La pourriture racinaire précoce du pois, due à l’oomycète Aphanomyces euteiches, est une maladie majeure du pois en France et dans le monde. Cette thèse a visé à évaluer la diversité génétique et phénotypique des populations françaises d’A. euteiches vis-à-vis de légumineuses cultivées et de QTL de résistance chez le pois, en vue de contribuer au développement de connaissances pour l’étude de la durabilité de la résistance partielle du pois à A. euteiches. Afin d’étudier la diversité génétique des populations d’A. euteiches, des marqueurs microsatellites ont été développés, parmi lesquels 14 marqueurs hautement polymorphes ont été identifiés. Le génotypage de 94 isolats a montré une diversité génétique entre des populations américaines et françaises, confirmant le pouvoir discriminant de ses marqueurs. L’analyse génétique d’une collection de 205 isolats français a mis en évidence une faible structuration des populations et un faible niveau de diversité génétique. De plus, l’analyse phénotypique de 34 de ces isolats français sur une gamme de 8 génotypes de 4 légumineuses hôtes a montré que la plupart des isolats était virulent sur pois, fèverole, luzerne et vesce et présentait un niveau élevé et peu diversifié d’agressivité sur pois. Enfin, le niveau d’agressivité de 43 isolats français vis-à-vis de 8 NILs de pois porteuses de QTL de résistance a été étudié. Les résultats ont identifié 3 groupes d’isolats présentant une variabilité d’agressivité et 3 groupes de NILs avec des spectres d’efficacité plus ou moins larges sur les isolats d’A. euteiches étudiés. Cette thèse ouvre de nouvelles perspectives pour mieux connaître la diversité génomique des populations d’A. euteiches et le rôle de la plante comme « driver » d’évolution des populations de l’agent pathogène.