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Auteur
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DES Oncologie Médicale
/ 16-12-2022
Peinoit Alexandre
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Introduction: Les cancers des voies biliaires (CVB) sont au deuxième rang des tumeurs hépatiques. En première ligne en phase avancée, le traitement recommandé pour les patients en bon état général, ECOG PS 0 - 1 est le protocole Cisplatine Gemcitabine (CISGEM). Les patients atteints de CVB avancés sont souvent ECOG PS 2. Il n’y a pas de protocole recommandé de part le manque de données pour ces patients. Méthodes: Nous avons analysé rétrospectivement les données de patients atteints d’un CVB avancé, traités par chimiothérapie dans plusieurs centres européens. Le critère de jugement principal était la survie globale (SG). Les analyses de survie et la comparaison entre elles ont été effectuées pour les patients ECOG PS 2, au sein des groupes de traitement Cisplatine Gemcitabine, Gemcitabine seule, Gemcitabine Oxaliplatine. Résultats: 1022 patients ont été recueillis entre le 1er mai 2012 et le 15 janvier 2021. 12% étaient classés ECOG PS 2. La SG médiane de la population de patients ECOG PS 2 était de 7,5 mois (5,6 - 9,8) dans le bras de traitement Cisplatine Gemcitabine versus 2,9 mois (2,4 - 4,5) dans le bras Gemcitabine, HR 0,49, (IC95% [0,37 - 0,66]), p < 0,001 et versus 3,3 mois (1,8 - 5,8) dans le bras Gemcitabine Oxaliplatine, HR 0,47 (IC95% [0,32 – 0,69]), p<0,001. Conclusion: Nos données suggèrent que les patients ECOG PS 2 atteints d’un CVB avancé pourraient tirer bénéfice du protocole Cisplatine Gemcitabine en première ligne.
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Sciences de la terre et de l'environnement
/ 16-12-2022
Cornette Nicolas
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Dans les aquifères de socle cristallin, les ressources en eau souterraines sont principalement de proche subsurface, marquées par de larges variations horizontales et verticales des propriétés hydrodynamiques. Les chroniques hydrologiques contiennent de l’information sur les propriétés des milieux souterrains dans la partie récession de la série temporelle des débits. Les objectifs de la thèse étaient d’extraire des chroniques hydrologiques les facteurs de vulnérabilité des bassins versants aux étiages (les propriétés hydrodynamiques et leur hétérogénéité), de corréler les propriétés et la lithologie et d’évaluer la réponse des aquifères face aux changements climatiques. Le modèle hs1D décrit les écoulements à l’échelle du versant et a été utilisé pour estimer les propriétés hydrodynamiques de 79 bassins versants en Bretagne. Ce modèle a été adapté pour tenir compte de l’hétérogénéité des processus à partir d’une approche à deux versants. Les propriétés calibrées sont alors mises en relation avec la lithologie des bassins versants dans une optique de régionalisation. Cette approche met en avant la présence à la fois d’écoulements lents et rapides sur l’ensemble des bassins versants, contraints par la perméabilité et la diffusivité des versants. Les cartes d’exploration fournissent des informations sur les capacités de stockage des bassins versants. La corrélation des propriétés hydrodynamiques avec la lithologie suggère que les modèles régionaux peuvent être contraints par une quantité de données restreinte malgré la complexité des écoulements des aquifères de socle.
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Microbiologie, virologie, parasitologie
/ 16-12-2022
Anis Nagham
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Campylobacter est la bactérie responsable de la majorité des zoonoses en Europe. La viande de volaille est considérée comme une source majeure de contaminations humaines. Pour réduire l'exposition des consommateurs, des mesures de contrôle au niveau de l'abattoir et de l'élevage doivent être développées. L’étude des interactions possibles de Campylobacter avec d'autres microorganismes chez les volailles pourrait conduire au développement de nouvelles stratégies de contrôle. Les objectifs de la thèse étaient de développer une méthode moléculaire rapide et spécifique utilisant la PCR quantitative en temps réel (qPCR) pour détecter Salmonella et quantifier Campylobacter en une seule étape d'analyse et d'étudier l'interaction in vitro et in vivo entre ces deux bactéries et avec d'autres microorganismes. La méthode de la qPCR a été développée et validée sur des échantillons provenant de la production primaire et de la chaine de transformation alimentaire. Un effet positif de Salmonella sur la survie de Campylobacter in vitro lors d’une co-culture en conditions aérobies et une interaction positive entre ces deux bactéries in vivo après co-infection chez les poulets de chair ont été demontrés. Une interaction positive de Blastocystis avec Campylobacter et négative avec Salmonella ont été démontrées dans des fientes des volailles. Cette thèse a permis le développement d’une nouvelle méthode pour la détection de Salmonella et la quantification de Campylobacter en une seule étape. Elle a permis aussi d’identifier des interactions entre Campylobacter, Salmonella et Blastocystis pouvant amener à développer des moyens de lutte.
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Chimie moléculaire et macromoléculaire
/ 16-12-2022
Barale Marie
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Ce travail est consacré à la synthèse, à la caractérisation et aux études photophysique de nouveaux dithienylethenes (DTE) a base de chromophores organometalliques et organiques vers le contrôle tout optique d’interactions supramoléculaires. Grâce à un design original du DTE, les interactions supramoléculaires sont contrôlées optiquement par un mouvement moléculaire. Après une étude bibliographique présentant les propriétés vastes des DTE et leur efficacité à photo-contrôler les propriétés de luminescence de chromophores variés, la première stratégie vers la photo-modulation de la luminescence exciplexe proche infra-rouge de complexes de platine(II) est présentée. Les monocomplexes de Pt(II) à bases de DTE ont étés obtenus et sont entièrement caractérisés et leur propriétés photochromes et photophysiques sont démontrées. Les DTE présentent une stabilité optique et montrent une photo-modulation efficace de la luminescence des mono-complexes de platine(II). La troisième partie de ce travail vise à obtenir des DTE à bases de pyrene pour le contrôle tout-optique d’excimer statique. Deux nouveaux DTE bispyrene ont étés obtenus et leur caractérisation complète est également présentée. Ces DTE présentent une efficacité de la réaction de photochromisme, ainsi qu’une bonne extinction de la luminescence excimère du pyrène dû à un mouvement moléculaire. Les études photophysiques révèlent la possibilité d’utiliser l’absorption à un- et deux-photons afin d’atteindre un système de lecture non destructif, présentant un intérêt pour les applications de stockage d’informations. La quatrième partie de ce travail est complémentaire à la précédente et présente la stratégie et la synthèse vers l’obtention de DTE atropoisomères pour le contrôle optique de propriétés chiroptiques, en introduisant de l’encombrement stérique sur le DTE.
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Informatique
/ 16-12-2022
Pham Duy-Phuc
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L'Internet des objets est constitué de périphériques dont le nombre et la complexité augmentent de manière exponentielle. Ils utilisent une variété de logiciels et de micrologiciels personnalisés sans tenir compte des problèmes de sécurité, ce qui en fait une cible attrayante pour les cybercriminels. La détection des malware reposant sur des caractéristiques statiques et dynamiques se heurte encore à diverses difficultés, telles que les techniques d'empaquetage ou d'obfuscation, ou la possibilité d'échapper à la surveillance sandbox. Contrairement aux systèmes informatiques et aux serveurs, les systèmes cyber-physiques embarqués peuvent manquer de ressources ou d'accessibilité pour les outils anti-malware. Nous présenterons des méthodes qui ne nécessitent pas d'altération du dispositif et qui peuvent être déployées de manière indépendante sans aucune surcharge en exploitant l'émanation électromagnétique par radio. Les contributions de cette thèse de doctorat sont séparées en deux parties différentes. Premièrement, nous présentons une nouvelle approche qu'un analyste malware peut utiliser pour recueillir des informations exactes sur le type et l'identité des malwares, même en présence de techniques d'obfuscation qui peuvent entraver l'analyse. De plus, nous présentons le système ULTRA à faible coût, qui est la première solution de type "wave-and-play", où il suffit d'agiter une sonde sur le dispositif pour voir instantanément quel rootkit est infecté. ULTRA a une spécification qui facilite la découverte des rootkits dans un système en temps réel sans qu'il soit nécessaire de modifier le dispositif ou d'exiger des logiciels en surveillant deux types distincts d'appâts qui sont capables d'exposer le comportement des rootkits furtifs.
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Informatique
/ 16-12-2022
Lemane Téo
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Le 21ème siècle subit un tsunami de données dans de nombreux domaines, notamment en bio-informatique. Ce changement de paradigme nécessite le développement de nouvelles méthodes de traitement capables de passer à l'échelle sur de telles données. Ce travail consiste principalement à considérer des jeux de données massifs provenant du séquençage génomique. Une façon courante de traiter ces données est de les représenter comme un ensemble de mots de taille fixe, appelés k-mers. Les k-mers sont très largement utilisés comme éléments de bases par de nombreuses méthodes d'analyses de données de séquençages. L'enjeu est de pouvoir représenter les k-mers et leurs abondances dans un grand nombre de jeux de données. Une possibilité est la matrice de k-mers, où chaque ligne est un k-mer associé à un vecteur d'abondances. Ces k-mers sont erronées en raison des erreurs de séquençage et doivent être filtrés. La technique habituelle consiste à écarter les k-mers peu abondants. Sur des ensembles de données complexes comme les métagénomes, un tel filtre n'est pas efficace et élimine un trop grand nombre de k-mers. La vision des abondances à travers les échantillons permise par la représentation matricielle permet également une nouvelle procédure de détection des erreurs dans les jeux de données complexes. En résumé, nous explorons le concept de matrice de k-mer et montrons ses capacités en termes de passage à l'échelle au travers de diverses applications, de l'indexation à l'analyse, et proposons différents outils à cette fin. Sur le plan de l'indexation, nos outils ont permis d'indexer un grand ensemble métagénomique du projet Tara Ocean tout en conservant des k-mers rares, habituellement écartés par les techniques de filtrage classiques. En matière d'analyse, notre technique de construction de matrices permet d'accélérer d'un ordre de grandeur l'analyse différentielle de k-mers.
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Mathématiques et leurs interactions
/ 15-12-2022
Sérandour Titouan
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Les structures projectives complexes considérées dans cette thèse sont des courbes compactes localement modelées sur CP¹. À un tel objet géométrique, modulo isomorphisme, l’application de monodromie associe un objet algébrique : une représentation de son groupe fondamental dans PGL(2;C), modulo conjugaison. Cette correspondance n’est ni surjective, ni injective. Néanmoins, c’est un difféomorphisme local (Hejhal, 1975). Nous généralisons ce théorème aux structures projectives admettant des pôles – sans singularité apparente et à résidus fixés – et déduisons que l’application de monodromie correspondante est un biholomorphisme local. Une telle structure projective détermine un unique PGL(2;C)-oper méromorphe à diviseur des pôles minimal sur la courbe complexe sous-jacente. Les PGL(2;C)-opers peuvent être définis comme classes d’équivalence de GL(2;C)-opers, et nous montrons que ces derniers peuvent être plongés dans un espace de modules lisse de connexions linéaires de rang 2 paraboliques. La correspondance de Riemann-Hilbert irrégulière devient alors un ingrédient essentiel de notre travail. Nous construisons une famille analytique de PGL(2;C)-opers et utilisons les déformations isomonodromiques (et iso-Stokes) ainsi qu’un argument de transversalité à la Ehresmann pour conclure à l’injectivité locale de l’application de monodromie.
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Microbiologie, virologie, parasitologie
/ 15-12-2022
Autier Brice
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L’échinococcose alvéolaire (EA) est une maladie sévère due à l’infection par la forme larvaire d’Echinococcus multilocularis, appelée métacestode. Au cours de l’EA, le métacestode se développe dans le foie où une réponse initiale Th1/Th17 peut conduire à son élimination chez les individus résistants. Chez les individus sensibles, une réponse Th2 se met en place plus tardivement, conduisant à la tolérance au parasite. Le rôle de l’IL-33, une alarmine libérée durant la nécrose et connue pour orienter l’immunité vers une réponse Th2, n’a pas encore été décrite dans l’EA. Dans un modèle murin d’EA péritonéale, l’IL-33 était associée à une accélération de la croissance parasitaire possiblement due à la polarisation des macrophages en M2 tolérogènes et à la libération de cytokines anti-inflammatoires comme IL-10 et TGF-β1. L’IL-33 est une alarmine clé dans la physiopathologie de l’EA qui médie l’effet tolérogène de la réponse systémique Th2. Il existe un besoin urgent de nouvelles stratégies thérapeutiques pour la prise en charge de l’EA, pour laquelle il n’y a pas de chimiothérapie curative. Nous avons formulé des nanoparticules de PLGA-PEG-COOH chargée de méfloquine (NP-méf), un composé hautement actif in vitro contre E. multilocularis mais insuffisamment in vivo. Les NP-méf étaient stables au moins 7 jours, et capables de traverser la couche externe acellulaire du métacestode en moins de 5 min, et ainsi d’atteindre la couche germinale qui contient les cellules vivantes. Les NP-méf sont de bons candidats pour le traitement de l’EA, car elles peuvent délivrer ce composé hautement actif directement dans le parasite.
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médecine générale
/ 15-12-2022
Héliès Lionel
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Autrefois regroupés sous le terme de matériel médical, les dispositifs médicaux (DM) sont des produits de santé présents dans la pratique médicale préventive, diagnostique, thérapeutique et de suppléance, et dont l’action principale n’est pas obtenue par des moyens pharmacologiques ou immunologiques ni par métabolisme. Pour obtenir le marquage CE (pour Conformité Européenne), le fabricant d’un DM choisit une procédure dont les contraintes techniques de conception sont en rapport avec la classe du DM organisée selon un critère croissant de dangerosité : classe I, IIa, IIb et III. L’intervention d’un organisme notifié ou vérificateur, lui-même désigné et contrôlé par une autorité compétente sur le plan national, l’ANSM en France, est parfois requise. En 2017, le nouveau règlement européen renforce les prérequis nécessaires à l’obtention du marquage CE médical et la surveillance après la mise sur le marché des DM. Un identifiant unique (IUD ou UDI pour Unique Device Identification) pour tous les DM et une base de données européenne nommée EUDAMED doivent permettre d’assurer la traçabilité des DM. L’omniprésence des DM oblige à une formation médicale initiale et continue de qualité intégrant notamment les modalités du marquage CE, les bonnes pratiques de prescription, de délivrance et d’utilisation. Une participation des médecins généralistes dans le programme de matériovigilance reposant sur la notification des incidents et de traçabilité des DM implantables via notamment la carte d’implant doit être effective. Comme médecin traitant et avec une place de pivot dans la prise en charge et la coordination des soins, par ses fonctions de conseil, d’orientation et d’accompagnement de son patient, le médecin généraliste doit contribuer à un égal accès aux soins à tous ses patients, à une même qualité d’information et de sécurité de soins, notamment face au développement incrémental des technologies médicales, tout en assurant une utilisation efficace et écologique des DM.
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Medecine
/ 15-12-2022
Jamet Carole
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La prostitution des mineurs est un sujet d’actualité national, autour duquel les différentes institutions, éducatives, judiciaires, médicales et sociales tentent d’établir un état des lieux de la situation en France, et de dialoguer pour trouver des solutions communes. Ces mineurs sont en grave danger avec des conséquences possibles à court, moyen et long terme. Il existe un enjeu médical fort à les repérer et les prendre en charge en santé. Il n’existe pas d’étude recueillant les perceptions de cette problématique par les médecins généralistes, en France ou à l’international. Pourtant, leur rôle est mis en avant dans la littérature sur le repérage de ces situations. Ils ont une place essentielle dans les soins et le suivi. Nous avons choisi une méthodologie qualitative, avec un double codage et une analyse s’inspirant de la théorisation ancrée pour retenir six grands thèmes qui conduisent à notre modèle explicatif : la dénégation des médecins, des mineurs difficilement identifiables, état des lieux des connaissances et pratiques médicales, des freins internes et externes à une prise en charge adaptée, une volonté d'efficience dans l'intérêt de l'enfant, et un souhait d’anticipation des dangers. Secondairement, nous avons réalisé une analyse lexicale en utilisant les « humanités médicales », faisant émerger un « word cloud », et une analyse intra et inter-entretien par des histogrammes des trois groupes de mots émergeants : action-connaissance-communication ; famille-âge-genre ; menace-souffrance. En comparant nos résultats à la littérature, nous retenons trois points à approfondir : la nécessité d’avoir un langage commun entre professionnels et institutions afin d’identifier ces situations, un besoin de sensibilisation des médecins généralistes au sujet de la prostitution et la création d’un arbre décisionnel clair intégrant leur action dans un parcours de soin coordonné. Il nous semblerait intéressant de tester cet arbre décisionnel, afin de pouvoir proposer une homogénéisation des pratiques centrée sur les mineurs au plan national. En perspectives, la place de chaque professionnel de santé au sein de ce parcours reste à définir.
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