La Directive Cadre sur l’Eau (2000) fait état de la dégradation du bon état chimique des eaux superficielles et des eaux souterraines. Parmi les polluants émergents mis en cause figurent les résidus de médicaments qui représentent une menace diffuse et potentiellement persistante dans les hydro-systèmes. A ce jour, peu d’études se sont intéressées spécifiquement aux résidus médicamenteux vétérinaires (RMV). En France, la Bretagne est une région d'élevage intensif. 75% des eaux destinées à la consommation humaine (EDCH) sont issues d’eau de surface particulièrement vulnérables. Dans ce contexte, les objectifs de cette thèse sont de (i) sélectionner les sites à risque et les RMV d’intérêt, (ii) développer une méthode d’analyse pour la liste de composés retenus, (iii) acquérir des premières données d’occurrence par les RMV dans les EDCH en Bretagne et (iv) identifier les sources des RMV à l’aide de l’étude de la contamination fécale associée dans les eaux brutes. Cette thèse est constituée de trois chapitres : une synthèse bibliographique des connaissances relatives aux RMV dans les eaux brutes et les eaux traitées, ainsi qu’une synthèse sur les outils existant pour étudier la contamination fécale ; les matériels et méthodes incluant la stratégie d’échantillonnage, le choix des RMV d’intérêt et les méthodes d’analyse développées sur cette base; les données d’occurrence des RMV dans les EDCH bretonnes. Ces travaux se concluent sur un contexte plus large avec des perspectives pour mieux comprendre les facteurs impactant ces occurrences et pour évaluer l’exposition de la population.