La chute de diversité des agrosystèmes est liée à l’intensification des pratiques agricoles et à la destruction d'éléments paysagers semi naturels au cours de la révolution verte. Peu d'études ont analysé leurs conséquences sur le microbiote des plantes, pourtant responsable de nombreuses fonctions pour son hôte. Ainsi, nous avons tenté de comprendre les effets de ces deux facteurs, sur le microbiote racinaire du blé, à deux échelles spatiales. Un dispositif unique d'échantillonnage aux échelles spatiales emboîtées (locale et paysagère) a été utilisé. Dans un premier axe, nous avons montré que l’agriculture biologique et les bords de champs, plus que les haies, ont des effets positifs sur la diversité du microbiote du blé. Toutefois, les effets des facteurs locaux et paysagers sont contrastés entre les champignons et bactéries indiquant des mécanismes d’assemblage se jouant à différentes échelles spatiales. Nous avons également déterminé que l’utilisation d’intrants synthétiques (phytosanitaire et fertilisant) et les paramètres physico-chimiques du sol affectent plus particulièrement la richesse des champignons et l’équitabilité des bactéries. Les modifications de microbiote induites par ces paramètres se sont répercutées sur la production de grains du blé et sur sa résistance à l’attaque de pathogènes. Dans un deuxième axe, nous avons montré la possible utilisation des adventices comme plantes auxiliaires via leur fonction de transfert et d’enrichissement de microorganismes endosphérique à une plante cible, le blé. Nos travaux suggèrent que les pratiques agricoles biologiques et la présence d'éléments semi naturels ont un effet positif sur le maintien de la diversité du microbiote endosphérique du blé à des échelles locale et paysagère mais également que la flore adventice peut représenter un réservoir riche de microorganismes recrutable par le blé. Les facteurs paysagers peuvent donc affecter le microbiote des plantes et ont besoin d’être mieux pris en compte afin promouvoir la fertilité des agrosystèmes.