Le botulisme animal, qui touche principalement les volailles, l’avifaune sauvage et les bovins, se manifeste par une paralysie flasque causée par l’action des neurotoxines botuliques. Les toxines les plus fréquemment associées aux épisodes de botulisme animal sont celles de type C, D, C/D et D/C, produites par Clostridium botulinum du groupe III, une bactérie anaérobie stricte sporulante, regroupée avec les espèces Clostridium novyi et Clostridium haemolyticum, sous le terme Clostridium novyi sensu lato. L’épidémiologie du botulisme animal est encore méconnue et les données d’épidémiologie moléculaire relatives aux souches impliquées dans le botulisme animal sont quasi inexistantes. Ceci s’explique principalement par l’absence d’outils de typage pour caractériser les souches du groupe C. novyi sensu lato, liée aux difficultés pour isoler les souches de ce groupe. L’objectif de la thèse est de développer des outils de typage adaptés à ce contexte particulier pour permettre de mener des investigations épidémiologiques lors d’épisodes de botulisme animal et pouvoir à terme tracer les souches. Dans un premier temps, une méthode d’isolement a été développée et validée sur des souches impliquées dans des épisodes de botulisme animal en France. Cette méthode a permis d’isoler 35 souches associées à des épisodes de botulisme aviaire. Puis un outil de typage MLVA (Multi Loci Variable number of tandem repeats analysis) a été évalué sur la collection de souches isolées puis appliqué en conditions réelles dans le cadre d’investigations menées dans deux épisodes de botulisme animal. Une autre piste de typage a ensuite été explorée via l’étude des systèmes CRISPR-Cas (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein). Les résultats ont révélé une prévalence de ces systèmes chez 95 % des souches de C. novyi sensu lato, avec une grande diversité (6 types de système CRISPR-Cas). Cette grande diversité n’a pas permis de proposer un outil de typage basé sur les CRISPR-Cas. Enfin, après une première étape d’optimisation des différentes étapes en amont du séquençage , les génomes de C. novyi sensu lato ont été comparés afin d’identifier de nouvelles cibles pertinentes. Ces travaux ont permis de développer une approche permettant de séquencer les souches impliquées dans le botulisme aviaire (depuis l’isolement jusqu’au séquençage de l’isolat) et de mettre en place une méthode MLVA qui se révèle particulièrement adaptée au contexte du botulisme aviaire. Ils ont également permis d’identifier de nouvelles cibles très prometteuses qui permettront de proposer d’autres outils de typage dans le futur, applicables au botulisme animal de manière général.