Les IPP sont des médicaments très largement utilisés en raison de leur grande efficacité et de leur bonne tolérance aiguë. Quarante à quatre-vingts pour cent des patients les utilisent même pour des indications ou des durées de traitement non conformes aux recommandations en vigueur. La Haute Autorité de Santé alerte sur cette utilisation massive. En effet, de plus en plus d’études mettent en évidence des effets néfastes rares mais graves pouvant survenir chez les utilisateurs au long cours. Des études de haut niveau de preuves montrent une augmentation du risque de survenue d’infection intestinale. D’autres études observationnelles suggèrent une augmentation du risque de démence, de cancers gastriques, de fractures osseuses, de troubles rénaux, etc. Ces médicaments présentent également de nombreuses interactions médicamenteuses pouvant être à l’origine de la diminution d’efficacité de certains médicaments comme les traitements anti VIH ou une augmentation de leur toxicité (digoxine).