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Génétique, génomique, bioinformatique
/ 02-12-2024
Lécuyer Gwendoline
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Le carcinome rénal à cellules claires (ccRCC) est le cancer du rein le plus commun, comportant une proportion importante de patients considérés comme à faible risque de rechute qui finiront par rechuter. L'hétérogénéité cellulaire intra-tumorale (HIT) est un déterminant crucial de la prise en charge thérapeutique, et l'une des principales raisons de la faible survie des patients métastatiques. L’'HIT a été décrite dans de nombreux types de tumeurs avec des approches de transcriptomique à l’échelle de la cellule unique, permettant d’identifier l’ensemble des clones tumoraux composant la tumeur. Pour centraliser et comparer ces données en uro-oncologie, UncoVer a été développé, permettant la visualisation et l’analyse intégrative des données de scRNA-seq. A partir d’une étude du laboratoire visant à décrire l’HIT dans le ccRCC, un modèle de déconvolution prédictif de la survie des patients a été développé afin d’améliorer la stratification des patients classés à «faible risque» de rechute. Mon travail inclut également l’étude de l’effet de thérapies ciblées sur le ccRCC par scRNA-seq, afin d’identifier des populations de cellules sensibles ou résistantes, dans le but de mieux prédire la réponse thérapeutique des patients. Enfin, l’intégration de plusieurs études de scRNA-seq permettra de mieux comprendre l’évolution tumorale et d’identifier d’autres populations prédictives de la survie
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