Les colorants de la famille des triarylméthanes sont interdits en aquaculture à cause de leur toxicité. Malgré cela, ils sont toujours utilisés en aquaculture du fait de leurs propriétés antiseptiques et antifongiques, de leurs faibles coûts et de leur disponibilité en tant que produits chimiques pour certaines industries. Afin de protéger les consommateurs, la réglementation européenne impose des contrôles stricts des résidus de substances interdites dans les denrées d’origine animale. En France, pour les colorants à activité pharmacologique, ce contrôle est ciblé sur la présence de résidus de vert de malachite, de cristal violet et de vert brillant dans les produits d’aquaculture, incluant leurs résidus marqueurs métabolisés sous forme de leuco-bases. Pour anticiper le futur de la surveillance des colorants face à d’éventuelles nouvelles pratiques d’usages, cette thèse a exploré différentes approches reposant sur l’analyse du métabolome par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse à Haute Résolution et des méthodologies in vitro et in vivo. Les résultats de ce projet apportent des données i) sur le comportement et le devenir de colorants dans les poissons et ii) sur leurs effets, en vue de proposer des marqueurs de traitement issus de l’endo-métabolome et/ou de le xéno-métabolome. Nous avons pu observer une perturbation biologique sur la production d’acides biliaires après traitement au vert de malachite et au victoria pure blue bo (VPBO). Par ailleurs, un métabolite direct issu du traitement de truites au VPBO, le dééthyl-leuco-VPBO, a été souligné comme un résidu marqueur approprié dans le muscle et la peau de poisson. Enfin, une méthode analytique de détection étendue à d’autres familles de colorants, et incluant de nouveaux résidus marqueurs de traitement, a été développée par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse en tandem.