Les travaux présentés dans ce manuscrit de thèse se portent sur le contrôle des ondes en milieux complexes. Les techniques de façonnage de fronts d'ondes ont été développées dans l'optique de contrôler la forme spatiale et/ou temporelle du signal sortant en adaptant spécifiquement le signal incident et ont fourni d'incroyable résultats. Dans cette thèse nous présentons une nouvelle approche de technique de façonnage de fronts d'ondes qui tire pleinement parti des degrés de liberté spatiaux et temporels à l'entrée et à la sortie d'un système diffusif aléatoire. Cette nouvelle approche permet la réalisation et la généralisation de plusieurs tâches emblématiques de contrôle des ondes. Nous élargissons ensuite notre champ de recherche pour considérer des approches où le milieu diffusif lui-même est modifié. Nous nous penchons notamment sur l'étude de perturbations critiques, dans des milieux symétriques, permettant la coalescence d'états sans réflexion PT-symétriques en points exceptionnels sans réflexion. Enfin, dans les deux derniers chapitres, nous cherchons à augmenter la transmission en ajoutant des diffuseurs supplémentaires au milieu diffusif initial. Nous montrons que, grâce à un positionnement judicieux, il est possible d'améliorer la conductance sur une large bande de fréquences ou d'obtenir une transmission parfaite à une fréquence spécifique, quelque soit le front d'onde incident.