Le typage bactérien est un point essentiel dans le suivi épidémiologique des maladies infectieuses. En effet, il permet de comparer les souches bactériennes afin de déterminer l’existence d’une épidémie, de distinguer les récidives des réinfections, d’identifier les voies de contaminations et de suivre la diffusion de clones au sein d’une population afin de planifier des mesures préventives. Les critères essentiels d’une méthode de typage sont la facilité d’emploi, la rapidité, la reproductibilité, la standardisation, un pouvoir discriminant élevée, une bonne concordance épidémiologique, ceci à moindre coût. Les méthodes ont évolué pour devenir des techniques de pointe. Les méthodes phénotypiques, lourdes et longues, ont été remplacées par les méthodes génotypiques plus performantes avec par exemple, le séquençage du génome complet (WGS). La spectroscopie infrarouge à transformée de Fourier (IRTF) peut être une alternative rapide et simple pour le typage bactérien dans les laboratoires de biologie. Ce nouvel outil permet de réaliser des études épidémiologiques afin de comparer différentes souches bactériennes et d’apprécier leur degré d’appariement. Cette technique fournit également un grand nombre d’informations sur les marqueurs de résistance ou de virulence et des sérogroupes particuliers. La spectroscopie IRTF permet en une analyse unique de caractériser la souche bactérienne au rang du genre, de l’espèce, sérotype et d’étudier son pouvoir pathogène simultanément. Cependant, la spectroscopie IRTF nécessite la définition d’un protocole clair englobant des conditions de culture stables et reproductibles (temps, milieu, température d’incubation) pour pallier aux éventuelles variations de la technique. La spectroscopie IRTF donne de bons résultats pour la comparaison d’un faible nombre de souches provenant d’une courte période spatio-temporelle. Elle se révèle être plus simple et plus rapide que le WGS. Cependant, les discordances observées et la difficulté d’établir un seuil de référence, nécessitent le recours au WGS en cas d’incohérences phénotypiques et/ou génotypiques.