Aspergillus fumigatus est responsable d’un large spectre de pathologies pulmonaires, notamment chroniques et allergiques, comme l’aspergillose broncho-pulmonaire allergique (ABPA) touchant en particulier les patients colonisés de façon chronique, comme dans la mucoviscidose. Chez l’hôte immunodéprimé, A. fumigatus est incriminé dans des formes invasives ou aspergillose invasive (AI), dont le diagnostic repose sur des arguments cliniques, radiologiques, et microbiologiques, basés principalement sur la culture de prélèvements respiratoires. Les antifongiques triazolés sont utilisés à la fois en première ligne de traitement de l’AI (voriconazole), ou en prophylaxie (posaconazole). Cependant, au début des années 2000, l’émergence de souches cliniques d’A. fumigatus résistantes aux azolés, a été décrite en Europe et donne toute son importance au dépistage in vitro en routine des souches résistantes. Cependant, la détermination des CMI des antifongiques n’est pas réalisable en l’absence de culture positive. Dans ce contexte, ce travail visait à comparer deux trousses de PCR en temps-réel (MycoGENIE® et AsperGenius®) détectant simultanément Aspergillus sp. et les principales mutations associées à la résistance (gène cyp51A), directement dans les prélèvements pulmonaires, par rapport aux techniques utilisées en routine pour détecter A. fumigatus et son profil de résistance (culture, Etest®, PCR « maison »). Au total, 60 LBA de patients immunodéprimés à risque d’AI et 125 expectorations de patients atteints de mucoviscidose ont été inclus. Les souches résistantes ont fait l’objet du séquençage de cyp51A, afin d’identifier les mutations responsables. Ce travail a démontré l’intérêt des outils moléculaires dans le diagnostic d’AI, avec une sensibilité supérieure à celle de la culture (79,3% versus 55,2%). Cependant, la performance des PCR ciblant les marqueurs de résistance est décevante, et la détermination des CMI de souches isolées en culture reste la méthode de référence pour dépister la résistance. A Rennes, l’émergence d’A. fumigatus résistants est réelle chez les patients atteints de mucoviscidose (5/41 souches isolées en culture, 12%), mais aucune souche résistante n’a été détectée chez les patients immunodéprimés.