Android est le système d'exploitation le plus utilisé et donc, assurer la sécurité des applications est essentiel. Sécuriser une application consiste à empêcher les attaquants potentiels de corrompre le comportement attendu de l'application. En particulier, l'attaquant peut s'appuyer sur des vulnérabilités laissées dans le code par le développeur, mais aussi voler la propriété intellectuelle d'une application existante. Pour ralentir le travail de l'attaquant qui essaie de reverser la logique applicative, le développeur est incité à chercher les vulnérabilités potentielles et à introduire des contremesures dans le code. Parmi les contremesures possibles, l'obfuscation de code est une technique qui cache l'intention réelle du développeur en faisant en sorte de rendre le code non disponible à l'adversaire qui utilise des outils de reverser. Avec l'augmentation des applications soit malveillantes, soit manipulant des informations sensibles, obfusquer le code et chercher ses vulnérabilités devient essentiel. Cette thèse présente l'impact du code natif sur, à la fois le reversing et la recherche de vulnérabilités, appliqué à des applications Android. Premièrement, en listant les interférences possibles entre l'assembleur et le bytecode, nous mettons en évidence des nouvelles techniques d'obfuscation et vulnérabilités logicielles. Ensuite, nous proposons de nouvelles techniques d'analyse combinant des blocs d'analyse statiques et dynamiques, tels que la propagation de teintes ou la surveillance du système, afin d'observer le comportement du code qui a été obfusqué ou de révéler de nouvelles vulnérabilités. Ces deux objectifs nous ont menés à développer deux nouveaux outils. Le premier cible une vulnérabilité spécifique due à l'interaction du natif et des données Java. Le second extrait le comportement d'une application au niveau objet, que l'application contienne du code natif d'obfuscation ou non. Enfin, nous avons implémenté ces nouvelles méthodes et les avons évaluées expérimentalement. En particulier, nous avons trouvé automatiquement une vulnérabilité dans la librairie SSL d'Android et nous avons analysé plusieurs firmware Android pour détecter l'usage d'une classe spécifique d'obfuscation.