L’encéphalite infectieuse est une affection rare, avec une incidence estimée à 7/100000 habitants/an dans les pays occidentaux. L’étude nationale de cohorte des encéphalites infectieuses en France (ENCEIF) a inclus prospectivement 494 patients entre 2016 et 2019 au sein de 62 centres hospitaliers en France Métropolitaine (132 (27%) encéphalites à Herpes simplex virus 1 (HSV-1), 65 (16%) à Varicella zoster virus (VZV), 26 (5%) au virus de l’encéphalite à tiques). L’admission en réanimation a été nécessaire dans 42% des cas. HSV-1 était majoritaire chez les patients nécessitant une admission en réanimation (72 patients, soit 36% des encéphalites infectieuses). Les facteurs associés au mauvais pronostic (Glasgow outcome scale ≤ 3) à la sortie d’hospitalisation étaient : l’immunodépression, les signes focaux à l’admission, les anomalies à l’imagerie cérébrale, une faible cellularité du liquide cérébrospinal et le délai d’initiation de l’aciclovir. Ce délai influe fortement sur le pronostic des encéphalites à HSV-1, mais nous n’avons pas retrouvé d’impact significatif sur les encéphalites à VZV. Les fortes doses d’aciclovir n’étaient pas associées au pronostic dans les encéphalites à HSV-1 ou à VZV. Concernant le devenir à long terme, les variables associées indépendamment au pronostic étaient l’age, l’immunodépression, les anomalies à l’imagerie cérébrale, l’hospitalisation en réanimation et l’agent étiologique. L’amélioration du pronostic fonctionnel prend du temps au décours d’une encéphalite infectieuse et elle peut être incomplète. Le pronostic fonctionnel au décours d’une encéphalite infectieuse reste mauvais. La vie quotidienne des patients et des proches est durablement impactée.