La mucoviscidose est une maladie génétique héréditaire prédisposant aux colonisations et infections fongiques, dominées par les champignons filamenteux saprophytes Aspergillus fumigatus et Scedosporium apiospermum sans modification épidémiologique majeure au cours des 10 dernières années comme nous le montrons dans ce travail. De plus, la prise en charge thérapeutique de ces infections peut être compliquée par l’émergence grandissante d’isolats d’A. fumigatus résistants aux antifongiques triazolés, dont la prévalence atteignait 18% dans la période étudiée (2015-2019). Par ailleurs, la capacité de ces champignons à s’établir chez l’homme repose sur un ensemble de propriétés intrinsèques ou facteurs de virulence qui restent encore peu élucidés, en particulier chez S. apiospermum. La paroi est un élément crucial de l’interaction avec l’hôte, via la reconnaissance de motifs antigéniques présents à sa surface, par les récepteurs phagocytaires, initiant des mécanismes fongicides. L’analyse de la réponse transcriptomique de macrophages humains à l’infection par S. apiospermum a révélé la mise en place d’un orage cytokinique pro-inflammatoire plus rapide et plus intense en comparaison à l’infection par A. fumigatus, associée à une réduction de la survie des spores intra-macrophagiques. La DiHydroxyNaphtalène (DHN)- mélanine est un pigment pariétal conservé, qui interviendrait dans la virulence des champignons, comme initialement décrit chez les champignons phytopathogènes. Le rôle de la mélanine chez S. apiospermum a été exploré, à travers l’étude phénotypique et transcriptomique de mutants délétés du facteur de transcription PIG1, obtenus par technologie CRISPR-Cas9. Le phénotype albinos des mutants obtenus a démontré le rôle régulateur de PIG1 sur la cascade enzymatique de biosynthèse de la DHN-mélanine dans les spores de S. apiospermum. Enfin, ce travail a mis en évidence l’implication de la DHN-mélanine dans i) le masquage des polysaccharides de paroi, ii) la protection des conidies contre différents stress abiotiques (thermique, oxydative, ionisants) et iii) l’échappement des conidies aux mécanismes fongicides de macrophages humains. En résumé, la mélanine fongique est un facteur de virulence chez S. apiospermum, qui constitue une cible thérapeutique potentielle dans la prise en charge des infections fongiques.

Aspergillus fumigatus est responsable d’un large spectre de pathologies pulmonaires, notamment chroniques et allergiques, comme l’aspergillose broncho-pulmonaire allergique (ABPA) touchant en particulier les patients colonisés de façon chronique, comme dans la mucoviscidose. Chez l’hôte immunodéprimé, A. fumigatus est incriminé dans des formes invasives ou aspergillose invasive (AI), dont le diagnostic repose sur des arguments cliniques, radiologiques, et microbiologiques, basés principalement sur la culture de prélèvements respiratoires. Les antifongiques triazolés sont utilisés à la fois en première ligne de traitement de l’AI (voriconazole), ou en prophylaxie (posaconazole). Cependant, au début des années 2000, l’émergence de souches cliniques d’A. fumigatus résistantes aux azolés, a été décrite en Europe et donne toute son importance au dépistage in vitro en routine des souches résistantes. Cependant, la détermination des CMI des antifongiques n’est pas réalisable en l’absence de culture positive. Dans ce contexte, ce travail visait à comparer deux trousses de PCR en temps-réel (MycoGENIE® et AsperGenius®) détectant simultanément Aspergillus sp. et les principales mutations associées à la résistance (gène cyp51A), directement dans les prélèvements pulmonaires, par rapport aux techniques utilisées en routine pour détecter A. fumigatus et son profil de résistance (culture, Etest®, PCR « maison »). Au total, 60 LBA de patients immunodéprimés à risque d’AI et 125 expectorations de patients atteints de mucoviscidose ont été inclus. Les souches résistantes ont fait l’objet du séquençage de cyp51A, afin d’identifier les mutations responsables. Ce travail a démontré l’intérêt des outils moléculaires dans le diagnostic d’AI, avec une sensibilité supérieure à celle de la culture (79,3% versus 55,2%). Cependant, la performance des PCR ciblant les marqueurs de résistance est décevante, et la détermination des CMI de souches isolées en culture reste la méthode de référence pour dépister la résistance. A Rennes, l’émergence d’A. fumigatus résistants est réelle chez les patients atteints de mucoviscidose (5/41 souches isolées en culture, 12%), mais aucune souche résistante n’a été détectée chez les patients immunodéprimés.