Le microbiote intestinal est aujourd’hui considéré comme un organe à part entière, régulateur clé de la physiologie de l’hôte. Une dysbiose intestinale chronique est susceptible d’être à l’origine de diverses pathologies, dont certaines pathologies respiratoires. Le SARS-CoV-2, nouveau coronavirus à tropisme respiratoire, est responsable chez l’Homme de la COVID-19. Cette maladie se caractérise par un tableau clinique variable selon les individus infectés. Outre les formes asymptomatiques, la COVID-19 peut évoluer d’une forme bénigne (fièvre, toux sèche, fatigue) à une forme critique (syndrome de détresse respiratoire aiguë). Certains patients infectés développent également des symptômes gastro-intestinaux, suggérant une atteinte du tractus gastro-intestinal. L’implication de l’axe intestin-poumon dans les infections à SARS-CoV-2 est donc envisagée. L’analyse de la composition du microbiote intestinal des patients infectés révèle une diminution des bactéries aux propriétés anti-inflammatoires, un enrichissement en bactéries pathogènes et une augmentation de la perméabilité intestinale avec une fuite des endotoxines intestinales. Ceci pourrait participer à la dérégulation des réponses inflammatoires, et expliquerait pourquoi les individus porteurs de certaines comorbidités associées à une dysbiose intestinale sous-jacente sont plus à risque de développer une forme grave de la maladie. Différentes pistes thérapeutiques visant à moduler la composition du microbiote intestinale sont à l’étude, mais des données complémentaires sont nécessaires pour envisager leur mise en pratique chez les patients infectés.