Les petits plans d’eau peu profonds SSL sont des écosystèmes à forte valeur patrimoniale et peuvent fournir de nombreux services écosystémiques. Pourtant, contrairement aux grands plans d’eau français, il n’existe pas de protocole permettant d’évaluer leur intégrité biologique ou leur intérêt conservatoire. Leur fonctionnement et les communautés qu’ils abritent restent donc largement méconnus. Deux nouveaux protocoles d’échantillonnage sont proposés, l’un sur les macrophytes, l’autre sur les invertébrés.Ces deux groupes biologiques sont essentiels pour le fonctionnement des SSL. Les macrophytes sont au centre de nombreuses boucles de rétroaction assurant le maintien d’un état clair et une biodiversité élevée, les invertébrés participent au maintien de l’état clair et dominent les échanges de matières et d’énergie. À partir de l’échantillonnage de près de 300 SSL de France continentale, les facteurs environnementaux qui déterminent les communautés de macrophytes et d’invertébrés ont été identifiés. Ces deux compartiments biologiques sont principalement déterminés, mais différemment, par le climat et l’altitude, la minéralisation de l’eau et le pH, la distance à la source et la superficie. Chez les invertébrés, les poissons sont également déterminants. L’importance des facteurs diffère entre les macrophytes et les invertébrés. Ces différences s’expliqueraient notamment par des capacités de dispersion différentes. Ces résultats peuvent avoir des applications dans les politiques régionales et locales de conservation de la biodiversité des SSL.