Les nouvelles technologies en science de la vie et la diminution de leur coût a eu pour effet de générer une très grande quantité de données hétérogènes, et lors d’analyses combinées il convient de mettre en œuvre une analyse multi-omique adaptée en terme d'intégration de données mais aussi de requêtage. Nous avons choisi d'utiliser les technologies du Web Sémantique pour proposer de nouvelles méthodes pour aborder ces deux défis. Ce travail s'inscrit dans le cadre du projet ENDOVIRE qui vise à comprendre les régulations entre le génome d'une guêpe parasitoïde et les élévents viraux intégrés à celui-ci. La première méthode présentée dans cette thèse vise à proposer un schéma d'intégration de données multi-omiques qui soit assez générique pour être réutilisé par différentes études, et facilement requêtable. Cette méthode a été appliquée au dataset du projet ENDOVIRE. Notre deuxième contribution est de proposer une approche modulaire pour la créationde requêtes SPARQL complexes, permettant de s'affranchir de la technicité du langage et de se concentrer sur la question à poser. Nous avons appliqué cette méthode au projet ENDOVIRE ainsi qu'à une base plus importante et plus complexe : la base de connaissances UniProt.