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Ecologie et évolution
/ 27-04-0018
Seimandi Corda Gaëtan
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Les insectes phytophages causent des dommages importants aux cultures. Ces insectes sont principalement contrôlés par l’utilisation d’insecticides mais les effets néfastes des composés utilisés sur la santé humaine et l’environnement ainsi que l’apparition de populations résistantes à ces composés imposent de trouver des stratégies de lutte alternatives. Sélectionner des plantes pour leur résistance aux insectes pourrait être une solution intéressante. Un frein majeur au développement de cette stratégie est le fait qu’un grand nombre de génotypes doit être criblé pour identifier des sources de résistance et que le phénotypage est souvent complexe et limite les possibilités de criblage à grande échelle. Pour lever ces verrous, il est important de comprendre les mécanismes à l’origine des résistances. Une fois ces mécanismes précisés dans le cadre de l’interaction entre une culture et un ravageur, l’identification de traits clés de cette interaction permet d’envisager l’utilisation de biomarqueurs de la résistance qui peuvent fortement simplifier le phénotypage. Ce type d’approche a été conduit au cours de cette thèse dans le cadre de l’interaction entre le colza (Brassica napus) et l’un de ses principaux ravageurs, le méligèthe (Brassicogethes aeneus). Des travaux antérieurs avaient mis en évidence l’existence de certains composés biochimiques présents dans le périanthe des boutons floraux et corrélés au niveau d’attaque de différents génotypes de colza. Ces résultats avaient été obtenus au laboratoire et il était nécessaire de les confirmer dans des conditions de culture réalistes. Le premier objectif de cette thèse était donc de développer une méthode permettant de cribler au champ différents génotypes de colza pour leur résistance au méligèthe afin de valider ou non le potentiel des composés biochimiques identifiés précédemment comme biomarqueurs mais aussi d’en identifier de nouveaux. Le second objectif de ce travail était de mieux comprendre l’écologie alimentaire du méligèthe afin d’identifier de nouvelles cibles potentielles pour la sélection de plantes résistantes. Nous avons mené plusieurs expérimentations sur le terrain qui nous ont permis de développer une méthode de crible au champ des génotypes de colza pour leur résistance au méligèthe. Cette méthode a mis en évidence l’existence de différences de résistance fortes et robustes entre génotypes parmi une gamme de 19 génotypes testés. Les biomarqueurs potentiels précédemment identifiés n’ont pas été validés au champ mais deux autres composés semblent influencer la résistance au méligèthe et pourraient être utilisés comme futurs biomarqueurs. Ces expériences au champ ont aussi permis de montrer que la biochimie des périanthes était très dépendante des conditions environnementales, ce qui pourra compliquer le travail de sélection. Par ailleurs, des expériences de développement réalisées en conditions contrôlées ont montré que le méligèthe utilisait le nectar présent dans les fleurs de colza mais que celui-ci ne semblait pas affecter son développement. Le pollen semble, jouer un rôle important sur son développement mais les larves parviennent à se développer sans son apport. Les expériences sur le comportement alimentaire du méligèthe adulte ont montré que cet insecte avait un patron d’attaque spécifique sur les inflorescences de colza en s’alimentant avant tout sur les boutons de petite taille (donc moins riches en pollen par rapport aux gros). Il semble que la disponibilité mais surtout l’accessibilité du pollen médiée par le périanthe joue un rôle essentiel dans le comportement de cet insecte. Ce travail a permis de mieux comprendre le comportement alimentaire du méligèthe et d’identifier des traits importants pour son développement. Ce travail montre que des résistances modérées existent au sein du colza et qu’elles pourraient être utilisées pour la sélection variétale. Il pointe aussi les limites des approches basées sur des biomarqueurs biochimiques.
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Biologie
/ 17-12-2010
Le Bras Yvan
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Les téléostéens euryhalins peuvent vivre dans des milieux à salinité très différentes. L’objectif de mon travail est de décrire les processus d’acclimatation à l’eau salée chez la truite arc-en-ciel par une étude couplant approches de génomique fonctionnelle et génétique. A partir d’une première approche cinétique de transcriptomie différentielle menée sur la branchie, une liste de gènes candidats a été établie et la réponse physiologique des poissons étudiée. Les principaux résultats révèlent de bonnes capacités d’euryhalinité et une réponse transcriptomique maximum 24h après le transfert en eau de mer. Des processus biologiques impliqués dans les mécanismes d’acclimatation sont également proposés. Une seconde partie de ce travail consistait en la caractérisation d’un contrôle génétique des processus liés à l’acclimatation à l’eau de mer chez la truite. Utilisant comme caractères, les teneurs plasmatiques en sodium et en chlore mesurées 24h après un transfert d’eau douce en eau salée répété à 2 reprises, ainsi que le poids branchial, des analyses univariées et multivariées ont permis de détecter 18 QTL dont 9 sont qualifiés de robustes. Une dernière étape de détection de QTL d’expression a alors permis de proposer 69 gènes candidats de premier choix. C’est la première fois qu’une approche mêlant transcriptomie différentielle et approche QTL / eQTL est menée chez une espèce d’intérêt aquacole au génome non séquencé pour la capacité d’acclimatation à un milieu osmotique différent. Ces résultats pavent la route pour une investigation précise des bases génétiques des processus d’acclimatation à l’eau de mer chez les téléostéens.
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Biologie
/ 09-12-2011
Louâpre Philippe
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Cette thèse vise à comprendre comment des organismes variés tels que les plantes clonales, les humains ou les guêpes parasitoïdes résolvent un problème commun : Comment se comporter dans un environnement hétérogène de manière à prélever le maximum de ressource ? Les organismes n'ayant pas la capacité d'identifier les solutions théoriquement optimales, nous avons étudié les heuristiques permettant de se comporter efficacement sans calcul. Les insectes parasitoïdes, modèles de choix de l'écologie comportementale, nous montrent que l'information perçue de l'environnement influence de manière complexe le comportement d'approvisionnement. Malheureusement, le processus décisionnel sous-jacent n'est pas accessible directement par les méthodes d'investigation connues. Nous avons donc exploré les processus cognitifs convergeant avec les modèles décisionnels optimaux en utilisant l'Homme. De fortes similitudes ont été relevées entre les deux modèles biologiques, mettant ainsi en évidence des points de convergence entre les mécanismes proximaux du comportement. L'environnement et l'histoire évolutive des organismes influencent donc la prise de décision en favorisant l'émergence et le maintien d'heuristiques efficaces indépendamment du degré de complexité cognitive. Cette problématique a été étendue aux plantes clonales qui explorent le milieu par le biais de prolongements végétatifs. Nous avons identifié l'information pertinente et la règle décisionnelle optimale pour une plante clonale afin de maximiser l'exploitation d'une ressource (nutriments, eau, lumière). Les plantes clonales semblent se comporter de manière cohérente avec les prédictions du modèle optimal, révélant un processus décisionnel encore insoupçonné chez ces organismes.
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Doctorat de l'université de Rennes1 mention biologie
/ 16-12-2011
Costache Vlad
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La traduction est une étape critique de la régulation de l’expression des gènes. Chez l’oursin, la fécondation induit une augmentation de la synthèse protéique, qui dépend essentiellement de la traduction d’ARN messagers maternels. Cette synthèse protéique est indispensable au déroulement des cycles cellulaires du développement précoce. Le développement embryonnaire de l’oursin constitue ainsi un modèle de choix pour étudier la régulation de la traduction. Dans le cadre de cette thèse, le contrôle de la traduction a été étudié chez l’oursin dans deux situations : le contexte physiologique de la fécondation et le contexte de l’induction de l’apoptose. Nous nous sommes interrogés d’abord sur les mécanismes régulateurs impliqués dans la synthèse protéique après fécondation. L’une des étapes limitantes de la traduction est l’initiation. Dans ce cadre, le facteur d’initiation eIF2 joue un rôle clé. eIF2 est responsable de l’apport de la méthionine initiatrice au niveau du ribosome. Lorsque la sous-unité alpha d’eIF2 est phosphorylée, la synthèse protéique globale est inhibée et la traduction sélective de certains ARNm est stimulée. Dans les ovules non fécondés d’oursin, eIF2alpha est physiologiquement phosphorylé et la fécondation provoque sa déphosphorylation. En microinjectant dans les ovules non fécondés un variant d’eIF2alpha mimant l’état phosphorylé, nous avons montré que la déphosphorylation d’eIF2alpha est nécessaire pour la première division mitotique chez l’oursin. Nous nous sommes intéressés au lien entre la phosphorylation d’eIF2alpha et l’induction de l’apoptose chez l’oursin. En effet, la traduction d'ARNm codant pour des protéines pro- ou anti- apoptotiques influence directement la survie des cellules. L'embryon d'oursin possède la machinerie nécessaire pour le déclenchement de l'apoptose, après induction par l’agent génotoxique MMS. Le traitement au MMS des embryons provoque la phosphorylation d’eIF2alpha. Dans cette situation, nous avons trouvé que la kinase GCN2 est impliquée dans la phosphorylation d’eIF2alpha. En fin, dans le but d’étudier comment la machinerie traductionnelle module le recrutement polysomal, nous avons analysé le traductome en réponse à la fécondation et après le traitement au MMS. Nous avons effectué une approche de séquençage à haut-débit des transcrits purifiés par gradients de polysomes. L’analyse de ces transcrits nous permettra d'appréhender le réseau des gènes régulés au niveau traductionnel lors de la fécondation et de l’induction de l’apoptose dans les embryons d’oursin.
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Biologie
/ 12-01-2012
Shafaq-Zadah Massiullah
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La polarité épithéliale est un processus essentiel au cours du développement d’un organisme. Ici, nous nous focalisons sur le tissu épithélial intestinal et épidermal de C. elegans pour comprendre comment la cellule maintient sa polarité en définissant un pôle apical et un pôle basolatéral. Afin d’assurer la mise en place et le maintien de cette polarité, des protéines appelées déterminants de polarité interviennent. Parmi ces déterminants, le module PAR-3/PAR-6/aPKC et CDC-42 sont des acteurs majeurs pour spécifier la polarité apicale.
Nous avons montré que le complexe adaptateur pour la clathrine AP-1, un régulateur clé du trafic intracellulaire remplit une fonction inattendue dans ce processus. En effet, nous avons confirmé le rôle d’AP-1 dans le tri basolatéral observé chez les mammifères, mais de façon intéressante nous avons démontré qu’AP-1 contrôle également le tri apical d’une protéine transmembranaire ainsi que la localisation asymétrique apicale de CDC-42 et PAR-6. En effet, l’inhibition d’AP-1 cause une délocalisation basolatérale de CDC-42 et PAR-6. La perte de fonction d’AP-1 induit une conversion de la membrane latérale en membrane apicale et la formation de lumières intestinales ectopiques.
La perte de fonction du complexe AP-1 induit également une létalité embryonnaire qui peut s’expliquer par le phénotype identifié dans l’épiderme. Dans cet épithélium, AP-1 contrôle l’intégrité des jonctions cellulaire et notamment le tri apical de la E-cadhérine.
Nos résultats démontrent une fonction essentielle d’AP-1 dans le tri apical, directement responsable du maintien de la polarité épithéliale.
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Biologie
/ 27-06-2012
Gicquel Aurélien
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Dans un contexte de changements globaux, la fonction de "puits" de carbone (C) des tourbières est susceptible de basculer vers une fonction "source", en libérant dans l'atmosphère de grandes quantités de C initialement stockées dans la tourbe. Cette thèse vise à caractériser et quantifier, à différents niveaux d'organisation, i) l'impact d'un réchauffement climatique sur le fonctionnement biogéochimique (C-N-S) d'une tourbière à Sphaignes et ii) l'impact de la restauration d'une tourbière abandonnée après exploitation sur les interactions entre les plantes recolonisatrices (Eriophorum angustifolium), la macrofaune (Lumbricus rubellus) et les microorganismes potentiellement impliqués dans la régénération du processus de tourbification. Le fonctionnement de la tourbière et les interactions biotiques ont été étudiées par couplage des cycles C-N-S et traçage isotopique 13C-15N-34S. Une augmentation modérée de + 1°C simulée par "Open Top Chambers" (OTCs) diminue significativement les flux de C à l'échelle de l'écosystème, la production primaire des Sphaignes et le compartiment microbien étant les plus affectés. A l'échelle des communautés, l'activité des bactéries anaérobies, des champignons et des protozoaires (estimée par SIP 13C-PLFAs) est significativement ralentie. Nous avons montré qu'un organisme ingénieur comme le ver de terre L. rubellus jouait un rôle positif dans le recyclage de la matière organique en fournissant indirectement des éléments (C > N > S) à la plante. Ces transferts seraient dépendants des traits fonctionnels de l'organisme. A l'échelle de l'individu, nous avons caractérisé par approche NanoSIMS, les transferts "anticorrélés" N-S ver de terre --> tourbe.
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Biologie
/ 19-10-2012
Baudiffier Damien
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Les azoles sont des fongicides présents dans les milieux aquatiques et connus pour inhiber des activités enzymatiques de cytochromes P450 (CYP). L'objectif de ce travail de thèse est de caractériser le mécanisme d'action d'un fongicide pharmaceutique, le clotrimazole sur la stéroïdogenèse testiculaire chez le poisson zèbre au travers l'étude d'un réseau de gènes fonctionnels le long de l'axe cerveau-hypophyse-gonade, et d'évaluer la capacité du clotrimazole à perturber la spermatogenèse. Nous montrons que le clotrimazole est capable d'affecter la stéroïdogenèse de manière différente in vitro et in vivo (i) des expositions d'explants testiculaires in vitro conduisent à l'inhibition de la synthèse de 11-kétotestostérone (11-KT), montrant une action directe de la molécule sur le testicule et (ii) l'exposition in vivo provoque une augmentation de l'expression de gènes impliqués dans le processus de la stéroïdogenèse. Nous avons ainsi mis en évidence un système de compensation biologique au niveau de l'organisme, avec un rôle prépondérant de la voie Fsh/FshR dans la médiation des effets du clotrimazole. Enfin, des effets sur la spermatogenèse ont été observés in vivo suite à une exposition chronique au clotrimazole, avec notamment une augmentation de la masse gonadique et du nombre de cellules de Leydig. Les effets tissulaires observés sont cohérents avec des effets mesurés au niveau moléculaire. L'ensemble de ces données montre l'intérêt de la démarche expérimentale utilisée pour caractériser le mécanisme d'action du clotrimazole. Ce travail ouvre de nombreuses perspectives, en premier lieu sur l'étude de l'impact fonctionnel du clotrimazole sur la reproduction.
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Biologie
/ 30-10-2012
Genton Céline
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Engendrant un taux de mortalité atteignant 95%, les épidémies à virus Ebola ayant affecté les populations de gorilles de plaine de l’Ouest conduisirent à la classification de ce taxon comme « En danger critique d’extinction ». Cette étude s’intéresse aux capacités de récupération de ses populations. Grâce à des données uniques d’observation en phase pré- et post-épidémique, nous avons évalué l’impact de l’épidémie sur la structure et la dynamique sociale d’une population et estimé son potentiel de récupération au cours des six ans qui ont suivi. Nos résultats de démographie et de dynamique, couplés à des approches statistique et de modélisation démographique détaillée au niveau des classes d’âge et de sexe, et intégrant l’immigration, nous ont permis montrer 1) un impact délétère sur le potentiel reproducteur; 2) les atouts de la flexibilité et de l’organisation sociale dans la récupération de la structure de la population; 3) le rôle de l’immigration pour la récupération à long-terme des effectifs. La mise en évidence de caractéristiques structurelles typiques d’une population affectée par Ebola nous a permis de montrer qu’une population voisine était indemne. Ceci montre l’impact hétérogène des épidémies au niveau régional, pouvant induire une fragmentation des populations. Ce nouvel élément permet de discuter les hypothèses d’émergence et de propagation du virus, et pose la question de l’impact de la fragmentation de la population sur sa dynamique globale et sur la récupération des populations locales affectées. Nos résultats suggèrent une faible résilience des populations de gorilles de plaine face à Ebola et la menace de ce virus pour la persistance des populations.
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Biologie
/ 30-11-2012
Noiret Maud
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Mes travaux ont porté sur l'étude de deux familles de protéines de liaison à l'ARN, la famille des ARE-BP (AU-rich elements binding protein) et la famille des PTB (Polypyrimidine tract binding protein) au cours du développement chez le xénope. L'étude de l'expression de cinq membres de la famille ARE-BP a mis en évidence une redondance d'expression tissulaire et temporelle entre quatre de ces ARE-BP (AUF1, KSRP, HuR et TIA1). A l'inverse, l'expression atypique de TTP a permis de suggérer son implication dans l'hématopoïèse. Mes travaux sur la famille PTB (PTBP1, PTBP2, PTBP3) ont montré que chacun des paralogues présente une expression spécifique ce qui suggère qu'elles aient des fonctions différentes lors du développement. Des résultats du laboratoire montraient que l'inactivation de PTBP1 ou de EXOSC9, un composant de l'exosome ARN, entraînait des défauts de morphogenèse de l'épiderme dorsal. Afin d'identifier l'origine moléculaire de ces défauts, j'ai réalisé l'analyse transcriptomique par séquençage à haut débit (RNA-Seq) des morphants PTBP1 et EXOSC9. J'ai produit des banques d'ADNc à partir des morphants ou d'embryons témoins et celles-ci ont été séquencées au Génoscope. L'analyse d'une cible connue de PTBP1 a montré que des modifications minoritaires de l'épissage étaient détectées à partir de ces données. De plus ces défauts d'épissage ne sont pas retrouvés dans les morphants EXOSC9, validant son utilisation comme crible additionnel permettant d'exclure les évènements d'épissage qui ne sont pas impliqués dans le défaut d'épiderme. Une approche gène candidat a été initiée afin de cibler l'analyse de transcrits impliqués dans la morphogenèse de l'épiderme dorsale.
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Biologie
/ 20-12-2012
Valdivia Karina
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La truite arc-en-ciel a un déterminisme du sexe strictement génétique de type XX/XY. Pourtant des femelles génétiques se sont spontanément masculinisées après une gynogénèse endomitotique. Ce phénotype masculinisé à pénétrance incomplète serait dû à une mutation inconnue appelée « mal ». Afin d'identifier le gène causal porteur de cette mutation, une meilleure caractérisation de son phénotype est nécessaire. Pour cela, nous avons procédé à la caractérisation du phénotype gonadique en utilisant à la fois des approches histologiques et moléculaires. Tous les animaux XXmal présentent une différenciation sexuelle très perturbée autant sur le plan histologique que sur le plan de leurs profils d'expression géniques. Parmi ces perturbations, l'inhibition de l'expression du gène de l'aromatase gonadique (cyp19a1a), une enzyme de synthèse des œstrogènes, pourrait être un facteur explicatif de cette masculinisation. De plus des températures d'élevage élevées (18°C) augmentent fortement la masculinisation de ces animaux XXmal. Enfin, la croissance des animaux XXmal est affectée négativement selon le degré de perturbation. En conséquence, la masculinisation de ces animaux serait le résultat d'une dérégulation profonde en amont du gène cyp19a1a, avec comme conséquence une instabilité précoce de la différenciation ovarienne suivie par la masculinisation effective d'une partie des animaux XXmal. Cette instabilité serait amplifiée par des températures élevées qui affecteraient à la fois le développement global des animaux XXmal et la transcription de cyp19a1a. Nos résultats suggèrent fortement que le phénotype "mal" est plus complexe qu'un simple phénotype "femelle masculinisée".
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