Avec le développement de l'IoT, des Smart Cities, et d'autres systèmes large-échelle extrêmement hétérogènes, les systèmes distribués deviennent à la fois plus complexes et plus omniprésents de jour en jour et seront bientôt difficiles à gérer avec les approches courantes. Pour masquer cette difficulté croissante et faciliter leur gestion à tous les stages de leur cycle de vie, cette thèse soutient qu'une approche holistique est nécessaire, où la fonction d'un système est considérée comme un tout, et qui se détache du comportement des composants individuels. En parallèle à cette montée en abstraction, les blocs de base doivent devenir plus autonomes, capable de réagir aux circonstances et d'automatiser la plupart des tâches de bas niveau. Nous proposons trois contributions vers cette vision : 1) Pleiades : une approche holistique pour construire des structures complexes par assemblage, facile à programmer et soutenue par un moteur d'exécution auto-organisant et efficace, basé sur des protocoles épidémiques. 2) Mind-the-Gap : un protocole épidémique de détection des partitions dans les MANETs, grâce à des agrégations opportunistes et à une représentation stochastique compacte du réseau. 3) HyFN: une extension des protocoles épidémiques traditionnels, capable de résoudre efficacement le problème des k-plus-lointains-voisins, ce dont les méthodes standards s'étaient révélées incapables jusqu'à maintenant. Nous considérons que ces trois contributions montrent que notre vision est réaliste, et mettent en valeur ses qualités.