Lors de la fabrication des aliments pour animaux, une contamination croisée peut se produire entre les aliments médicamenteux et les non médicamenteux, ce qui peut emmener à la présence non maîtrisée d’antibiotiques dans ces derniers. L’exposition des animaux à des faibles concentrations d’antibiotiques questionne sur les risques d’un potentiel transfert de résidus vers les denrées d’origine animale, ainsi que d’une possible sélection d’antibiorésistance. L’objectif de ces travaux de thèse a été d’étudier ces deux risques. Le risque de résidus dans les denrées d’origine animale a été évalué à travers des expérimentations animales où des porcs ont été exposés à un aliment contaminé à des taux tolérés par les Bonnes Pratiques de Fabrication. Les antibiotiques étudiés ont été l’association sulfadiméthoxine/triméthoprime et l’oxytétracycline. Des échantillons de plasma, de fèces et de tissus ont été prélevés et dosés. Pour étudier le risque de sélection d’antibiorésistance, une expérimentation animale a été faite sur deux groupes de porcs, un groupe témoin et un groupe recevant l’oxytétracycline aux taux de contamination acceptés. Des prélèvements fécaux ont été effectués avant et pendant le traitement afin d’étudier l’évolution des populations E. coli totales et résistantes. Les résultats de ces travaux montrent le besoin de limiter l’exposition des animaux à des aliments contaminés du fait du risque de dépassement des Limites Maximales de Résidus dans les denrées, ainsi que de sélection d’antibiorésistance.