La bursite infectieuse aviaire, maladie de Gumboro ou Infectious Bursal Disease (IBD) est une maladie d’origine virale immunodépressive et potentiellement mortelle, de répartition mondiale, du jeune poulet. Il existe plusieurs systèmes de classification de l’avibirnavirus responsable de l’IBD (l’IBDV). Une classification en génotypes, récemment proposée, se base sur les séquences nucléotidiques des deux segments génomiques viraux. Dans une première partie de ces travaux de thèse, nous décrivons la séquence génomique complète d’une nouvelle souche d’IBDV européenne non isolée de génotype AxB1. Cette séquence, indicative de variations antigéniques, permet de renforcer les connaissances épidémiologiques des souches d’IBDV circulant en Europe. L’IBDV est également classé en pathotypes selon la mortalité et l’immunodépression qu’elles induisent. Aucun marqueur moléculaire viral de la pathogénicité n’a encore été mis en évidence à ce jour. La détermination du pathotype d’une souche est donc typiquement réalisée au moyen d’expérimentations animales par rapport à des souches de référence. Dans la seconde partie de ces travaux de thèse, nous décrivons la mise au point d’un protocole in vivo de pathotypage reposant sur l’interprétation par machine learning des modifications de la formule sanguine d’animaux à 4 jours post-infection. Le protocole que nous avons établi à l’aide d’un panel de souches représentatives des différents pathotypes permet de correctement déterminer le pathotype d’une souche pour 84 % des individus infectés.