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Analyse et traitement de l'information et des images médicales
/ 29-11-2023
Rafi Sonia
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La mise en adéquation des moyens déployés avec le niveau de gravité de chaque patient est un enjeu important pour la pérennisation et l’amélioration du système de santé. L’essor simultané de l’interopérabilité des bases de données permettant la collecte de données normalisées et des statistiques prédictives ouvre de nouvelles perspectives dans ce domaine en laissant supposer qu’il serait possible d’entrainer des modèles prédictifs permettant à la fois d’améliorer le service rendu aux patients en individualisant leur parcours de soin tout en rationalisant l’effort collectif nécessaire à leur prise en charge. Cette thèse avait pour objectif de de prédire la survenue d’évènements critiques chez les patients ayant recours aux urgences en utilisant des modèles basés sur l’apprentissage automatique. Trois articles composent ce travail de recherche. Le premier visait à détecter les arrêts cardiaques préhospitaliers en utilisant les enregistrements vocaux des appels des témoins au SAMU. Dans cette optique, plusieurs modèles ont été développés pour détecter les arrêts cardiaques en se basant sur les caractéristiques acoustiques de la voix de l’appelant. Le deuxième article se concentrait sur l’optimisation du diagnostic de COVID-19 en intégrant les tests diagnostiques de référence de type RT-PCR à d’autres éléments clinico-biologiques. Les modèles d’apprentissage automatique développés permettaient une augmentation des performances diagnostiques en ce contexte de pandémie débutante dans l’hypothèse d’une stratégie « zero-COVID ». Le troisième article avait pour objectif la prédiction de quatre évènements critiques chez les patients hospitalisés après un passage aux urgences : la survenue d’un décès, la nécessité d’ intubation, la réanimation cardiopulmonaire et la décision de réaliser des soins palliatifs. Des modèles de forêt aléatoire y ont été développés en intégrant des données les plus exhaustives possibles afin d’établir un profil détaillé des patients : dates d’amission, temps de passages, antécédents, observations médicales, constantes vitales, examens biologiques et compte rendus d’imagerie. Une excellente performance pour la prédiction des quatre événements d’intérêt à été retrouvée dans cet article. Des limites ont par ailleurs été identifiées, comme la nécessité de valider ces approches dans des contextes cliniques réels et d’explorer davantage leur interprétabilité en pratique quotidienne. Ce travail de recherche apporte une contribution significative pour la prédiction des évènements critiques et permettra le développement d’ applications visant à améliorer le parcours de soin des patients confrontés à une situation clinique susceptible de mettre en jeu leur pronostic vital.
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Biologie cellulaire, biologie du développement
/ 07-12-2023
Mélou Caroline
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L’arthrose de l’articulation temporo-mandibulaire (ATM) est une pathologie chronique principalement traitée de manière symptomatique. Face aux cas les plus sévères, une chirurgie invasive peut s’avérer nécessaire puisqu’il n’existe actuellement aucune stratégie efficace pour réparer et régénérer une ATM endommagée. L’analyse de la littérature révèle une absence de modèle de référence pour l’étude de l’arthrose. Le développement d’un modèle fiable est donc une étape nécessaire, afin de pouvoir décrypter les mécanismes de cette pathologie et mettre au point des traitements curatifs. L’objectif de ce travail était de développer un modèle tridimensionnel in vitro, à partir de chondrocytes cultivées en trois dimensions sous forme de sphéroïdes, et de comparer cette technique à la culture en culot, qui est actuellement la méthode de référence. Dans un premier temps, des cellules souches mésenchymateuses (CSM) d’origine dentaire ont été cultivées en deux (témoin négatif) et en trois dimensions sous forme de sphéroïdes et de culots. La différenciation chondrocytaire a été induite et évaluée par PCR quantitative et coloration histologique (bleu Alcian). Dans un second temps, l’arthrose a été induite en exposant les CSM différenciées, ainsi qu’une lignée établie de chondrocytes (lignée C20A4) à de l’interleukine 1 bêta. Ce travail a mis en évidence une supériorité des sphéroïdes par rapport aux culots, pour la différenciation chondrocytaire des cellules souches mésenchymateuses et pour l’induction de l’arthrose. Ces deux modèles de sphéroïdes (différenciation chondrocytaire et modèle d’arthrose) pourront être utilisés pour tester des verres bioactifs innovants en ingénierie tissulaire du cartilage.
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Biologie moléculaire et structurale, biochimie
/ 14-12-2023
Mascary Jean-Baptiste
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L'objectif de la thèse était d'évaluer le potentiel thérapeutique d'un nouveau pseudopeptide antimicrobien, nommé Pep16, à la fois in vitro et in vivo pour le traitement de l'arthrite septique causée par Staphylococcus aureus. Sept isolats cliniques de S. aureus (dont 1 SARM et 5 SASM) ont été étudiés. Les CMI de Pep16 et des comparateurs (vancomycine, teicoplanine, daptomycine et lévofloxacine) ont été déterminées par la méthode de microdilution en bouillon. L'activité intracellulaire de Pep16 et de la lévofloxacine a été évaluée en utilisant deux modèles d'infection, avec des cellules phagocytaires non-professionnelles (ostéoblastes MG-63) ou professionnelles (macrophages THP-1). L'impact de Pep16 sur la dynamique de croissance du biofilm a été évalué. Un modèle murin d'arthrite septique a été utilisé pour évaluer l'efficacité in vivo de Pep16. Une analyse PK préliminaire a été effectuée en mesurant la concentration plasmatique par LC-MS/MS après une seule injection sous-cutanée de Pep16. Les CMI de Pep16 étaient de 8 mg/L pour tous les isolats cliniques de S. Aureus (de 2 à 32 fois supérieures à celles des comparateurs) tandis que les ratios CMB/CMI confirmaient une activité bactéricide. Tant Pep16 que la lévofloxacine (à 2 x CMI) ont réduit de manière significative la charge bactérienne de tous les isolats testés (2 SASM et 2 SARM) à la fois dans les ostéoblastes et les macrophages. Pep16 a réduit de manière significative les charges bactériennes dans les articulations des genoux des souris infectées par SASM. L'analyse PK après une seule administration sous-cutanée de Pep16 (10 mg/kg) a montré une augmentation lente des concentrations plasmatiques jusqu'à 12 heures (Cmax à 5,6 mg/L).
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Génétique, génomique, bioinformatique
/ 21-12-2023
Bouguéon Matthieu
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La fibrose hépatique est une réponse de cicatrisation excessive induite par des lésions chroniques. Elle se caractérise par une accumulation de matrice extracellulaire (MEC), principalement constituées de collagène 1 (COL1), qui augmente la rigidité des tissus et entraîne un grave dysfonctionnement du foie. L'activation des cellules étoilées du foie (CEF), induite par le facteur de croissance TGFB1, est le principal processus à l'origine de la fibrose hépatique. Afin d'étudier la dynamique des CEF durant le développement et la réversion de la fibrose, nous avons développé un modèle multi-échelle intégrant les différents états des CEF ainsi que leur production de COL1, sous influence du TGFB1. Ce modèle est implémenté avec le langage Kappa, qui est un langage de réécriture de graphes à sites. En plus d'être le premier modèle multi-échelle de Kappa, ce modèle nous a permis de capturer la plasticité des cellules étoilées durant le développement et la réversion la fibrose. Les prédictions du modèle montrent que l'état d'inactivation des CEF joue un rôle essentiel dans le développement de la fibrose. Le modèle a été validé par de nouvelles expériences chez la souris et les prédictions ont été validées avec des données de RNAseq chez des patients fibrotiques.
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Signal, image, vision
/ 22-03-2024
Lecesne Erwan
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Les travaux de cette thèse s’inscrivent dans le contexte clinique visant à optimiser le geste lors des interventions endoventriculaires cardiaques. Cette recherche se concentre principalement sur le guidage en vue du diagnostic et du traitement des affections endoventriculaires à l’aide de cathéters. L’intervention considérée est la biopsie endoventriculaire utilisée pour diagnostiquer les patients atteints de sarcoïdose cardiaque. En effet, le cathéter doit être guidé avec précision vers la zone de fibrose. Cependant, l’absence d’informations visuelles précises sur la localisation de la fibrose pendant l’intervention accroît le risque de faux négatifs pour les échantillons prélevés. De plus, il existe un risque de complications telles que la perforation myocardique, également appelée tamponnade cardiaque. Les objectifs de cette thèse sont articulés en deux parties distinctes :
La première partie, préopératoire, consiste à élaborer un modèle 3D du cœur, englobant le ventricule gauche, le ventricule droit et le myocarde. Ce modèle est construit à partir de segmentations d’images d’IRM, notamment des séquences ciné pour les structures principales et LGE pour localiser les zones de fibrose. Les méthodes de segmentation développées reposent sur l’apprentissage profond, et la méthode de segmentation de la fibrose fait l’objet d’une publication en cours. La seconde partie, peropératoire, vise à assis- ter la procédure en fournissant des informa- tions précises sur l’anatomie et la localisation de la zone fibrosée. Cela permet d’optimiser le positionnement du cathéter en périphérie de cette zone fibrosée, contribuant ainsi à améliorer la précision et l’efficacité de l’intervention. Enfin, l’ensemble de la chaîne de traitement a été expérimenté avec succès sur trois patients, procurant ainsi un retour d’expérience du clinicien. Ces avancées visent à réduire les risques liés à la biopsie endoventriculaire et à accroître la précision du diagnostic de la sarcoïdose cardiaque, ouvrant ainsi la voie à des progrès significatifs dans la prise en charge de cette pathologie.
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