Dientamoeba fragilis et Blastocystis sp. sont deux parasites protozoaires de la famille des Straménopiles, fréquemment rencontrés dans le tractus gastro-intestinal de l’homme et de divers animaux mais globalement sous-estimés. Ils sont associés à des troubles cliniques aspécifiques de la sphère intestinale mais également immuno-allergique. Ils semblent également impliqués dans des désordres fonctionnels tels que le syndrome de l’intestin irritable (SII). Les données actuelles ne permettent pas encore de bien comprendre le réel impact médical et social de ces deux parasites. Les techniques multiplex par PCR, plus sensibles que la technique de référence microscopique, montrent une prévalence de détection plus fréquente de ces parasitoses intestinales. Il convient donc de s’assurer de leur bonne spécificité. Cette étude porte sur l’évaluation du kit Allplex™ GI Parasite Assay. La spécificité relative obtenue à partir d’une technique PCR simplex maison a permis de confirmer la bonne performance de cette trousse commerciale multiplex. Nous avons confirmé pour 96.4% des échantillons la présence de Blastocytis hominis (n= 424) et pour 79.3% des échantillons la présence de Dientamoeba fragilis (n= 144). Les résultats sont donc en faveur d’une bonne performance du kit PCR Allplex™ GI-Parasite Assay, malgré le pourcentage plus faible d’échantillons confirmé en simplex pour Dientamoeba fragilis, dont le résultat a été discuté.