Cette thèse s’intéresse au processus de renforcement de la capacité d’action des autorités régionales par une marge sectorielle : l’agriculture biologique. Elle s’appuie sur une enquête qualitative comparative menée dans deux Régions françaises, l’Auvergne et la Bretagne, et deux Länder allemands, la Hesse et la Basse-Saxe, à partir d’entretiens semi-directifs et d’un recueil d’archives. Mobilisant le cadre d’analyse de la sociologie de l’action publique, elle montre comment, dans un secteur dominé par les échelles d’intervention nationale et européenne, la marginalité de l’agriculture biologique assure aux régions une autonomie d’action dans la phase de mise à l’agenda. La combinaison d’un processus de décentralisation encouragé par l’Union européenne avec l’investissement des exécutifs régionaux permet, par la suite, aux autorités régionales de s’affirmer dans la régulation du segment à leur échelle.La mise en controverse du modèle agricole dominant par les représentants spécialistes de l’agriculture biologique favorise l’activation des clivages partisans. Reposant sur un faible budget et une forte politisation, le soutien à l’agriculture biologique prend les atours d’une politique emblématique. Elle est l’occasion pour les exécutifs de traduire les alternances partisanes par une conduite différenciée de l’action publique. Si la fragmentation des ressources nécessite la stabilisation de partenariats dans la fabrique de l’action publique, cette thèse affirme que le pouvoir des autorités régionales ne repose pas sur la recherche de compromis, mais sur la sélection d’alternatives. La présence de conflits renforce ainsi leur capacité d’action et rend possible une activité de gouvernement des Länder et des Régions.