A l’heure de la mondialisation, les laboratoires de biologie médicale doivent faire face au nombre croissant de parasitoses intestinales. Le diagnostic des protozooses digestives repose encore sur la microscopie, or ces techniques demandent un temps important de technique ainsi que du personnel entraîné. Cette étude porte sur la comparaison des PCR BD Max Enteric Parasite Panel, G-DiaParaM et RIDA®GENE Parasitic Stool Panel I, mettant en évidence G.intestinalis, E.histolytica, Cryptosporidium sp. et D.fragilis, sur un panel de 111 selles positives en microscopie. Les trois PCR ont obtenu respectivement des sensibilités/spécificités à 89,6%/94,3%, 66,7%/94,3% et 37,5%/98,4% pour G.intestinalis, 56,5%/98,3%, 73,9%/98,3% et 91,3/100% pour Cryptosporidium sp. et 71,4%/97,6% pour la détection de D.fragilis par la PCR RIDA®GENE. Les méthodes d’extraction et les PCR testées ne sont pas équivalentes en termes de performances, en particulier pour Giardia. Avant de mettre en place une telle technique, il convient donc d’optimiser soigneusement le protocole employé.