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Génétique, génomique, bioinformatique
/ 04-04-2024
Turpin Marion
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L'identité cellulaire est en partie dictée par l'activité de régions génomiques régulatrices appelées enhancers. Leur activation est associée au remodelage de la chromatine et à la liaison de facteurs de transcription tels que les protéines Hox et leur partenaire Meis1. Le remodelage de la chromatine des enhancers neuraux liés à Meis1 s'accompagne d'un processus actif de déméthylation des dinucléotides CpG reposant sur l'oxydation des 5-méthylcytosines (5mC) en divers intermédiaires par les enzymes TET. Les enhancers sont régulés par la méthylation de l'ADN, et la déméthylation active de l’ADN orchestrée par les TET et la TDG pourrait, en déstabilisant les nucléosomes, favoriser l'engagement de facteurs de transcription tel que Meis1, indépendamment de leur motif de liaison à l'ADN. Malgré ces avancées, l’importance de la présence de CpG au sein des enhancers et de leur méthylation/ déméthylation vis-à-vis de la dynamique d’activation de ces régions génomiques reste méconnue. Au cours de ma thèse, j’ai étudié du rôle de la TDG dans la régulation de l’expression des gènes dans les cellules P19 et au cours de leur différenciation neurale. Nous avons mis en évidence une fonction de la TDG dans le contrôle des gènes régulés par le facteur de transcription ATF4. De plus, je j’ai aussi entrepris l’étude de l’influence de la densité et de la conservation des CpG ciblés par la TDG dans les processus associés à l’activation des enhancers liés par Meis1. Les résultats obtenus suggèrent que la présence de CpG confère aux enhancers une plus forte activité.
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