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Informatique
/ 09-12-2021
Sadhukhan Suman
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Les jeux de congestion sont un domaine de recherche bien étudié ; dans ce domaine, les jeux de congestion dans les réseaux permettent de représenter la congestion des réseaux de distribution, et d’étudier à quel point un modèle de réseau est bon ou mauvais en termes de coût total lorsque chaque joueur joue de façon égoïste, cherchant uniquement à optimiser son propre coût ; Nous considérons ces jeux de congestion du point de vue des méthodes formelles, cherchant à vérifier par exemple que, dans un réseaux fixé, il existe un profil de stratégies optimal qui satisfasse une propriété donnée. Nous définissons un modèle de jeux de congestion avec deux particularités : d’une part, le calcul du coût d’une transition dépend du nombre de joueurs utilisant simultanément une arête ; d’autre part, les joueurs choisissent leur chemin de façon dynamique en fonction des choix des autres joueurs. Nous montrons que dans ce modèle les équilibres de Nash existent toujours en montrant la convergence de la dynamique de meilleure réponse. Nous étudions ensuite le problème de vérification mentionné ci-dessus, résolvant le problème de l’existence d’un équilibre social, d’un équilibre de Nash ou d’un équilibre parfait en sous-jeux ayant un côut borné. Dans une deuxième partie, nous étudions les jeux de congestion paramétrés, dans lesquels le nombre de joueurs est un paramètre. Nous nous intéressons à l’évolution des équilibres de Nash en fonction du nombre de joueurs : notre objectif est de calculer efficacement l’ensemble des équilibres de Nash pour un nombre arbitrairement grand de joueurs, à partir des équilibres de Nash pour de petits nombres de joueurs. Nos premiers résultats portent sur les réseaux série-parall‘ele, sans les particularités ci-dessus. Nous conjecturons que ces résultats s’étendent à l’ensemble des graphes, ce qui donnerait lieu à un calcul efficace de tous les équilibres de Nash, quel que soit le nombre de joueurs.
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Biologie moléculaire et structurale, biochimie
/ 05-07-2021
Sudevan Aswani
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Les interactions protéine-protéine (IPP) sont essentielles pour tous les processus physiologiques de la cellule. En raison de leur importance dans la signalisation et la régulation des fonctions cellulaires, une perturbation des IPPs peut entrainer des maladies comme le cancer ou des maladies neurodégénératives. Même si les IPPs sont généralement difficile à cibler, les progrès récents dans le domaine ont permis d’en faire cibles potentielles de médicaments. Mon projet de thèse vise à développer une plateforme de criblage chez la levure Saccharomyces cerevisiae pour faciliter l’étude et l’identification de modulateurs chimiques d’IPPs. Pour cela, nous avons utilisé un test de complémentation protéique appelé NanoLuc Binary Technology qui permet de sonder les IPP avec un grand niveau de sensibilité. La levure est un excellent organisme modèle pour le criblage à grande échelle compte tenu de la facilité de manipulation génétique et de son faible coût de production et de maintenance. Nous avons validé une cassette d’expression permettant de produire des paires de protéines humaines dans des cellules de levure à un niveau contrôlé. Ceci nous a permis de détecter des IPPs dans une grande gamme d’affinité et aussi de mesurer l'inhibition spécifique d’IPPs par des molécules chimiques. D’autre part, les conditions de criblage ont été optimisées pour obtenir une excellente reproductibilité intra- et inter-plaque (Z’ supérieur à 0,7). Des cribles pilotes ont été réalisés à l'aide de librairies de molécules chimiques et 3 paires de protéines - p53/MDM2, Ras/RafRBD et IFT46/IFT52 – afin d’évaluer la fiabilité et le comportement de cette plateforme en mode criblage. Un crible virtuel a également été réalisé en utilisant une base de données composée de millions de composés chimiques afin de rechercher des inhibiteurs potentiels des paires Ras/RafRBD et IFT46/IFT52. Bien qu’aucune des molécules identifiées par ces méthodes ne se soit avérée suffisamment spécifique pour envisager de poursuivre leur développement, ces travaux nous ont permis de valider l’efficacité de la plateforme que nous avons mis au point pour l’étude et la recherche de modulateurs d’IPPs.
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MEDECINE
/ 06-10-2021
Liard Clémence
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Parmi les présentations cliniques d’une atteinte à SARS-CoV-2, il existe des manifestations neurologiques à type de céphalées, de confusion, voire d’encéphalopathie. Des études avaient déjà rapporté un taux plus important de manifestations neurologiques chez les patients de réanimation. Nous avons mené une étude rétrospective visant à déterminer l’incidence de l’agitation chez les patients atteints de SARS CoV-2 admis en réanimation au CHU de Rennes et requérant une ventilation mécanique, en comparaison à une population de patients atteints de grippe. Nous avons inclus 146 patients Covid-19 et 94 patients atteints de grippe. Nous avons mis en évidence un taux significativement plus important d’agitation chez les patients Covid-19 (54.8 % vs 33.0%, p value < 0.001). Après un appariement selon un score de propension, l’agitation reste significativement plus élevée chez les patients Covid-19. L’agitation est associée indépendamment à la mortalité après ajustement avec les autres facteurs (HR = 1.85, 95% CI 1.37-2.49, p < 0.001).
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Physique moléculaire
/ 18-02-2021
Grira Asma
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Les composés organiques volatils oxygénés (COVO), principalement émis par des sources biogènes, jouent un rôle majeur dans la chimie de l'atmosphère, le changement climatique, l'environnement et la santé. Il a été récemment démontré que ces émissions augmentent en cas de stress biotique et/ou abiotique. Les COVO biogéniques peuvent subir une variété de réactions, tant chimiques que photolytiques, et ils sont impliqués dans la formation d'Aérosols Organiques Secondaires (AOS). Ces composés ont été détectés dans diverses régions, mais il y a très peu d’informations sur leurs processus de dégradation sous conditions troposphériques. La compréhension des mécanismes d'oxydation de ces espèces est d'un intérêt fondamental et fournit des données cruciales pour les modèles atmosphériques qui sont utilisés par les responsables politiques pour formuler et décider des stratégies d'amélioration de la qualité de l'air. Cette thèse vise à améliorer les connaissances actuelles sur le comportement de ces COVO, pour une meilleure compréhension de leur impact sur la chimie atmosphérique. Dans ce travail, nous avons présenté une étude détaillée de la dégradation atmosphérique des aldéhydes insaturés en C5-C7 et des alcools insaturés en C5-C8 par ozone, l’atome Cl et le radical OH. Les principaux objectifs étaient de mieux comprendre le mécanisme de réaction et de mettre en évidence leur potentiel à former des AOS. Pour atteindre ces objectifs, nous nous sommes concentrés sur quatres volets : (i) détermination du spectre IR et UV des aldéhydes insaturés en C5-C7, (ii) détermination de la constante de vitesse pour les systèmes COVO + Oxydant étudiés à température ambiante, (iii) identification et quantification des produits en phase gazeuse, (iv) détermination des rendements en AOS. Les études sur les produits ont été menées avec et sans ajout d'un piégeur des radicaux OH. Les expériences ont été réalisées dans huit réacteurs différents, statiques (chambres) ou dynamiques (flux), et diverses techniques analytiques ont été utilisées pour étudier les produits de réaction (FTIR, GC-FID/MS, SPME-GC/MS, HPLC, PTR-ToF-MS, SIFT-MS, PLP-LIF) et la formation de SOA (SMPS, FMPS).
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Informatique
/ 05-11-2021
Farhadi Mozhdeh
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Le ''fog computing'', comme toute nouvelle technologie, soulève des inquiétudes des utilisateurs concernant la sécurité et la confidentialité. Dans cette thèse, nous analysons la sécurité des systèmes fog en suivant une approche systématique sous plusieurs angles : niveau matériel, niveau système et niveau service. Pour chaque perspective, nous discutons des vulnérabilités possibles que le système peut avoir et mettons en évidence quelques solutions possibles. L'un des aspects importants identifiés dans notre étude de la sécurité de la plate-forme fog est constitué des données personnelles de l'utilisateur. En raison de la proximité des nœuds fog par rapport à l'utilisateur, les applications fog ont accès à des parties importantes des données personnelles de leurs utilisateurs. Bien que les applications exposent une politique de confidentialité décrivant comment elles traitent les données personnelles des utilisateurs, la conformité des applications à leur politique de confidentialité ne doit pas être considérée comme acquise mais vérifiée expérimentalement. Cependant, vérifier manuellement si les applications respectent réellement les clauses formulées dans leur politique de confidentialité est à la fois sujet aux erreurs et chronophage. Dans cette thèse, nous montrons que la vérification automatisée de la conformité à la confidentialité dans un environnement fog est faisable, et présentons une feuille de route de recherche vers le développement de tels systèmes.
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Informatique
/ 20-09-2021
Tamiru Mulugeta Ayalew
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Les environnements informatiques géo-distribués tels que le cloud hybride, le multi-cloud et le Fog Computing doivent être gérés de manière autonome à grande échelle pour améliorer l'utilisation des ressources, maximiser les performances et réduire les coûts. Cependant, la gestion des ressources dans ces environnements informatiques géo-distribués est difficile en raison de leur large distribution géographique, de mauvaises conditions de réseau, de l'hétérogénéité des ressources et de la capacité limitée. Dans cette thèse, nous abordons certains des défis de la gestion des ressources en utilisant la technologie des conteneurs. Tout d'abord, nous présentons une analyse expérimentale de l'autoscaling dans les clusters Kubernetes au niveau des conteneurs et des machines virtuelles. Deuxièmement, nous proposons un contrôleur proportionnel pour améliorer dynamiquement la stabilité des déploiements géo-distribués dans les fédérations Kubernetes. Enfin, nous proposons un système d'orchestration de conteneurs pour les environnements géo-distribués qui offre des capacités de placement, d'autoscaling, d'éclatement, de routage réseau et de provisionnement dynamique des ressources riches en politiques.
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Ecologie, évolution
/ 12-03-2021
Hervé Morgane
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Comprendre la façon dont les agriculteurs prennent en compte les organismes des sols semble nécessaire si l’on souhaite développer des politiques préservant la biodiversité des sols dans les activités agricoles. L'épistémologie pragmatiste conçoit les valeurs comme ce qui compte en pratique pour les individus et les collectifs. Cette thèse vise ainsi à caractériser les valeurs associées aux sols et à leurs organismes par les agriculteurs européens, à déterminer les conditions de leur formation, et à étudier la publicisation des enjeux de préservation de la biodiversité du sol en agriculture. Des entretiens et une analyse de littérature ont démontré la pluralité de valeurs en jeu dans les décisions de gestion des sols des agriculteurs européens. Les situations d’évaluations, liées aux caractéristiques territoriales locales rendent ces valeurs dynamiques dans le temps et l’espace. La mobilisation du concept de « Milieu Valuateur » a permis de souligner l'importance des dispositifs de partage d’expérimentations et de débats dans la formation de valeurs, participant à légitimer les pratiques. De multiples sources peuvent transférer des connaissances sur la biodiversité du sol, bien que souvent le sujet reste marginal et ne lie que peu biodiversité des sols et pratiques de gestion. Envisager les processus de valuation comme dynamiques offre la possibilité d’interroger et de remettre en question la façon dont la vie souterraine est considérée. La formation de valeurs associées à la vie des sols nécessite des espaces où un public peut se constituer pour débattre collectivement de ce qui est attendu du et pour le sol et la diversité
des organismes qui s’y trouvent.
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Anatomie et cytologie pathologiques
/ 22-04-2021
Metais Alice
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Les gliomes diffus de bas grade de sous-type pédiatrique (PLGG) et les tumeurs glioneuronales (GNT) atteignent préférentiellement les enfants et les jeunes adultes et sont à l’origine d’une épilepsie pharmaco-résistante. Histologiquement ces tumeurs sont souvent caractérisées par la présence d’un contingent glial « oligo-like », en particulier dans les gangliogliomes (GG), les tumeurs dysembryoplasiques neuro-épithéliales (DNT) ainsi que dans deux entités récemment décrites : les tumeurs neuro-épithéliales polymorphes du sujet jeune (polymorphous neuroepithelial tumor of the young, PLNTY) et les gliomes diffus de bas grade avec altération des MAPK kinases. De plus ces tumeurs ont en commun des altérations moléculaires activatrices de la voie des MAPK kinases. De part ces caractères communs les PLGG et GNT sont particulièrement difficiles à classer. Dans le but de mieux caractériser ces tumeurs, nous avons réalisé une étude rétrospective multicentrique portant sur 72 prélèvements chirurgicaux et biopsiques de tumeurs gliales et glio-neuronales de localisation supratentorielle de bas grade réalisés entre 2002 et 2020. Dans tous les cas une relecture anatomopathologique centralisée a permis de classer ces tumeurs en trois grands groupes : DNT (présence d’une composante glioneuronale spécifique, n = 19), GG (présence de cellules ganglionnaires dysplasiques, n = 14) et GNT/PLGG (n = 39). Trente-huit cas sur les 72 analysés présentait une altération moléculaire détectée par PCR digitale multiplexe (mdPCR) (mutation BRAFV600E, mutations et duplication de FGFR1). Parmi les cas 34 cas ne présentant pas d’altération, 9/26 avaient un transcrit de fusion détecté par RNAseq. Quarante-six cas ont pu être analysés par profil de méthylation, parmi lesquels 13 avaient un score de méthylation supérieur à 0,84 (28,2%). Un score non informatif (entre 0,84 et 0,3) était retrouvé dans 24 cas (52%). Pour 8 cas le score de méthylation était inférieur à 0,3 (17,5%). Le clustering hiérarchique non supervisé a montré l’existence de deux groupes entre lesquels les GNT/PLGG se répartissaient équitablement. Le groupe LGG/GG réunissait la plupart des tumeurs classées histologiquement en GG, avec une mutation BRAFV600E, une positivité du CD34 et dont le profil de méthylation répondait à la classe de méthylation LGG GG. Le groupe LGG/DNT réunissait les DNT, avec altération de FGFR1, une négativité du CD34 et répondant à la classe de méthylation LGG DNT. Sept cas ont été reclassés en PLNTY. La démarche diagnostique a été résumée dans un algorithme. Cette étude souligne la difficulté à bien classer les tumeurs supratentorielles oligo-like chez les sujets jeunes. Enfin, bien que quatre entités soient actuellement définies pour ce type de tumeurs par la 5ème classification de l’OMS, nos résultats indiquent qu’elles se répartissent en deux groupes biologiquement distincts.
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Télécommunications
/ 04-06-2021
Abdo Ray
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Ce travail de thèse porte sur la caractérisation d’un mécanisme de diffusion électromagnétique particulier, qui se produit généralement lors de la mesure par un radar à visée latérale d’un volume diffusant semi-transparent situé au-dessus d’un sol. Une partie de l’onde incidente est ainsi rétrodiffusée vers le radar après avoir subi deux réflexions consécutives par le sol et par le volume de particules aléatoirement réparties dans l’espace. Contrairement au phénomène de double rebond sol-tronc d’arbre observé lors de la mesure de forêt, ce travail montre que le mécanisme étudié ici possède un caractère incohérent. L’imagerie radar mise en œuvre avec des résolutions spatiales arbitrairement fines ne permet pas de discriminer cette contribution de celle du sol, et empêche sa caractérisation, quel que soit le mode envisagé, 2-D, ou 3-D par tomographie SAR, et quelle que soit la configuration polarimétrique. Néanmoins, la méthode proposée, qui met à profit la similarité entre la réponse de ce type de double-rebond et la réflectivité en rétrodiffusion du volume, permet de restituer de manière fidèle la réflectivité polarimétrique directe du sol. Ces analyses et conclusions sont validées à l’aide de données acquises par mesure 3-D de scènes artificielles, qui reproduisent, à échelle réduite, des environnements naturels volumiques.
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Anesthésie - Réanimation
/ 26-10-2021
Nedelec Paul
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Afin de déterminer si l'incidence, les profils microbiologiques et les caractéristiques cliniques des pneumonies acquises sous ventilation mécanique (PAVM) diffèrent entre les traumatisés crâniens graves (TC), les hémorragies sous-arachnoïdiennes graves (HSA) et les hématomes intracérébraux spontanés graves (HIC), nous avons réalisé une étude rétrospective utilisant une base de données prospective multicentrique de 5 USI françaises pour le groupe de neurolésés graves et une base de données monocentrique prospective pour le groupe contrôle composé de patients de réanimation non neurolésés. Un total de 1521 patients neurolésés (983 traumatisés crâniens, 312 hémorragies méningés, 178 hématomes intracérébraux) et 2009 patients non neurolésés ont été inclus. L'incidence des PAVM ne différait pas entre les 3 groupes de neurolésés mais différait entre le groupe de neurolésé et le groupe témoin. Les bactéries isolées les plus courantes étaient le Staphylococcus aureus sensible à la méthicilline, l’Haemophilus influenzae et les Enterobacteries, dans des proportions différentes entre le groupe neurolésés et le groupe contrôle. Les caractéristiques cliniques des PAVM étaient par ailleurs globalement semblables dans le groupe neurolésé. De fait, considérer la PAVM comme une entité unique chez les patients TC, HSA et HIC semble être approprié lorsque l'on considère la prise en charge ou la recherche clinique sur la PAVM chez ces patients.
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