La tuberculose, maladie dont la transmission interhumaine se fait par voie aérienne et anciennement appelée phtisie, est une pathologie infectieuse et contagieuse transmise par les souches du complexe Mycobacterium Tuberculosis. Depuis les premiers hommes, des petits groupes de chasseurs-cueilleurs quittant le croissant fertile, aux populations plus sédentaires du néolithique, jusqu’à nos jours, nous n’avons cessé de co-évoluer avec ce bacille. Les grandes migrations ont favorisé l’émergence de souches variées et le caractère buissonnant de l’histoire de l’évolution du bacille. L’aspect ancestral de la tuberculose, la multiplicité des méthodes et des marqueurs génétiques utilisés pour son identification, rendent particulièrement difficile la mise en évidence, précise, de l’origine de la tuberculose chez l’homme. L’histoire phylogénétique de la tuberculose est complexe, les progrès scientifiques de ces dernières années permettront peut-être une mise en lumière de l’adaptation du Mycobacterium Tuberculosis à son hôte et montrer le rythme co-évolutionnel. La classification des souches qui en découlera pourrait être utilisée pour cibler spécifiquement une variation et peut-être, être utilisée en thérapeutique pour un jour mettre un terme à des millénaires de co-évolution.