Staphylococcus aureus est un pathogène humain important responsable d’un large spectre d’infections communautaires et nosocomiales faisant de lui un problème majeur de santé publique dans le monde. Le passage de commensalisme à la pathogénie est régi par la régulation fine de l’expression des gènes. En plus des facteurs de transcription, les ARNs régulateurs jouent également un rôle clé dans cette régulation. Cette thèse s’intéresse plus particulièrement à l’étude de l’un d’entre eux, le srn_3610_sprC, dont l’implication dans la virulence et dans l’internalisation des bactéries par les macrophages humains a été démontrée. Dans le but de mieux comprendre ces effets, nous avons mis en place la technique MAPS et identifié trois ARNm : czrB, deoD et agrB. La caractérisation de l’interaction entre SprC et czrB a révélé une régulation négative de SprC sur l’opéron czrAB par modification de la stabilité de l’ARN. Ce mécanisme de régulation conduit à une diminution de la résistance de S. aureus au zinc. Le zinc fait partie des stratégies antibactériennes mises en œuvre par les cellules humaines. En plus de la description de la régulation par Srn_3610_SprC, nous avons développé un protocole pour l’’extraction des ARNs bactériens après internalisation par les macrophages. Cette nouvelle méthode a permis d’étudier l’implication de l’opéron czrAB dans l’internalisation et la survie intracellulaire de S. aureus. Nous avons ainsi pu montrer qu’il était fortement surexprimé dans un contexte intracellulaire. Ainsi, la régulation négative de SprC sur l’expression de czrB pourrait expliquer la diminution de la survie de S. aureus au sein des macrophages.

Staphylococcus aureus est une bactérie commensale de la peau capable de rapidement développer ou acquérir de multiples résistances aux antibiotiques. Elle est responsable de 16% des infections nosocomiales ce qui en fait un problème majeur de santé publique dans le monde. Sa virulence est multifactorielle et fait intervenir des protéines et des ARN régulateurs. L’un d’entre eux, l’ARN SprC, diminue la virulence et l’internalisation de S. aureus par les monocytes et les macrophages humains (Le Pabic et al., 2015). Le Pabic et al. ont montré que SprC interférait avec la phagocytose de S. aureus en partie par son contrôle de l’expression de l’Autolysine (Atl), une protéine impliquée dans l’internalisation de S. aureus. En effet, SprC régule négativement la production de l’Atl en bloquant la traduction de son ARNm par inhibition directe. Cependant, cette interaction entre SprC et l’ARNm de l’atl est faible (Kd = 35µM) suggérant l’intervention de partenaires supplémentaires dans cette interaction. Afin d’identifier de nouveaux partenaires protéiques et ARN de SprC, une technique de chromatographie d’affinité a été mise au point. Elle met en jeu l’ARN SprC fusionné à un tag MS2 lui permettant de se fixer à une résine d’amylose par l’intermédiaire de protéines MPB-MS2. La méthode a été validée par qPCR en utilisant un contrôle interne, l’ARNm rot connu pour se fixer à l’ARNIII. Enfin, après l’isolement des ARN se fixant à SprC, ces derniers ont été séquencés par RNAseq et les reads ont été alignés sur un génome de référence. L’analyse des niveaux d’expression du RNAseq a permis d’identifier 4 ARN candidats se fixant à SprC. L’analyse protéomique des partenaires de SprC a également permis l’identification la protéine ribosomale S2 se fixant fortement à SprC, et dont la validation de l’intercation est en cours. Le rôle de ces partenaires dans la virulence de S. aureus sera étudié dans le but de développer de nouvelles thérapies anti-staphylococciques.