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Études structurales de la trans-traduction, cible privilégiée pour le développement de nouveaux antibiotiques


Biologie moléculaire et structurale, biochimie / 09-11-2018
Guyomar Charlotte
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Le travail retranscrit dans cette thèse porte sur un processus biologique impliqué dans le contrôle qualité de la synthèse protéique bactérienne : la trans-traduction. Ce processus permet de libérer les ribosomes bloqués sur des ARNm défectueux tout en détruisant les peptides et ARNm problématiques impliqués dans le blocage. Il nécessite deux acteurs principaux qui interagissent avec le ribosome: l’ARN transfert-messager (ARNtm) et la protéine SmpB. Dans un premier chapitre, une étude en cryo-microscopie électronique à transmission (cryo-MET) a permis d’obtenir deux structures à l’échelle atomique impliquant le ribosome et différents acteurs de la trans-traduction. La première structure met en évidence l’interaction entre la RNase R, enzyme responsable de la destruction des ARNm défectueux, et le ribosome bactérien. La deuxième structure a mené à la caractérisation des deux premiers états de la trans-traduction à une résolution quasi-atomique. De nouvelles interactions sont notamment observées entre la protéine SmpB et l’hélice H5 de l’ARNtm. Dans un second chapitre, la trans-traduction est exploitée comme cible pour le développement de nouveaux antibiotiques. En effet, cette voie de sauvetage est souvent vitale ou alors indispensable à la virulence bactérienne. Dans l’objectif de découvrir de nouvelles molécules antibiotiques inhibant la trans-traduction, nous avons mis au point un système de détection de la trans-traduction in vitro. Ce système est simple et rapide, basé sur la mesure de la fluorescence d’une GFP tronquée, réassemblée par un ARNtm muté. La validation du système a conduit à la détection de nouveaux composés anti-trans-traduction.

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