L’éclogitisation est un processus emblématique des zones de subduction continentales. Elle fait intervenir aussi bien la transformation de l’assemblage minéralogique, une modification de rhéologie et de perméabilité, une interaction entre fluides et roche, et une déformation tantôt visqueuse, tantôt cassante, susceptible de causer des séismes. L’étude des couplages entre réactions métamorphiques, déformation et fluides est donc cruciale pour comprendre la nature et la rhéologie de la croûte continentale inférieure lorsque celle-ci atteint des conditions de haute pression. Cette thèse a pour objet l’étude de ces couplages, à travers un cas de terrain précis : l’éclogitisation de la granulite de l’île d’Holsnøy, une partie aujourd’hui exhumée de l’ancienne croûte inférieure de la chaîne de montagnes calédonienne, dans les Arcs de Bergen à l’ouest de la Norvège. L’observation des structures sur le terrain révèle que la déformation et la circulation de fluides sont les moteurs de l’éclogitisation de la croûte inférieure. Cependant, l’évolution temporelle et les conditions de pression des zones éclogitiques sont toujours énigmatiques. Au cours de cette thèse, je me suis donc appliqué à comprendre comment les rétroactions entre transformation métamorphique, transport de fluides et déformation peuvent expliquer l’évolution spatio-temporelle des zones éclogitiques d’Holsnøy. Cette thèse est structurée en trois chapitres principaux, qui correspondent à deux articles scientifiques déjà publiés, et un troisième en préparation. Dans un premier temps, j’ai réalisé une étude pétrologique détaillée d’une bande de cisaillement éclogitique de Holsnøy, afin de déterminer les changements minéralogiques et texturaux qui transforment la granulite en éclogite au cours des réactions métamorphiques successives. Ces observations révèlent que les premières réactions affaiblissent la granulite, et les dernières réactions restaurent en partie la résistance de la roche. J’ai élaboré un modèle numérique qui illustre que ce mécanisme d’affaiblissement transitoire, associé à la circulation de fluides, contribue à l’élargissement des bandes de cisaillement au cours du temps. Dans un deuxième temps, j’ai élaboré un modèle numérique pour étudier comment l’apport épisodique de fluides pressurisés peut propager l’éclogitisation dans la granulite, même si elle est imperméable. Je montre qu’il existe une rétroaction positive entre circulation de fluides et éclogitisation : un apport de fluides provoque l’éclogitisation, et cette réaction densifie la roche, ce qui génère de la porosité, favorisant ainsi la circulation de fluides. Un front hydro-réactif peut donc se propager rapidement dans la granulite imperméable et causer son éclogitisation. Le couplage fluides-réaction est donc un processus plausible d’évolution des zones éclogitiques de Holsnøy. Afin de réunir les résultats des deux premiers articles, j’ai pour finir complété le modèle précédent afin de prendre en compte la déformation ainsi que les effets rhéologiques de l’éclogitisation. Cette étude montre que la déformation dans un milieu rhéologiquement hétérogène peut générer des variations locales de pression de plusieurs kbar. Celles-ci peuvent expliquer la juxtaposition de roches de faciès métamorphiques différents au même niveau crustal. La circulations de fluides peut toutefois affecter ces variations de pression.

Avec le développement de systèmes de prise de décision automatisés et optimisés, le partitionnement de grands flux de données, qui ne dépend pas d'échantillons d'apprentissage, attire de plus en plus l'attention. Dans l'état de l'art, la majorité des méthodes de partitionnement de flux de données sont paramétriques, ce qui nécessite la spécification d'un ou plusieurs paramètres définis par l'utilisateur et/ou du nombre de classes avant le processus de partitionnement. En effet, dans les applications pratiques, obtenir des connaissances a priori sur l'ensemble de données et déterminer les valeurs de paramètres optimales à l'avance est un défi. Par conséquent, notre recherche se concentre sur le développement d'une méthode non supervisée et non paramétrique facile à utiliser par les utilisateurs, bénéficiant du fait qu'elle élimine le besoin de connaissances a priori et supprime la nécessité de régler les paramètres de manière empirique. La méthode développée peut estimer de manière autonome le nombre de classes et partitionner le flux de données. Elle est efficace pour partitionner un flux de données de grandes tailles spatiale et spectrale, en particulier les flux de données hyperspectraux. La méthode proposée a été évaluée sur des bases de données réelles et synthétiques. Selon plusieurs critères d'évaluation objectifs, elle surpasse les cinq méthodes de partitionnement de flux de données comparées (trois méthodes paramétriques non supervisées, une méthode semi-supervisée et une méthode supervisée utilisant l'apprentissage actif).

Cette thèse est dédiée à des méthodes de simulation d'évènements rares et d'estimation de leurs probabilités. Nous nous concentrons sur des méthodes dites "particulaires" qui ont été développées depuis les années 50 : le principe est d'effacer successivement les particules trop éloignées de l'évènement rare étudié, et de les rebrancher sur les particules restantes. La première partie du manuscrit se concentre sur l'établissement d'un lien intrinsèque entre deux méthodes : un algorithme dénoté Sequential Monte Carlo et l'algorithme Adaptive Multi-level Splitting. Ainsi, nous montrons que ce dernier peut-être compris, dans un certain contexte, comme une limite du premier. Pour ce faire, nous détaillons un couplage entre les deux méthodes, avant de montrer la convergence de leurs points de branchement. Une fois cela terminé, cela nous apporte de nouvelles justifications pour prouver certaines propriétés sur les estimateurs, telles que le caractère sans biais. La seconde partie se concentre davantage sur l'algorithme AMS, avec seulement deux particules. Nous l'étudions alors dans un contexte "petit bruit" avec pour objectif de montrer la convergence des points de branchement vers une EDO déterministe. Pour ce faire, nous étudions un processus reconstruit, grâce à des arguments tels que le théorème de Girsanov et la h-transformation de Doob. Nous comparons ensuite l'EDO limite à celle donnée par la théorie de Freidlin-Wentzell qui correspond à la trajectoire "optimale".

Les systèmes opaques présentent un défi unique pour la gestion des droits numériques, ou Digital Right Management (DRM), Widevine en étant une illustration clé. Malgré son utilisation répandue, ce système DRM a révélé des vulnérabilités importantes dans la protection du contenu propriétaire. Dans cette thèse, nous disséquons le fonctionnement interne de Widevine et analysons comment cette opacité entrave la sécurité tant pour les fournisseurs de contenu, appelés platforme Over-the-Top (OTT), que pour les utilisateurs. Nous explorons sa mise en utilisation sur les plateformes OTT, identifiant les obstacles qui empêchent son utilisation complète. Les préoccupations en matière de confidentialité sont également abordées, alors que nous enquêtons sur des problèmes d'implémentation au sein des navigateurs internet lors de la standardisation des systèmes DRM par la W3C avec la recommandation Encrypted Media Extension (EME). Ces résultats ne dévoilent pas seulement des problèmes liés à Widevine, mais signalent également des voies de recherche futures dans le paysage DRM plus large, soulignant la nécessité de transparence, de sécurité et de conception centrée autour des utilisateurs.

Dans cette thèse, des verres dans le système pseudo-ternaire Na2S–Ga2S3–GeS2 ont été synthétisés, et leurs propriétés thermiques, structurales et conductrices ont été étudiées. De plus, la synthèse d’une composition cristalline particulière de ce système a été étudiée, NaGaGeS4. Tout d'abord, les verres de composition x[Na2S]–(100-x) x[Na2S]–(100-x) [0.5GeS2–0.5Ga2S3] ont été préparés via un processus de synthèse en deux étapes (fusion-trempe et méchanosynthèse). Une large gamme de compositions a été obtenue (10 ≤ x ≤ 75). La spectroscopie Raman a été utilisée pour étudier la structure du verre en fonction de la teneur en Na2S. Elle a révélé un effondrement constant du réseau basé sur les tétraèdres Ga(Ge)S4/2 avec l'ajout de Na2S, ainsi que la formation de soufre non pontant dans le réseau du verre. La conductivité la plus élevée à température ambiante est obtenue pour l'échantillon avec x=75 (σ = 1.8 × 10-5 S.cm-1). La conductivité la plus élevée est atteinte pour le même échantillon à 90 °C (σ = 1.0 × 10-3 S.cm-1). Une tentative de préparation de NaGaGeS4 a été menée. L'analyse par DRX a révélé que sa structure cristalline était similaire à celle de Na2Ga2GeS6. Une meilleure conductivité ionique a été obtenue par rapport à son homologue vitreux, grâce à sa structure qui favorise la mobilité des porteurs de charge.

L’optimisation convexe est fréquente en apprentissage automatique, statistiques, signal et image. La résolution de problèmes d'optimisation en grande dimension reste difficile en raison de contraintes calculatoires et de stockage. La dernière décennie, les méthodes de ''safe screening'' sont devenues un outil puissant pour réduire la dimension de ces problèmes en se basant sur la connaissance d'une ''safe region'' contenant la solution optimale duale. La première contribution de cette thèse est un cadre mathématique pour créer de nouvelles ''safe region'' tout en démontrant leur supériorité par rapport à l'état de l'art. Notre cadre offre également une manière élégante d’unifier les ''safe regions'' existantes. Cette contribution établit en particulier une base théorique pour les futures avancées dans l’étude des ''safe region''. La seconde contribution est une extension de la méthodologie de ''safe screening'' à des problèmes en dimension infinie. Nous montrons notamment que l’intégration de cette méthode dans un algorithme de l'état de l'art permet de réduire significativement sa complexité numérique tout en préservant sa propriété de convergence. Cette contribution met en évidence le potentiel du ''safe screening'' pour résoudre efficacement les défis calculatoires dans des contextes de dimension infinie.

La Transplantation Utérine (TU) est en pleine essor dans le monde depuis la 1ère naissance issue d’une TU en 2014. A ce jour 90 TU ont été réalisées et 50 enfants sont nés. Celle-ci peut être réalisée à partir d’une donneuse vivante dans les 3⁄4 des cas et à partir de donneuses en état de mort encéphalique dans 1⁄4 des cas. Dans cette dernière configuration le temps d’ischémie froide est plus long environ 6h (vs 1h30 en cas de donneuse vivante). Il nous faut donc optimiser la préservation des greffons utérins afin de limiter les lésions d’ischémie- reperfusion. Ainsi dans un 1er temps, à l’aide de dissections de sujets anatomiques, nous allons voir comment optimiser le prélèvement utérin et ainsi le meilleur retour veineux. Dans un second temps nous allons évaluer le nombre potentiel de greffon utérin disponible et notamment en cas de donneuse en état de mort encéphalique. Nous poursuivrons par l’étude des phénomènes d’ischémie- reperfusion et les moyens de préservations des greffons en général et de l’utérus (solution de conservation, machine de perfusion, transporteurs d’oxygène). Nous développerons les modèles animaux mis en place : modèle d’autotransplantation utérine orthotopique et modèle d’allotransplantation utérine hétérotopique. Dans ce dernier modèle nous avons fait la preuve de concept de la possibilité d’utiliser la machine de perfusion hypothermique sans induire de lésions vasculaires utérines. Nous allons poursuivre ces travaux de recherche en cherchant à évaluer l’intérêt des transporteurs d’oxygène et de la perfusion en normothermie.

L’objectif de la thèse est d’étudier la richesse des particuliers en tant que critère de modulation du droit public français. La richesse des particuliers présente, sur le plan juridique, une grande diversité matérielle. Il est néanmoins possible de proposer une conceptualisation du critère de la richesse des particuliers au regard de sa fonction, la redistribution sociale. Le critère de la richesse des particuliers est orienté vers une unique fonction, celle d’opérer une redistribution entre les particuliers en fonction de leur richesse. Cela amène à conclure à l’existence du critère de la richesse des particuliers en droit public. L’identification de la fonction de redistribution sociale du critère permet ensuite de procéder à une évaluation critique de son application. La fonction de redistribution sociale du droit public trouve ses fondements dans de nombreuses sources conventionnelles et constitutionnelles. L’étude du droit applicable au critère de la richesse montre qu’un approfondissement du champ d’application et des modalités d’application du critère de la richesse permettrait une meilleure réalisation de la fonction de redistribution sociale. Cela implique néanmoins de tenir compte des contraintes juridiques qui s’exercent sur l’application du critère de la richesse des particuliers en droit public français.

L'objectif de la thèse était d'évaluer le potentiel thérapeutique d'un nouveau pseudopeptide antimicrobien, nommé Pep16, à la fois in vitro et in vivo pour le traitement de l'arthrite septique causée par Staphylococcus aureus. Sept isolats cliniques de S. aureus (dont 1 SARM et 5 SASM) ont été étudiés. Les CMI de Pep16 et des comparateurs (vancomycine, teicoplanine, daptomycine et lévofloxacine) ont été déterminées par la méthode de microdilution en bouillon. L'activité intracellulaire de Pep16 et de la lévofloxacine a été évaluée en utilisant deux modèles d'infection, avec des cellules phagocytaires non-professionnelles (ostéoblastes MG-63) ou professionnelles (macrophages THP-1). L'impact de Pep16 sur la dynamique de croissance du biofilm a été évalué. Un modèle murin d'arthrite septique a été utilisé pour évaluer l'efficacité in vivo de Pep16. Une analyse PK préliminaire a été effectuée en mesurant la concentration plasmatique par LC-MS/MS après une seule injection sous-cutanée de Pep16. Les CMI de Pep16 étaient de 8 mg/L pour tous les isolats cliniques de S. Aureus (de 2 à 32 fois supérieures à celles des comparateurs) tandis que les ratios CMB/CMI confirmaient une activité bactéricide. Tant Pep16 que la lévofloxacine (à 2 x CMI) ont réduit de manière significative la charge bactérienne de tous les isolats testés (2 SASM et 2 SARM) à la fois dans les ostéoblastes et les macrophages. Pep16 a réduit de manière significative les charges bactériennes dans les articulations des genoux des souris infectées par SASM. L'analyse PK après une seule administration sous-cutanée de Pep16 (10 mg/kg) a montré une augmentation lente des concentrations plasmatiques jusqu'à 12 heures (Cmax à 5,6 mg/L).

Les troubles de la fertilité et les anomalies du tractus uro-génital sont en augmentation. Afin de mieux comprendre ce déclin de la santé reproductive, il est important d’approfondir nos connaissances sur la gamétogenèse et sur le développement et la physiologie des gonades car nombre de ces anomalies tirent leur origine au cours du développement. Dans un premier axe de recherche, j’ai activement contribué la compréhension de la transition mitose-méiose, au cours de la spermatogénèse. Mes travaux ont permis la caractérisation à l’échelle de la cellule unique d’un troisième mécanisme d’inactivation transcriptionnelle pangénomique retrouvé en début de prophase I de méiose chez la souris appelé Early Meotic Low Transcription (EMLT). J’ai ainsi démontré que ce mécanisme est conservé au cours de l’évolution chez les mammifères et qu’il s’accompagne d’une stabilisation des ARNm. Dans un deuxième axe de recherche, j’ai établi une méta-cartographie à l’échelle de la cellule unique des gonades au cours du développement. Ce méta-atlas inter-espèce, composé de plus d’un million de cellules humaines et souris provenant de 25 études, constitue la ressource la plus exhaustive concernant le développement et la physiologie des gonades. Ces données ont été rendues disponibles sur la troisième génération du ReproGenomics Viewer (RGV3, https://rgv.genouest.org). J’ai ainsi contribué à la refonte complète de RGV3 dont la nouvelle interface interactive facilite l’exploration des données de scRNA-seq et est compatible avec les données de transcriptomique spatiale.