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Biologie moléculaire et structurale, biochimie
/ 05-07-2021
Sudevan Aswani
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Les interactions protéine-protéine (IPP) sont essentielles pour tous les processus physiologiques de la cellule. En raison de leur importance dans la signalisation et la régulation des fonctions cellulaires, une perturbation des IPPs peut entrainer des maladies comme le cancer ou des maladies neurodégénératives. Même si les IPPs sont généralement difficile à cibler, les progrès récents dans le domaine ont permis d’en faire cibles potentielles de médicaments. Mon projet de thèse vise à développer une plateforme de criblage chez la levure Saccharomyces cerevisiae pour faciliter l’étude et l’identification de modulateurs chimiques d’IPPs. Pour cela, nous avons utilisé un test de complémentation protéique appelé NanoLuc Binary Technology qui permet de sonder les IPP avec un grand niveau de sensibilité. La levure est un excellent organisme modèle pour le criblage à grande échelle compte tenu de la facilité de manipulation génétique et de son faible coût de production et de maintenance. Nous avons validé une cassette d’expression permettant de produire des paires de protéines humaines dans des cellules de levure à un niveau contrôlé. Ceci nous a permis de détecter des IPPs dans une grande gamme d’affinité et aussi de mesurer l'inhibition spécifique d’IPPs par des molécules chimiques. D’autre part, les conditions de criblage ont été optimisées pour obtenir une excellente reproductibilité intra- et inter-plaque (Z’ supérieur à 0,7). Des cribles pilotes ont été réalisés à l'aide de librairies de molécules chimiques et 3 paires de protéines - p53/MDM2, Ras/RafRBD et IFT46/IFT52 – afin d’évaluer la fiabilité et le comportement de cette plateforme en mode criblage. Un crible virtuel a également été réalisé en utilisant une base de données composée de millions de composés chimiques afin de rechercher des inhibiteurs potentiels des paires Ras/RafRBD et IFT46/IFT52. Bien qu’aucune des molécules identifiées par ces méthodes ne se soit avérée suffisamment spécifique pour envisager de poursuivre leur développement, ces travaux nous ont permis de valider l’efficacité de la plateforme que nous avons mis au point pour l’étude et la recherche de modulateurs d’IPPs.
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