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Auteur
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Médecine Générale
/ 19-12-2019
Bellaigue Marc
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Introduction : En France, 170 000 personnes vivent avec le VIH, dont 30 000 qui ignorent leur séropositivité et seraient à l'origine de 60% des contaminations. Ce chiffre ne diminue pas, et ce malgré les 5,6 millions de sérologies réalisées chaque année. Il existe donc un « noyau dur » de la population qui semble échapper au dépistage, alors que les données épidémiologiques récentes montrent que les personnes diagnostiquées VIH + utilisent le système de santé et sont bien souvent victimes d' « occasions manquées » de dépistage. Plusieurs travaux de thèses qualitatifs ont identifié les freins au dépistage du VIH en consultation de Médecine Générale ressentis par les médecins généralistes, et un travail quantitatif récent de 2017 a testé ces freins sur les internes en dernière année de Diplôme d'Etudes Spécialisées (DES) de Médecine Générale, en Ile-de-France. Objectif : Etudier les freins au dépistage du VIH en consultation de Médecine Générale ressentis par les internes en dernière année de DES de Médecine Générale, mais hors Ile-de-France, là où la prévalence du VIH est plus faible, afin de comprendre pourquoi il existe tant d' « occasions manquées » au dépistage et d'élaborer des stratégies pour contourner ces freins. Méthodes : Etude épidémiologique descriptive quantitative multicentrique par auto-questionnaire en ligne diffusé de Mars à Octobre 2019 auprès des étudiants en dernière année de DES de Médecine Générale de 8 facultés de médecine de France métropolitaine (Caen, Toulouse, Besançon, Rennes, Angers, Lille, Brest et Rouen), ayant obligatoirement effectué leur stage praticien de niveau 1 (ou en cours). Résultats : 148 questionnaires complets ont été retournés et cinq freins « majeurs » ont été identifiés par les internes répondeurs : l'absence de lien avec la consultation (80% de « toujours » + « souvent »), la présence d'un tiers lors de la consultation (68%), l'absence de risque perçu par le patient (56%), les difficultés à aborder la sexualité en consultation (54%) et l'absence de risque perçu par le praticien (51%). Les freins moyens de notre étude (% de « toujours » + « souvent » < 40%) étaient l'appréhension de la réaction du patient (35%) et la peur du résultat positif (28%). Conclusion : Les principaux freins au dépistage du VIH en Médecine Générale éprouvés par les internes montrent donc un manque d'intégration de la prévention dans leur pratique quotidienne, un défaut d'application des recommandations en vigueur en matière de dépistage, des difficultés dans l'identification des sujets à risque et dans l'abord de certains sujets « sensibles » et dans la gestion de leur consultation ainsi que des carences dans leur formation universitaire. Pour dépasser ces freins, la création d'une consultation de Médecine Générale dédiée à la prévention et intégrant une proposition systématique de dépistage du VIH, mais aussi le renforcement de la formation de l'interne semblent être de bonnes pistes.
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Neurosciences, éthologie
/ 19-12-2019
Desmedt Lucie
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Les influences sociales sur le développement vocal ont été particulièrement étudiées chez les oiseaux chanteurs. Chez ces espèces, les jeunes sont capables d’apprentissage vocal, c’est-à-dire qu’ils modifient la structure de leur vocalisation suite aux interactions vocales avec les congénères, bien souvent les parents. A l’inverse, chez les oiseaux non-oscines, il est généralement admis que le développement vocal des jeunes n’est pas influencé par l’environnement social, mais présente un fort déterminisme génétique. Dans ce contexte, nous avons exploré le rôle des influences sociales, et plus particulièrement le rôle de la mère, sur le développement vocal des jeunes chez la caille japonaise (Coturnix c. japonica), une espèce considérée comme non-apprenante. Dans un premier temps, nous avons étudié le rôle de la mère sur le développement vocal des jeunes au cours des premiers jours de vie. Notre expérience a mis en évidence des différences de structures vocales entre des cailleteaux maternés et non-maternés. Dans un deuxième temps, nous avons testé l’existence d’effets synergiques entre les influences maternelles prés- et postnatales sur le développement vocal de la caille japonaise. Nos résultats n’ont pas révélé d’interactions entre les influences maternelles au cours des deux phases de développement. Néanmoins, nous montrons les effets d’une stimulation auditive prénatale et de la présence de la mère au cours des premiers jours de vie sur le développement vocal des jeunes. Enfin, nous avons cherché à caractériser les échanges vocaux mère-jeunes durant la période du maternage. Cette expérience révèle l’influence du comportement maternel et notamment de son expérience de maternage sur les interactions vocales avec les jeunes. L’ensemble de nos travaux montre l’existence d’une influence sociale sur le développement vocal de la caille japonaise et invite ainsi à revisiter le modèle de l’apprentissage vocal qui oppose les espèces apprenantes aux espèces non apprenantes.
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Sciences Economiques
/ 19-12-2019
Le To Minh Tan
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Le chapitre 1 montre que le réseau des devises, au sens de la causalité conditionnelle de Granger, se distingue d'un réseau aléatoire ou d'un réseau de type « petit monde ». Il a tendance à avoir une structure modulaire, avec un comportement d'attachement préférentiel parmi les nœuds fortement connectés. La connectivité est dynamique, dépendante du risque et plus élevée dans les régimes à haut risque, en particulier pendant les quatre ans postérieurs à l’effondrement de Lehman Brothers. Concernant la connectivité des groupes, les devises du G11 ont des effets d'entraînement nets sur le reste. Au chapitre 2, nous affirmons que la connectivité avance-retard est importante car elle fournit des informations utiles aux décideurs concernés, publics ou privés. Au niveau macro, l’indice de connectivité “en largeur” se comporte comme un indicateur de risque systémique puisqu’il est cointégré avec le VIX, le Vstoxx et l’écart TED et qu’il entretient une relation de causalité de Granger avec plusieurs autres indicateurs économiques et financiers importants. Au niveau micro, la centralité des nœuds dans les réseaux des devises a un pouvoir prédictif sur les risques et les rendements des taux de change. Le chapitre 3 se concentre sur les débordements de risques extrêmes. Dans un cadre de régression quantile de type LASSO, les facteurs déterminants du risque extrême d’une monnaie sont principalement les dépassements de pertes ou de gains d’autres devises, et l’euro semble ici être le facteur le plus influent. Les débordements de risques extrêmes des devises a l'échelle du système sont aussi dynamiques mais asymétriques entre les marchés haussiers et baissiers. L’indice de débordement positif à l'extrémité inférieure pourrait refléter la contagion et le "fuite vers la sécurité" sur les marchés des changes, tandis que l’indice de débordements nets à l'extrémité supérieure pourrait servir d'indicateur d'alerte rapide du risque systémique.
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Informatique
/ 19-12-2019
Siffer Alban
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Cette thèse propose de nouveaux algorithmes statistiques dans deux domaines différents de la fouille de données: la détection d'anomalies et le test d'unimodalité.
Premièrement, une nouvelle méthode non-supervisée permettant de détecter des anomalies dans des flux de données est développée. Celle-ci se base sur le calcul de seuils probabilistes, eux-mêmes utilisés pour discriminer les observations anormales.
La force de cette méthode est sa capacité à s'exécuter automatiquement sans connaissance préalable ni hypothèse sur le flux de données d'intérêt.
De même, l'aspect générique de l'algorithme lui permet d'opérer dans des domaines d'application variés. En particulier, nous développons un cas d'usage en cyber-sécurité.
Cette thèse développe également un nouveau test d'unimodalité qui permet de déterminer si une distribution de données comporte un ou plusieurs modes.
Ce test est nouveau par deux aspects: sa capacité à traiter des distributions multivariées mais également sa faible complexité, lui permettant alors d'être appliqué en temps réel sur des flux de données.
Cette composante plus fondamentale a principalement des applications dans d'autres domaines du data mining tels que le clustering. Un nouvel algorithme cherchant incrémentalement le paramétrage de k-means est notamment détaillé à la fin de ce manuscrit.
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Informatique
/ 19-12-2019
Tato Genc
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Au cours de la dernière décennie, le cloud computing est devenu l’environnement standard de déploiement pour la plupart des applications distribuées. Alors que les fournisseurs de cloud ont étendu de manière continue leur couverture géographique, la distance entre leurs centres de données et les utilisateurs finaux se traduit toujours par une latence et une utilisation du réseau importantes. Avec l'avènement de nouvelles familles d'applications telles que la réalité virtuelle / augmentée ou les véhicules autonomes, nécessitant de très faibles latences, ou l'IoT, qui génère d'énormes quantités de données, l'infrastructure centralisée des clouds s’avère incapable de supporter leurs exigences. Cette situation a mené à l’expérimentation de nouvelles alternatives plus distribuées telles que le fog computing. Bien que les prémisses de cette infrastructure semblent prometteuses, une plate-forme de type fog n’a pas encore été créée. Par conséquent, une attention particulière doit être consacrée à la définition des contraintes appropriées de conception qui permettront de réaliser pleinement ces objectifs. Dans cette thèse, nous visons à concevoir des blocs de construction pouvant fournir des fonctionnalités de base pour la gestion d’une infrastructure de type fog. En partant du principe de préservation de la localité intrinsèque au fog, nous concevons un réseau de recouvrement paresseux et tenant compte de la localité, appelé Koala, qui permet une gestion décentralisée efficace sans créer de surcharge de trafic lié à la maintenance du réseau. Afin de capturer des exigences supplémentaires provenant de la couche applicative, nous avons étudié le déploiement d’une application fondée sur une architecture à base de microservices, à savoir Sharelatex, dans un environnement fog. Nous examinons comment ses performances en sont affectées et quelles fonctionnalités la couche de gestion peut fournir afin de faciliter son déploiement dans le fog et améliorer ses performances. En se fondant sur les blocs de bases définis et sur les exigences extraites du déploiement de l'application dans le fog, nous concevons un mécanisme de découverte de service qui répond à ces exigences et intègre ces composants dans un seul prototype. Ce prototype permet une évaluation complète de ces composants sur la base de scénarios dans des conditions réelles.
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Informatique
/ 18-12-2019
Sperandio Ricardo Carlini
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L'établissement de la similarité entre séries temporelles est au cœur de nombreuses tâches d'analyse de données. Les mesures permettant d'établir des similitudes entre les séries temporelles sont spécifiques en ce sens qu'elles doivent pouvoir prendre en compte les différences entre les valeurs constituant la série, ainsi que les distorsions selon l'axe du temps. La mesure de similarité la plus répandue est la mesure Dynamic Time Warping (DTW). Cependant, son calcul est coûteux et son application à des séries temporelles nombreuses et/ou très longues est difficile en pratique. Malgré de nombreuses contributions visant l'accélération de la DTW, réussir son passage à l'échelle de la DTW reste une difficulté majeure. Le travail présenté dans cette thèse s'appuie sur l'idée de transformer les séries temporelles à l'aide de shapelets. Il montre comment des shapelets préservant les mesures DTW peuvent être utilisées dans le contexte spécifique de la recherches de séries temporelles similaires à une série utilisée comme requête, et cela dans un contexte grande échelle.
Il s’agit de plonger les séries temporelles dans un espace euclidien construit de telle manière que les distances entre les séries selon la métrique DTW s’y trouvent préservées. Ce manuscrit apporte des contributions majeures : (1) il explique comment les shapelets préservant la DTW peuvent être utilisées dans le contexte spécifique de la recherche de séries temporelles similaires ; (2) il propose des stratégies de sélection de ces shapelets pour faire face à l’échelle, c’est-à-dire pour traiter une collection extrêmement vaste de séries temporelles ; (3) il explique en détail comment gérer les séries temporelles univariées et multivariées, couvrant ainsi tout le spectre des problèmes de recherches et facilitant la moise au point d'applications très diverses. Le coeur de la contribution présentée dans ce manuscrit permet de compenser facilement la complexité du processus de plongement par un jeu sur la précision de la recherche. Des expérimentations utilisant les jeux de données UCR et UEA démontrent l’amélioration considérable des performances par rapport aux techniques de pointe.
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Sciences de la terre et de l'environnement
/ 18-12-2019
Fernández-García Carlos
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La rupture du panneau plongeant ou « slab breakoff » est un processus géodynamique proposé pour expliquer les observations géologiques et géophysiques telles que l’exhumation de roches métamorphiques, le magmatisme des zones de subduction ou le soulèvement régional. Ce travail de thèse présente ainsi la caractérisation en quatre dimensions (4D) de la rupture du slab à travers des expérimentations de modélisation analogique. Différentes configurations de plaques subduite et de transition océan-continent (TOC) ont été testées via une centaine d’expériences. Lorsque la TOC est parallèle à la fosse de subduction, la rupture du slab se produit à 250-280 km de profondeur, tandis que dans le cas contraire, cette rupture est réalisée sur une gamme plus large de profondeurs, de 160 à 345 km. La rupture se produit également à des temps différents, en fonction de la géométrie initiale de la zone de subduction ; elle est presque instantanée lorsque la TOC est parallèle à la fosse, et se produit entre 8.6 et 10.6 Ma après le démarrage de la subduction continentale pour les autres géométries. L’impact de la rupture du slab sur la subduction le long de basins océaniques bordés de failles STEP et de TOC a également été étudié. Ainsi, lorsqu’il se produit un découplage de l’interface de subduction (présence de failles STEP), une augmentation significative du retrait de la fosse est visible dans les modèles présentant un couloir océanique important. Les expériences ont permis de déterminer que l’évolution du signal topographique lors de la rupture du slab est dépendante de l’éduction de la lithosphère continentale, de l’ajustement isostatique graduel pendant la rupture du slab ainsi que la remontée du manteau. Lorsqu’il n’y a pas de subduction continentale ou de rupture du slab, aucune variation topographique n’est visible en surface. Enfin, dans le cas d’une subduction le long de bassins océaniques, la vitesse de la fosse devient quasi-nulle lorsque le matériel continental moins dense commence à subducter, mettant en évidence des processus de déformation du manteau. Les résultats obtenus sont mis en perspective et discutés vis-à-vis des cas naturels, et plus particulièrement concernant la géodynamique de la méditerranée occidentale.
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Sciences Pharmaceutiques
/ 18-12-2019
Bellamri Nessrine
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Le nintédanib (NTD), un médicament antifibrosant, ralentit le déclin de la fonction respiratoire chez les patients atteints de fibrose pulmonaire idiopathique (FPI). Le NTD exerce ses effets antifibrosants en inhibant l’activité cellulaire de différentes protéines à tyrosine kinase. Le NTD inhibe également l’activité kinase de la protéine humaine recombinante CSF-1R. Ce récepteur, exprimé par les cellules myéloïdes, contrôle différentes fonctions du macrophage. Cellule immunitaire résidente ou différenciée à partir du monocyte, le macrophage contribue au développement de la fibrose pulmonaire en secrétant des molécules pro-inflammatoires et pro-fibrosantes. Un premier objectif de mes travaux de thèse a été de déterminer si, en bloquant l’activité de CSF1-R, le NTD altère les propriétés in vitro du macrophage humain différencié à partir du monocyte circulant (MDM) par le CSF-1. Nos résultats démontrent que le NTD inhibe la phosphorylation et l’activité de CSF-1R dans le MDM, à de faibles concentrations équivalentes à celles bloquant l’activité de la protéine recombinante. En réduisant l’activité de CSF-1R, le NTD diminue l’adhérence du macrophage et l’expression de la chimiokine pro-fibrosante CCL2. De plus, en bloquant l’activité de CSF-1R et celles d’autres cibles moléculaires, le NTD altère la polarisation des MDM en macrophages M1 et M2. Il réduit la production de diverses interleukines et chimiokines par le macrophage M1 et prévient l’expression de marqueurs membranaires par le macrophage M2. Nos résultats démontrent en particulier que le NTD réduit l’expression de CXCL13, un biomarqueur pronostique de la FPI. Cette chimiokine est exprimée dans le tissu pulmonaire mais son origine cellulaire reste incertaine. Le second objectif de mes travaux de thèse a donc été de caractériser l’expression de CXCL13 dans le macrophage pulmonaire. Nos résultats démontrent que CXCL13 est exprimé par les macrophages alvéolaires de patients atteints de FPI. In vitro, l’expression de CXCL13 dans le macrophage alvéolaire et dans le MDM activé est induite par le TNF-α et l’IL-10, via l’activation respective des voies de signalisation NF-κB et JAK/STAT. Nous montrons que les concentrations sériques de CXCL13, de TNF-α et d’IL-10 sont significativement corrélées entre elles chez les patients atteints de FPI. Ces résultats suggèrent donc que le TNF-α et l’IL-10 peuvent contrôler l’expression de CXCL13 chez ces patients.
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Physique des matériaux
/ 18-12-2019
Raimbaud Quentin
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De nombreux travaux ont permis de montrer que les mousses ont la capacité d’atténuer fortement les effets des ondes de choc. Cependant, bien que de nombreuses théories aient été proposées, les mécanismes physiques à l’origine de cette atténuation restent majoritairement inconnus. Dans le cadre de cette thèse, afin de simplifier problème, nous avons décidé d’étudier en particulier l’interaction entre une onde de choc et l’un des composants élémentaires de la mousse : le film de savon. Pour cela, nous avons dimensionné et fabriqué un tube à choc modulaire qui nous permet de générer des ondes de choc avec différents profils de pression et de les faire interagir avec de nombreuses configurations de films de savon. Nous avons commencé par étudier l’accélération d’un film de savon impacté par une onde de choc parallèle au film. Nous avons observé la réflexion et la transmission de l’onde de choc incidente et étudié le mouvement du film afin de déterminer son temps d’accélération et sa vitesse terminale. Nous avons ensuite étudié l’effet des gradients d’épaisseur dans le film lors de la phase d’accélération . Nous avons développé un modèle permettant d’expliquer les différences comment ces gradients influencent la rupture du film.
Pour finir, nous avons étudié l’interaction entre une onde de choc et un film, si celui ci n’est pas parallèle au choc. Nous avons alors observé l’apparition d’une instabilité de Kelvin-Helmholtz sur le film avant sa rupture.
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Sciences de la terre et de l'environnement
/ 18-12-2019
Ortiz Alexandre
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Le propos de cette thèse est d’étudier le système « source-to-sink » du système Pyrénées et de son rétro-bassin d’avant-pays, le bassin d’Aquitaine et de son équivalent profond, le golfe de Gascogne (« Bay of Biscay »), durant le Cénozoïque. Ce travail a nécessité (1) une ré-évaluation biostratigraphique, (2) une analyse en termes de stratigraphie sismiques et une quantification des volumes de sédiments préservées, (3) une quantification des volumes érodés issus du Massif central, (4) une quantification des volumes érodés issus des Pyrénées, (5) une synthèse de l’ensemble de ces données. Le passage de la phase orogénique à post-orogénique s’opère entre 27.1 et 25.2 Ma. Il correspond à la succession de trois surfaces d’érosion qui fossilisent l’ensemble les structures compressives. La période orogénique est découpée en deux phases distinctes, (1) jusqu’à 43.5 Ma (Lutétien), est caractérisée par une forte subsidence au front du Chevauchement Nord-Pyrénéen, (2) de 43.5 à 27.1 Ma, est caractérisée par la migration de la subsidence vers le bassin, dans des sous-bassins contrôlés par l’activité des chevauchements. La période post-orogénique est découpée en deux phases distinctes, (1) de 25.2 à 16 Ma environ, correspond à la mise en place du rebond isostatique, (2) entre 16 et 10.6 Ma, correspond à une surrection de l’ensemble du système. Cette phase correspond à un évènement ouest-européen sans doute lié à une activité mantellique. La quantité totale de roches préservés dans le bassin d’Aquitaine et le golfe de Gascogne est de 92 200 km3. La répartition des sédiments préservés au cours du temps évolue en faveur du bassin d’Aquitaine entre 66.0 et 33.9 Ma et en faveur du golfe de Gascogne entre 5.3 et 0 Ma. Cette balance est due aux différents stades d’évolution de la subsidence/surrection dans le bassin d’Aquitaine. Les taux de sédimentations montrent deux périodes d’augmentation des flux sédimentaires, la première à la limite Eocène-Oligocène que nous relions à la fois à la période d’exhumation paroxysmale pyrénéenne mais également au refroidissement global contemporain. La deuxième, à 5.3 Ma, semble correspondre à l’augmentation mondiale des flux, dont l’origine climatique est favorisée par les auteurs. La quantité totale de roches érodées issues des Pyrénées et du Massif central est de 34 335 km3. La différence observée entre les volumes sédimentés et les volumes érodées peut s’expliquer par l’apport de sédiments issus des courants à partir du Pliocène, la non prise en compte des volumes issus des massifs cantabriques et une sous-estimation des volumes érodés.
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