Les fistules anales sont des complications fréquentes de la maladie de Crohn. La physiopathologie de la formation de ces fistules reste mal comprise à l’heure actuelle. L’objectif de cette étude était d’évaluer au plan bactériologique des prélèvements de fistules anales pour explorer l’hypothèse d’une infection chronique dans l’entretien de ces fistules dans la maladie de Crohn. Il s’agit d’une étude analytique, prospective et monocentrique menée aux soins courants au CHU de Rennes. Nous avons analysé des prélèvements de fistules anales (brosse, tissue de granulation, pus et biopsie rectale) et les selles de 21 patients atteint de la maladie de Crohn et de 10 patients Témoins présentant des fistules anales cryptoglandulaires. Deux approches différentes ont été employées : la culture standard en utilisant un panel élargi de milieux de culture avec une identification exhaustive par Maldi-Tof et le séquençage à haut débit (NGS). La culture standard ne met pas en évidence de différences significatives en termes de diversité bactérienne et de type de flore entre les patients Crohn et Témoins. Par contre il existe une différence en fonction du type de prélèvement, du type de geste chirurgical (obturation vs drainage) et de la présence d’un séton. L’analyse par NGS réalisé sur 10 prélèvements, a révélé une dysbiose, caractérisée par une diminution de l’α-diversité, une diminution des Firmicutes et une augmentation des Bacteroidetes. L’analyse par la culture standard se révèle insuffisante pour apporter des arguments physiopathologiques dans la formation des fistules anales de la maladie de Crohn. Une étude plus large basée sur le séquençage à haut débit permettra d’apporter plus de réponses.