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Biologie
/ 19-10-2012
Baudiffier Damien
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Les azoles sont des fongicides présents dans les milieux aquatiques et connus pour inhiber des activités enzymatiques de cytochromes P450 (CYP). L'objectif de ce travail de thèse est de caractériser le mécanisme d'action d'un fongicide pharmaceutique, le clotrimazole sur la stéroïdogenèse testiculaire chez le poisson zèbre au travers l'étude d'un réseau de gènes fonctionnels le long de l'axe cerveau-hypophyse-gonade, et d'évaluer la capacité du clotrimazole à perturber la spermatogenèse. Nous montrons que le clotrimazole est capable d'affecter la stéroïdogenèse de manière différente in vitro et in vivo (i) des expositions d'explants testiculaires in vitro conduisent à l'inhibition de la synthèse de 11-kétotestostérone (11-KT), montrant une action directe de la molécule sur le testicule et (ii) l'exposition in vivo provoque une augmentation de l'expression de gènes impliqués dans le processus de la stéroïdogenèse. Nous avons ainsi mis en évidence un système de compensation biologique au niveau de l'organisme, avec un rôle prépondérant de la voie Fsh/FshR dans la médiation des effets du clotrimazole. Enfin, des effets sur la spermatogenèse ont été observés in vivo suite à une exposition chronique au clotrimazole, avec notamment une augmentation de la masse gonadique et du nombre de cellules de Leydig. Les effets tissulaires observés sont cohérents avec des effets mesurés au niveau moléculaire. L'ensemble de ces données montre l'intérêt de la démarche expérimentale utilisée pour caractériser le mécanisme d'action du clotrimazole. Ce travail ouvre de nombreuses perspectives, en premier lieu sur l'étude de l'impact fonctionnel du clotrimazole sur la reproduction.
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Biologie
/ 21-12-2017
Baudouin Alice
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Chez de nombreuses espèces, il a été montré que les stratégies de choix de partenaires socio-sexuels par un individu étaient liées aux qualités de ces partenaires (phénotypiques ou génétiques) et étaient susceptibles de maximiser la qualité de ses descendants et améliorer sa propre valeur adaptative. Nous nous sommes intéressés au choix de partenaires chez les femelles de gorille de plaines de l’ouest par une étude de leur dispersion sociale en lien avec l’influence relative de l’environnement social et des caractéristiques des mâles adultes dans les décisions des femelles à résider dans un groupe social ou à émigrer, et dans leur choix du groupe dans lequel immigrer. Nous avons montré que les femelles immigrent préférentiellement dans des groupes reproducteurs plutôt que vers des mâles solitaires et vers des groupes jeunes plutôt que vieillissants. Les groupes de 10-15 individus sont évités. Les femelles émigrent des groupes contenant une grande proportion d’individus affectés par une maladie de peau. A court terme après un effondrement démographique du à une épidémie à virus Ebola, le taux d’émigration des femelles diminue dans les groupes de grande taille, ce qui suggère une meilleure qualité reproductrice et protectrice des mâles survivants. Les caractéristiques génétiques des partenaires sexuels dans le choix des femelles, notamment les gènes du complexe majeur d’histocompatibilité (CMH) qui codent pour des protéines impliquées dans les défenses immunitaires, peuvent être impliquées dans le choix de partenaire chez certains primates. Son implication éventuelle n’avait jamais été étudiée chez le gorille. Dans cette perspective nous avons cherché à développer une méthode pour étudier ce complexe de gènes à partir d’échantillons d’ADN non invasifs (fèces), c’est-à-dire avec de l’ADN faiblement concentré et dégradé. Nous avons défini une nouvelle amorce puis utilisé des méthodes de séquençage haut débit, d’électrophorèse sur gel à gradient dénaturant et un marqueur microsatellite lié au CMH afin de déterminer une méthode d’analyse à l’échelle populationnelle. Huit nouveaux allèles de CMH ont été détectés par séquençage haut débit. Le marqueur microsatellite présente un schéma d’amplification complexe et nécessite une optimisation des protocoles qui permettra de réduire les couts d’analyses de la variabilité du CMH à l’échelle populationnelle. Nos développements ouvrent de nouvelles perspectives pour l’étude de l’influence du CMH sur le choix de partenaire dans des populations sauvages de primates.
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Biologie
/ 11-03-2016
Belin Laurine
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Au cours de cette thèse, nous nous sommes demandé si certains stimuli visuels pouvaient avoir une valence émotionnelle universelle chez les vertébrés. Une première série d’expériences a été réalisée en laboratoire sur diverses espèces d’oiseaux. Au terme de ces expériences, un stimulus visuel en particulier a pu être identifié : lors de sa diffusion ce stimulus a induit 1) des retraits/envols rapides (i.e. environ 2 secondes après le début de la diffusion) chez une majorité d’individus ; 2) un changement de trajectoire d’un groupe d’oiseaux en vol, et 3) a gardé une valence émotionnelle négative pour les oiseaux, même après des diffusions répétées. Dans une seconde phase, ce même stimulus a été testé sur une large gamme d’espèces d’oiseaux en conditions naturelles. Nous avons alors pu 1) valider l’impact émotionnel négatif de ce stimulus ; 2) révéler une sensibilité différente aux caractéristiques chromatiques du stimulus selon l’espèce, mais également 3) son efficacité à long-terme sur des oiseaux en contexte alimentaire. Enfin, la perception de stimuli visuels dont la valence émotionnelle était connue chez les oiseaux, a été étudiée chez le cheval et l’Homme. Il a été mis en évidence que certains stimuli capturaient l’attention de ces 2 espèces De plus, la présence d’un trouble du spectre autistique semble influencer la perception de certains stimuli visuels. Ce travail de thèse a mis en évidence l’existence d’un stimulus visuel ayant une valence émotionnelle universelle chez les oiseaux. L’influence de deux facteurs principaux sur la perception de cette valence émotionnelle a été également révélée : 1) facteur spécifique et 2) facteur développemental.
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Biologie
/ 11-03-2014
Bellaïche Johanna
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Les cellules souches spermatogoniales (SSCs) constituent la population de cellules germinales initiales support de la production des spermatozoïdes tout le long de la vie d’un individu. Ces cellules caractérisées par leur capacité d’auto-renouvellement et de différenciation maintiennent ainsi une réserve et garantissent la production continue de cellules germinales différenciées. Chez les mammifères, plusieurs marqueurs permettant de reconnaitre cette population cellulaire au sein du testicule ont été identifiés. De plus, parmi ces marqueurs, certains permettent d’isoler et de purifier les SSCs. Ils ont ainsi permis d’aborder les mécanismes de régulation du devenir des SSCs par des expériences menées in vitro et in vivo. En revanche, la biologie de ces cellules est beaucoup moins connue chez les vertébrés non mammaliens, en particulier chez les poissons téléostéens. Notre modèle d’étude, la truite arc-en-ciel (Oncorynchus mykiss) est caractérisée par une spermatogenèse cyclique et fortement saisonnée. La croissance du testicule immature, la prolifération active des spermatogonies à la puberté, et la quiescence de ces dernières en fin de cycle semblent être des étapes clés de régulation du devenir des SSCs. Grâce à l’analyse des profils d’expression au cours du cycle spermatogénétique et dans des fractions de cellules testiculaires isolées, nous montrons la conservation d’expression de gènes décrit comme marqueurs de SSCs chez les mammifères (pou2, plzf, nanos2 et 3, gfra1) dans les populations de spermatogonies A indifférenciées de truite. En particulier, gfra1 et nanos2 identifient tous deux une sous-population de cellules au sein des spermatogonies. Nous proposons donc que les cellules gfra1+ et/ou nanos2+ sont des SSCs au sein du testicule de truite. Par ailleurs, nous montrons que l’orthologue truite de gdnf, ligand de gfra1 et régulateur majeur du maintien des SSCs chez la souris, est exprimé très fortement juste avant la fin de cycle spermatogénétique. Cette expression corrélée avec un pic de sécrétion plasmatique de Fsh suggérait une régulation positive de gdnf par cette hormone. Notre étude in vitro n’a pas permis d’aboutir aux mêmes conclusions, mais cette technique ne reflète pas toutes les régulations réciproques ni le rôle des autres facteurs in vivo. En conclusion, nous avons découvert des marqueurs probables de SSCs chez la truite. En particulier, gfra1 et nanos2 qui permettront une analyse plus approfondie de la biologie des SSCs chez les téléostéens. De plus, l’expression de gdnf et de son récepteur dans le testicule, régulée en fonction du stade du cycle spermatogénétique, nous permet d’envisager cette voie comme régulateur du devenir des SSCs chez la truite.
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Biologie
/ 08-04-2016
Bellamri Medjda
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Les amines hétérocycliques aromatiques (AHA) sont des contaminants de l'environnement et de l'alimentation, majoritairement formés lors de la cuisson de viande et poisson ainsi que dans la fumée de cigarette et les gaz d'échappements. Les AHA sont mutagènes chez la bactérie, cancérogènes multi-sites chez le rongeur et sont classées comme cancérogènes possibles ou probables chez l'Homme par l'IARC. Il est aujourd'hui indispensable de caractériser des biomarqueurs d'exposition dérivés des AHA (adduits à l'ADN et métabolites) pour améliorer l'estimation du risque chez l'Homme. Des résultats de l'équipe ont démontré que le 2-amino-9H-pyrido[2,3-b]indole (AαC) forme des niveaux d'adduits à l'ADN élevés dans les hépatocytes humains. Ces niveaux sont plus élevés que ceux formés par les autres AHA. L'objectif de cette thèse est de mieux comprendre le potentiel génotoxique d'AαC chez l'Homme. Nos travaux ont démontré que les adduits à l'ADN dérivés d'AαC sont persistants dans les hépatocytes humains et formés à des doses aussi faibles que 1nM. De plus, le CYP1A2 a été confirmé comme enzyme majoritaire dans la bioactivation d'AαC dans le foie humain. Nous avons également caractérisé les métabolites majeurs dérivés d'AαC dans les hépatocytes humains. Cette étude a permis d'établir pour la première fois une corrélation entre l'activité catalytique du CYP1A2, la formation d'AαC-HN2-O-Gl et la formation des adduits à l'ADN dérivés d'AαC. Le métabolite AαC-HN2-O-Gl étant réactif vis-à-vis de l'ADN in vitro, nos travaux confortent l'hypothèse que la voie des UDP-Glucuronosyltransférases (UGTs) est une nouvelle voie de bioactivation d'AαC dans le foie humain. De plus, nous avons montré que les adduits à l'ADN dérivés des AHA sont formés dans les lymphocytes T humains activés et en particulier les adduits en position C8 de la guanine dérivés d'AαC. Au total, ces travaux ont permis l'identification de métabolites stables et des adduits à l'ADN, potentiels biomarqueurs d'exposition à AαC, qui sont indispensables pour une meilleure estimation du risque génotoxique d'AαC chez l'Homme.
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Biologie cellulaire, biologie du dévelopement
/ 10-09-2018
Bellec Karen
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Notch est le récepteur d’une voie de communication intercellulaire, conservée au cours de l’évolution et impliquée dans de nombreux processus développementaux. Chez Drosophila melanogaster, la spécification et la division des précurseurs des organes sensoriels (SOPs) sont gouvernées par l’activation différentielle de la voie de signalisation Notch. Cette activation est dépendante de l’interaction entre le récepteur Notch et les ligands Delta/Serrate et LAG-2. Cette interaction favorise le clivage protéolytique du récepteur Notch puis la libération et la translocation du domaine intracellulaire dans le noyau de la cellule receveuse du signal. L’activation de Notch est étroitement régulée dans le temps et dans l’espace et est sous le contrôle du trafic intracellulaire. Toutefois, la localisation exacte de l’interaction entre le ligand et le récepteur demeure encore débattue.
Précédemment, la protéine Stratum, prédite pour avoir un rôle de facteur d’échange nucléotidique (GEF), fut identifiée comme régulateur de la voie de signalisation Notch. Ici, nous montrons que la perte de Stratum induit des phénotypes Notch associés à une délocalisation du co-facteur de Notch, Sanpodo, au pôle apical des cellules et dans le réseau trans- golgien, avec Notch et Delta. De plus, nous montrons que Rab8 est délocalisée en absence de Stratum et la perte de Rab8 récapitule les phénotypes Notch observés dans le mutant strat. Ensemble, nous résultats indiquent que Stratum et Rab8 régulent la voie de signalisation Notch en contrôlant à la fois le tri et le transport polarisé de Notch, Sanpodo et Delta à la sortie de l’appareil de Golgi.
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Écologie, évolution
/ 09-06-2023
Bellec Laura
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La sélection de la plante hôte pour l'alimentation dépend de la stratégie nutritionnelle de l'insecte. Identifier les facteurs qui déterminent ces stratégies est une question fondamentale pour comprendre les interactions plantes-insectes, mais est aussi d'un intérêt pour la recherche appliquée visant à améliorer la résistance des cultures. Nous avons combiné des approches de l'écologie nutritionnelle et chimique et de la génétique quantitative pour élucider les déterminants de la stratégie nutritionnelle du méligèthe, un ravageur majeur du colza. Nos résultats suggèrent que, bien que les méligèthes soient généralistes, ils semblent s’être spécialisés sur le contenu en macronutriments et métabolites des fleurs ouvertes du colza, leur principale ressource. Dans ce contexte, nous avons cherché à comprendre les bases du rejet connu de la moutarde blanche par le méligèthe, qui pourraient avoir des applications agronomiques prometteuses pour protéger les cultures de colza. Nous avons montré que le contenu en macronutriments du pollen n'explique pas ce rejet, contrairement aux métabolites du périanthe des boutons floraux. Nous avons identifié les premiers déterminants génétiques de la résistance de la moutarde blanche, avec l'identification de trois QTL de résistance. Le pyramidage de multiples gènes souhaitables et de traits de résistance chimiques, tel qu'il peut être envisagé à partir de ce travail, offre des perspectives prometteuses pour les programmes de sélection visant à introduire des résistances durables de la moutarde blanche dans les cultivars de colza. Dans l'ensemble, ce travail met en évidence la nécessité d'intégrer des approches provenant de différents domaines de recherche afin d'élucider les pressions de sélection qui influencent le choix de la ressource par les insectes. Comme nous l'avons démontré ici, cette intégration est d’intérêt à la fois pour une meilleure compréhension des processus de sélection des plantes-hôtes et pour le développement de programmes durables de protection des cultures.
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Statistiques/Modélisation en écologie, géosciences, agronomie et alimentation
/ 18-04-2018
Bellot Benoit
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Une alternative prometteuse à la lutte chimique pour la régulation des ravageurs de culture consiste à favoriser les populations de leurs prédateurs en jouant sur la structure du paysage agricole. L'identification de structures spatio-temporelles favorables aux ennemis naturels peut se faire par l'exploration de scénarios paysagers via une modélisation couplée de paysages et de dynamiques de population. Dans cette approche, les dynamiques de populations sont simulées sur des paysages virtuels aux propriétés structurales contrôlées, et l'observation des motifs de populations associés permet l'identification de structures favorables. La modélisation des dynamiques de populations repose cependant sur une connaissance fine des processus écologiques et de leur variabilité entre les différentes unités du paysage. L'état actuel des connaissances sur les mécanismes écologiques régissant les dynamiques des ennemis naturels de la famille des carabidés demeure l'obstacle majeur à la recherche in silico de scénarios paysagers favorables. La littérature sur les liens entre motifs de population de carabes et variables paysagères permet de formuler un ensemble d'hypothèses en compétition sur ces mécanismes. Réduire le nombre de ces hypothèses en analysant les convergences entre les motifs de population qui leur sont associés, et étudier la stabilité de ces convergences le long d'un gradient paysager apparaît comme une première étape nécessaire vers l'amélioration de la connaissance sur les processus écologiques. Dans une première partie, nous proposons une heuristique méthodologique basée sur la simulation de modèles de réaction-diffusion porteurs de ces hypothèses en compétition. L'étude des motifs de population a permis d'effectuer une typologie des modèles en fonction de leur réponse à une variable paysagère, via un algorithme de classification, réduisant ainsi le nombre d’hypothèses en compétition. La sélection de l'hypothèse la plus plausible parmi cet ensemble irréductible doit s'effectuer sur la base d'une observation des motifs de population sur le terrain. Cela implique que ces derniers soient caractérisés à des résolutions spatiales et temporelles suffisantes pour sélectionner une unique hypothèse parmi celles en compétition. Dans la deuxième partie, nous proposons une heuristique méthodologique permettant de déterminer a priori des stratégies d'échantillonnage maximisant la robustesse de la sélection d'hypothèses écologiques. Dans un premier temps, la simulation de modèles de réaction-diffusion représentatifs des hypothèses écologiques en compétition permet de générer des données biologiques virtuelles en tout point de l'espace et du temps. Ces données biologiques sont ensuite échantillonnées suivant des protocoles différant dans l'effort total d'échantillonnage, le nombre de dates, le nombre de points par unité d'espace et le nombre de réplicats de paysages. Les motifs des populations sont caractérisés à partir de ces échantillons. Le potentiel des stratégies d'échantillonnage est évalué via un algorithme de classification qui classe les modèles biologiques selon les motifs de population associés. L'analyse des performances de classification, i.e. la capacité de l'algorithme à discriminer les processus écologiques, permet de sélectionner un protocole d'échantillonnage optimal. Nous montrons également que la manière de distribuer l'effort d'échantillonnage entre ses composantes spatiales et temporelles est un levier majeur sur l'inférence des processus écologiques. La réduction du nombre d'hypothèses en compétition et l'aide à l'échantillonnage pour la sélection de modèles répondent à un besoin fort dans le processus d'acquisition de connaissances écologiques pour l'exploration in silico de scénarios paysagers favorisant des services écosystémiques. Nous discutons dans une dernière partie des implications de nos travaux et de leurs perspectives d'amélioration.
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Ecologie, évolution
/ 13-12-2018
Bélouard Nadège
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La question de la coexistence entre espèces est cruciale dans le contexte des changements globaux, où certaines espèces colonisent de nouveaux écosystèmes, tel le cas des espèces invasives. Dans les habitats discontinus, la coexistence entre espèces invasives et natives gagne à être considérée à la lumière de la théorie des métacommunautés, et en particulier en examinant séparément les processus de dispersion et les interactions locales afin de déterminer leurs effets relatifs. Les approches observationnelles en milieux naturels permettent par ailleurs la prise en compte de la complexité des relations possibles. C’est le travail abordé dans cette thèse à travers l’exemple de l’effet de l’invasion de l’écrevisse de Louisiane sur les amphibiens natifs dans des réseaux de mares. La densité des larves et la distribution des amphibiens ont montré la conccurrence avec l’écrevisse dans les mares. Grâce à la génétique du paysage, la dispersion de l’écrevisse s’est révélée fortement contrainte par le caractère discontinu des habitats, contrairement à celle des amphibiens, bien qu’elle ait été variable parmi les trois espèces étudiées. Les analyses d’isotopes stables ont montré que malgré sa position centrale dans les réseaux trophiques, l’écrevisse n’avait pas de fortes interactions trophiques avec les amphibiens, tout au plus un effet indirect par la modification de l’habitat. Sur la base des mécanismes considérés ici, la coexistence entre les amphibiens natifs et l’écrevisse invasive semble ainsi envisageable. Des suites de ce travail sont envisageables à l’échelle des communautés grâce à l’ADN environnemental.
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Biologie
/ 17-12-2015
Ben Maamar Millissia
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Durant ces trois dernières décennies, les présomptions sur les troubles liés aux perturbateurs endocriniens chez l’Homme n’ont cessé de s’accumuler. De nombreuses études ont fait état d’une augmentation des troubles de la reproduction (dégradation des paramètres séminaux en certains endroits du globe, augmentation de l’incidence des cancers testiculaires) et des anomalies du développement du tractus uro-génital (cryptorchidie et hypospadias) de l’Homme. Néanmoins, la description précise de ces anomalies est souvent difficile à cause d’un manque d’uniformité dans les critères de diagnostic. Plusieurs causes peuvent toutefois être identifiées et les preuves mettant en cause l’exposition chimique se sont renforcées. Ces polluants industriels capables de perturber les fonctions du système endocrinien sont alors appelés « perturbateurs endocriniens » (PE). Ce terme, entré dans les mœurs, est devenu un réel débat de société pesant même dans les décisions politiques (REACH). Mises en relation, ces observations ont conduit de nombreux chercheurs à étudier dans l’environnement des polluants permettant d’expliquer, du moins en partie, la détérioration de la fonction de reproduction masculine. Outre les études épidémiologiques, l’évaluation des effets de potentiels perturbateurs endocriniens chez l’Homme est complexe. Les études sur des modèles cellulaires, animaux ont certes aidé à faire des avancées considérables dans la compréhension de leurs effets physiologiques et de leurs mécanismes d’action, il existe toutefois de nombreuses disparités entre les études que ce soit au niveau du modèle expérimental choisi. De même, de nombreux paramètres comme les doses choisies, les temps d’exposition, le modèle expérimental ou encore l’âge des animaux limitent l’extrapolation à l’espèce humaine. Pour mieux contribuer à la compréhension de ces phénomènes chez l’Homme, nous avons mis au point au laboratoire notre propre système de culture organotypique d’explants testiculaires humains fœtaux. Ce système existe depuis très longtemps chez le rongeur; couplé à une approche complémentaire par xénogreffe, il pourrait à terme permettre de mieux comprendre les mécanismes de ces PE chez l’Homme. Dans un premier temps, différents paramètres de ce système ont été étudiés afin d’en tester la robustesse en utilisant un présumé PE faisant l’objet d’une attention publique particulière : le bisphénol A. Malgré plusieurs études suggérant ses propriétés anti-androgéniques, il en existe d’autres qui au contraire arguent de son absence d’effet générant ainsi un vif débat autour de cette molécule. Mes travaux de thèse mettent en exergue l’influence notable que peuvent avoir les conditions de culture ex vivo, et sur les résultats obtenus dans les études toxicologiques sur le bisphénol A et donc sur leur interprétation en terme d’évaluation du risque. Nous avons également utilisé ce système de culture pour évaluer les effets de perturbateurs endocriniens émergents comme les analgésiques sur la fonction testiculaire du fœtus humain, en particulier l’ibuprofène, largement consommé pendant la grossesse. Ces analgésiques ont en effet été récemment pointés du doigt dans l’augmentation du facteur de risque de survenue de cryptorchidie. Nous avons donc évalué les effets directs de l’ibuprofène qui semblent cibler tous les types cellulaires du testicule fœtal.
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