Les virus du syndrome dysgénésique et respiratoire porcin (SDRPV) et de l’influenza A porcin (swIAV) sont deux acteurs majeurs du complexe respiratoire porcin. Si les connaissances sur les mono-infections SDRPV ou swIAV sont nombreuses, les interactions possibles entre ces virus sont encore largement incomprises. De plus, les vaccins vivants atténués (modified live vaccine, MLV) anti-SDRPV sont administrés chez le porcelet lorsqu’une infection à swIAV peut survenir. Les objectifs de ce projet de thèse étaient d’étudier les effets cliniques, virologiques et immunologiques de la co-infection SDRPV/swIAV chez le porc et d’évaluer l’effet d’une infection grippale sur la vaccination MLV. Nous avons montré qu’une infection à swIAV réduit la multiplication du SDRPV au niveau pulmonaire, retarde la virémie MLV sans diminuer l’efficacité vaccinale et accélère la mise en place de la réponse cellulaire vis-à-vis du SDRPV. Par ailleurs, une pré-infection SDRPV entraîne l’atténuation des signes cliniques, des réponses inflammatoires et antivirales liées à l’infection grippale, et augmente les taux d’anticorps anti-swIAV (IgG, IgA, anti-HA et neutralisants) au niveau pulmonaire. Des analyses de corrélation ont montré que l’induction de la voie de l’interféron de type I, laquelle est bloquée par le SDRPV mais stimulée par le swIAV, paraît jouer un rôle clé dans cette interférence virale bidirectionnelle. L’étude des mécanismes sous-jacents a été initiée via des expériences de co-infections dans un système de co-culture de macrophages pulmonaires et de cellules épithéliales de trachée de porc. Les nouvelles connaissances acquises confirment l’importance de déterminer l’étiologie des syndromes respiratoires, pour adapter au mieux les moyens de maîtrise (dont les protocoles de vaccination) en tenant compte de l’ensemble des agents pathogènes impliqués.