Cette thèse traite de la conception de méthodes automatisées ou semi-automatisées pour détecter et identifier des algorithmes cryptographiques dans des programmes compilés en langage machine. La première méthode proposée a pour but l'identification de primitives symétriques. L'implémentation en langage machine d'une primitive symétrique, assimilée à une suite d'instructions, est représentée par un graphe. Sous cette forme, le code est modifié à l'aide de règles de réécriture tout en préservant une certaine notion de sémantique lors d'une phase dite de normalisation. L'objectif est de faire émerger des expressions communes à différentes implémentations d'une même primitive. Ces expressions servent alors de base à la création de signatures efficaces. La recherche de ces signatures s'effectue à l'aide d'un algorithme énumérant les isomorphismes de sous-graphe. La seconde méthode, conçue en complément de la première, produit une représentation synthétique facilitant l'identification des modes opératoires. Cette représentation se définit comme le plus petit sous-graphe préservant les distances entre des sous-ensembles de nœuds précédemment identifiés comme étant les paramètres d'entrée et de sortie des primitives impliquées.