M. synoviae (MS) est l'agent causatif du syndrome des œufs à extrémités de verre (traduction anglais de Eggshell apex abnormality syndrome : EAA), maladie caractérisée par une coquille altérée, une translucidité accrue, un amincissement de la coquille, des fissures et des ruptures de l'apex. Trois études de terrain indépendantes ont été menées entre 2015 et 2018 dans des élevages de poules pondeuses en France. La première étude, une enquête épidémiologique, visait à identifier le syndrome EAA par rapport aux symptômes rapportés par les éleveurs. Le but de la seconde étude était d'isoler et d'identifier l'agent étiologique du syndrome EAA. La troisième étude visait à suivre un lot sur une ferme multi-âge avec des problèmes récurrents de EAA dans un lot de poules pondeuses vaccinées et d'identifier les variables qui pourraient expliquer l’expression d’EAA. L'enquête épidémiologique a ciblées 77 exploitations dans trois régions productrices d'œufs, avec 40 lots dans des systèmes alternatifs (ALT) et 56 dans des cages aménagées (FC). Sept lots ont présenté des symptômes spécifiques d' EAA (4 FC et 3 ALT), une prévalence de 7,3% (intervalle de confiance: 0,032-0,149) a été calculée dans cet échantillon. L'enquête a révélé que les symptômes de l'EAA pouvaient être observés à tous les stades de la production. Un faible niveau d'utilisation d'analyse de laboratoire et de vaccination a été identifié. Les résultats ont également suggéré que la vaccination contre MS en tant qu'outil de contrôle avait un effet protecteur contre les symptômes de l'EAA. La deuxième étude de terrain a été menée pour identifier MS par culture et PCR dans 33 lots avec des symptômes d'EAA. MS a été détecté dans 30 des 33 lots des deux systèmes de production (7/7 ALT et 23/26 FC). La détection était significativement plus élevée à partir d’écouvillons trachéaux (59%) qu'avec des écouvillons cloacaux (10,5%), dans l'albumine (3,6%) ou bien dans le jaune d'œuf (0,9%). L'utilisation de la spectrométrie de masse MALDI-TOF et du séquençage de nouvelle génération a détecté la présence de Mycoplasma pullorum (MP) dans 18 des 30 cas (60%). Quatorze génomes séquencés de MP, assemblés et annotés, sont disponibles dans Genbank. Le génome entier de 44 souches de MS, 31 souches de MP, d'origines différentes, isolées entre 1991 et 2017 ont été séquencées. Les séquences des 44 souches de MS ont été caractérisées en utilisant trois méthodes de typage différentes : typage de la région conservée du gène vlhA de MS, et MLST en utilisant deux schémas différents récemment publiés pour MS. Une partie des séquences des 44 souches de MS ont été attribuées aux allèles et types des séquences déjà décrites, tandis que de nouveaux allèles et types de séquences ont également été mis en évidence. Des arbres phylogénétiques ont été générés en fonction de chaque méthode de typage et par la concaténation des données issues des trois méthodes, permettant ainsi l’identification de différents groupes. L'étude longitudinale a montré un lien possible entre la détection de mycoplasmes et les problèmes de production d'œufs sans mettre en évidence une implication de l’EAA. MS et d'autres mycoplasmes aviaires ont été isolés durant toute l'étude malgré les traitements antimicrobiens et la vaccination. Les résultats de ces études ont confirmé la présence de l' EAA causée par MS en France et permettent de comprendre la situation actuelle de cette maladie sur le terrain. La spectrométrie de masse MALDI-TOF a été identifiée comme une technique de diagnostic rapide, précise et économique. De nombreuses souches de MS ont été isolées, séquencées et typées. La combinaison des méthodes de typage décrites dans ce travail pourrait être un outil précieux et fiable pour le typage des séquences de MS, permettant une meilleure compréhension de l'épidémiologie de l'infection. En ce qui concerne MP, des études devraient être menées pour évaluer son potentiel rôle dans l'expression de l’EAA.