Les proliférations végétales sont une source majeure de préoccupations pour les gestionnaires. Les herbiers denses de macrophytes peuvent entraver les activités humaines telles que la navigation de plaisance, la pêche, etc. Afin de limiter ces nuisances, l’arrachage mécanique est la mesure de gestion généralement utilisée. Néanmoins, ces herbiers aquatiques constituent des habitats pour la faune et un potentiel support de biodiversité. Les effets des herbiers denses de macrophytes et de leur arrachage sur la biodiversité ne sont pas clairement connus. Nous supposons que les herbiers denses de macrophytes ont un impact positif sur la richesse et l'abondance du zooplancton, du phytoplancton et des macroinvertébrés. Ainsi, notre hypothèse est que l’arrachage réduise la biodiversité dans les sites gérés. Nos résultats ont démontré que la présence des herbiers de macrophytes est favorable à la biodiversité et ce pour les trois groupes étudiés. Toutefois l’effet est site dépendant. Nous avons mis en évidence par ailleurs qu’une pression d'échantillonnage plus importante est nécessaire au sein des herbiers par comparaison avec l’eau libre. Nous avons également établi que le zooplancton est influencé par la présence de plantes mais que l’effet varie en fonction du type biologique de l’espèce de macrophyte. L' arrachage mécanique des macrophytes affecte négativement la biodiversité globale, en particulier le zooplancton et les assemblages de macroinvertébrés. En revanche, il a un effet positif sur le phytoplancton. L’impact de l’arrachage sur les communautés est plus marqué une semaine après mais diminue avec le temps. Il est également site dépendant. Cette thèse souligne l'importance de considérer les impacts de la gestion sur les services écosystémiques (rôle d’habitat) et sur la biodiversité dans le cadre du développement durable.