle du limbe, tandis que les résultats de la mesure du coefficient d’autodiffusion vacuolaire soutiennent un accroissement de la teneur en eau dans les vacuoles des cellules du parenchyme palissadique à la transition puits-source et sa diminution en réponse au stress hydrique. Ces résultats pourront alimenter les modèles existants sur le fonctionnement hydraulique foliaire.
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Pharmacie
/ 19-01-2024
Bertrand Florian
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Aux Etats-Unis, le cout des médicaments représente une part substantielle des dépenses pour les ménages (1126$ par an par habitant). Les autorités ont tenté d’améliorer l’accès aux médicaments en développant une voie d’accès au marché abrégé pour les médicaments génériques. Cependant l'avènement des nouvelles thérapies, majoritairement biologiques, ont fait exploser les dépenses de santé ces dernières années. Les Etats-Unis ont tardivement développé une voie d’accès pour les médicaments biosimilaires. Ces différentes législations, s'efforcent de concilier innovation et concurrence tout en poursuivant un objectif commun : améliorer l’accès aux médicaments. Les médicaments génériques ont démontré leur capacité à générer des économies, dépassant 1000 milliards de dollars entre 2011 et 2021 aux USA. Les biosimilaires devront affronter de nombreux défis mais il est estimé qu’ils puissent générer des économises de 40 milliards par an à partir de 2026.
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Cancérologie
/ 15-01-2024
Le Reste Pierre-Jean
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Le glioblastome (GBM) est la plus fréquente des tumeurs cérébrales malignes. Son pronostic reste très mauvais malgré des thérapeutiques multimodales, la médiane de survie étant d’environ 15 mois. Le reticulum endoplasmique (RE) est un organite intracellulaire aux rôles multiples, notamment la production et le repliement des protéines. Dans certaines conditions de stress cellulaire, le RE peut être soumis à une accumulation de protéines mal repliées et déclencher l’Unfolded Protein Response (UPR). L’UPR est un processus adaptatif permettant soit de rétablir l’homéostasie protéique, soit de déclencher une apoptose. Dans cette thèse, nous proposons d’étudier le rôle de l’UPR dans l’agressivité du glioblastome, et d’essayer de déterminer dans quelle mesure son ciblage par des agents pharmacologiques innovants a un impact sur le pronostic oncologique. Pour cela, nous avons commencé par démontrer que IRE1, une protéine senseur de l’UPR, a um impact sur l’agressivité tumorale, notamment par son activité d’épissage de l’ARNm codant pour XBP1. La signalisation induite par xpb1 entraine une infiltration macrophagique, une néo- angiogénèse et um profil invadif des GBM. Ensuite, nous proposons de definir une drogue ciblant l’axe IRE1/xpb1, la drogue candidate retenue étant le MKC8866, un inhibiteur sélectif de l’activité RNase d’IRE1. Enfin, nous proposons d’évaluer l’impact de cet inhibiteur sur le développement tumoral, par le biais d’un ciblage intracérébral, couplé à une exérese et une radio-chimiothérapie, dans un modele syngénique murin innovant. Ce ciblage nous a permis de mettre en évidence un bénéfice oncologique à cibler IRE1 en plus des thérapeutiques conventionnelles. Ce travail constitue une preuve de concept préclinique de l’efficacité du ciblage de l’UPR, et propose um modele préclinique de l’efficacité du ciblage de l’UPR, et propose um modele préclinique innovant pouvant servir à l’étude d’autres voies de signalisation d’intérêt.
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