Contexte : Le Complexe Enterobacter cloacae (CEC) est un ensemble d’espèces ubiquitaires, retrouvé notamment dans la flore digestive humaine. Depuis sa première description dans les années 60, sa taxonomie a été remaniée avec les approches moléculaires : le CEC compte aujourd’hui 22 espèces décrites. Sa phylogénie évolutive rend son identification précise par les technologies conventionnelles de laboratoires difficile. Appartenant au groupe ESKAPE, le CEC par ses capacités adaptatives peut acquérir de nombreux mécanismes de résistance et ainsi potentiellement diffuser dans des environnements divers et variés. C’est un pathogène opportuniste impliqué surtout dans des infections associées aux soins et particulièrement dans les unités de soins intensifs. Il peut également à l’origine de phénomènes épidémiques par transmission croisée (TC), pour lesquels il convient de faire un suivi épidémiologique entre autres par typage bactérien pour pallier à la ou les causes. Objectifs : Suivre pendant 3 mois de manière prospective les patients hospitalisés et positifs à CEC afin d’identifier les facteurs de risque (FR) d’acquisition de CEC producteurs de β-lactamases à spectre élargi (BLSE), caractériser phylogéniquement et phénotypiquement les CEC collectés par des approches simples et développer une stratégie de mise en évidence rapide des TC ou épidémies à CEC. Matériel et méthodes : Cette étude prospective de 3mois a été menée chez les patients positifs à CEC hospitalisés au CHU de Rennes pour mettre en évidence des FR d’acquisition à CEC producteurs de. L’identification de tous les isolats a été réalisée par spectrométrie de masse (SM) MALDI TOF® couplée 12 à une base de données taxonomiques enrichie et par approche moléculaire par PCR spécifique du core genome considérée méthode de référence. Par la suite, 2 méthodes de typage ont été comparées : l’antibiogramme quantitatif (ATBq) et la spectroscopie infra-rouge à Transformée de Fournier (IRTF). Résultats : 92 patients ont été inclus et 96 isolats ont été collectés. L’hospitalisation récente de moins de 6 mois a été identifiée comme facteur de risque alors que la présence de cathéter veineux périphérique comme facteur protecteur. L’identification par SM et par PCR spécifique a montré une concordance de 94,8 %. Onze groupes d’isolats appariés ont été identifiés par ATBq, reliés par un même profil de résistance. Cependant, les groupes n’affichaient pas une bonne homogénéité en termes d’espèces et de sous-espèces. Par spectroscopie IRTF, au seuil choisi de 0,12, 8 groupes ont été formés montrant une meilleure cohérence en matière d’espèce et/ou de sous-espèce. Avec comme référence la spectroscopie IRTF, 2 évènements de TC ont été mis en évidence, impliquant 6 isolats. L’ATBq a pu identifier seulement 1 évènement. Discussion et conclusion : La SM avec la technologie MALDI TOF® (v.12) peut être considérée comme un 1er niveau d’alerte dans la détection de TC ou d’épidémie. Les méthodes de typage sont relativement efficaces mais nécessitent de contextualiser les affiliations des souches. La spectroscopie IRTF reste la méthode à privilégier grâce à un meilleur pouvoir discriminant des espèces de CEC, par rapport à l’ATBq qui ne prend en compte que le génome accessoire.