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Auteur
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Biologie moléculaire et structurale, biochimie
/ 14-12-2018
Damodaran Arun Prasath
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Aurora-A est une sérine/thréonine kinase connue pour réguler les événements mitotiques dans les cellules. Sa surexpression dans les tumeurs favorise la survie cellulaire en modulant la prolifération cellulaire et en inhibant l’apoptose. Auparavant, il avait été montré qu'Aurora-A était important pour la stabilité d'une protéine riche en sérine / arginine (SR), ASF/SF2, modifiant ainsi l'épissage alternatif des gènes liés à l'apoptose. En cohérence avec ce rôle dans l'épissage, nous avons découvert que l'interactome d'Aurora-A contient un grand nombre de composants du spliceosome - des protéines spliceosomales centrales et non essentielles. Mon travail de thèse a consisté à caractériser la fonction de Aurora-A dans l'épissage pré-ARNm et à étudier sa fonction au niveau moléculaire. J’ai montré qu'Aurora-A interagissait directement avec des facteurs d'épissage, tels que les protéines SR et les protéines hnRNP, et phosphorylait également quelques-unes d'entre elles in vitro. J’ai démontré qu'Aurora-A est important pour la stabilité de ASF/SF2 et de nombreuses autres protéines SR. En utilisant la microscopie à immunofluorescence, j’ai démontré en outre qu'Aurora-A localise vers les taches nucléaires, les sites où les protéines d'épissage sont stockées, ainsi qu'à la périphérie des taches nucléaires où une majorité d'épissage de pré-ARNm est connue. L'ajout d'Aurora-A recombinant améliore notamment l'efficacité d'épissage du pré-ARNm de la bêta-globine in vitro. En analysant la méthode RNA-seq à l'aide de l'outil VAST, j'ai identifié 414 événements d'épissage alternatifs qui sont modifiés lors de l'inhibition de Aurora-A. De manière surprenante, les protéines kinases SR importantes, CLK1 et CLK4, sont également identifiées comme étant épissées de manière alternative d'une manière dépendante de Aurora-A. Dans l’ensemble, mes travaux révèlent le rôle important et novateur d’Aurora-A dans l’épissage des ARNm et suggèrent des voies moléculaires permettant à Aurora-A de moduler les facteurs d’épissage et d’épissage.
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Automatique, productique et robotique
/ 26-01-2018
Patlan-Rosales Pedro Alfonso
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Cette thèse concerne le développement d'un cadre de contrôle robotique pour l'élastographie ultrasonore quantitative. L'élastographie ultrasonore est une technique qui dévoile les paramètres élastiques du tissu qui sont généralement liés à une pathologie. Cette thèse propose trois nouvelles approches robotiques différentes pour pour assister la procédure d'élastographie. La première approche concerne le contrôle d'un robot actionnant une sonde à ultrasons pour effectuer un mouvement de palpation nécessaire pour l'élastographie par ultrasons. L'élasticité du tissu est utilisée pour concevoir une loi d'asservissement afin de maintenir un tissu d'intérêt rigide dans le champ de vision de la sonde ultrasonore. De plus, l'orientation de la sonde est contrôlée par un utilisateur humain pour explorer différentes vues du tissu pendant que l'élastographie est effectuée. La seconde approche exploite le recalage d'images déformables avec des images ultrasonores pour estimer l'élasticité tissulaire et aider à la compensation automatique par asservissement visuel ultrasonore d'un mouvement introduit dans le tissu. La troisième approche offre une méthodologie pour ressentir l'élasticité du tissu en déplaçant une sonde virtuelle dans l'image ultrasonore avec un dispositif haptique pendant que le robot effectue un mouvement de palpation. Les résultats expérimentaux des trois approches robotiques obtenus sur des fantômes constitués de tissus démontrent l'efficacité des méthodes proposées et ouvre des perspectives intéressantes pour l'élastographie ultrasonore assistée par robot.
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Informatique
/ 21-11-2018
Chadli Mounir
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Les logiciels sont devenus une partie importante de notre vie quotidienne, car ils sont maintenant utilisés dans de nombreux périphériques hétérogènes, tels que nos téléphones, nos voitures, nos appareils ménagers, etc. Ces périphériques sont parsemés d’un certain nombre de logiciels intégrés, chacun gérant une tâche spécifique. Ces logiciels intégrés sont conçus pour fonctionner à l’intérieur de systèmes plus vastes avec un matériel varié et hétérogène et des ressources limitées. L'utilisation de logiciels embarqués est motivée par la flexibilité et la simplicité que ces logiciels peuvent garantir, ainsi que par la réduction des coûts. Les Cyber-Physical System (CPS) sont des logiciels utilisés pour contrôler des systèmes physiques. Les CPS sont souvent intégrés et s'exécutent en temps réel, ce qui signifie qu'ils doivent réagir aux événements externes. Un CPS complexe peut contenir de nombreux systèmes en temps réel. Le fait que ces systèmes puissent être utilisés dans des domaines critiques tels que la médecine ou les transports exige un haut niveau de sécurité pour ces systèmes. Les systèmes temps réel (RTS), par définition, sont des systèmes informatiques de traitement qui doivent répondre à des entrées générées de manière externe. Ils sont appelés temps réel car leur réponse doit respecter des contraintes de temps strictes. Par conséquent, l'exactitude de ces systèmes ne dépend pas seulement de l'exactitude des résultats de leur traitement, mais également du moment auquel ces résultats sont donnés. Le principal problème lié à l'utilisation de systèmes temps réel est la difficulté de vérifier leurs contraintes de synchronisation. Un moyen de vérifier les contraintes de temps peut consister à utiliser la théorie de la planification, stratégie utilisée pour partager les ressources système entre ses différents composants. Outre les contraintes de temps, il convient de prendre en compte d'autres contraintes, telles que la consommation d'énergie ou la sécurité. Plusieurs méthodes de vérification ont été utilisées au cours des dernières années, mais avec la complexité croissante des logiciels embarqués, ces méthodes atteignent leurs limites. C'est pourquoi les chercheurs se concentrent maintenant sur la recherche de nouvelles méthodes et de nouveaux formalismes capables de vérifier l'exactitude des systèmes les plus complexes. Aujourd'hui, une classe de méthodes de vérification bien utilisées est les techniques basées sur des modèles. Ces techniques décrivent le comportement du système considéré à l'aide de formalismes mathématiques, puis, à l'aide de méthodes appropriées, permettent d'évaluer l'efficacité du système par rapport à un ensemble de propriétés. Dans ce manuscrit, nous nous concentrons sur l'utilisation de techniques basées sur des modèles pour développer de nouvelles techniques de planification afin d'analyser et de valider la satisfiabilité d'un certain nombre de propriétés sur des systèmes temps réel. L'idée principale est d'exploiter la théorie de l'ordonnancement pour proposer ces nouvelles techniques. Pour ce faire, nous proposons un certain nombre de nouveaux modèles afin de vérifier la satisfiabilité d'un certain nombre de propriétés telles que l'ordonnancement, la consommation d'énergie ou la fuite d'informations.
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Télécommunications
/ 13-12-2018
Pham Van-Dung
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Depuis quelques années, les réseaux optiques sur puce (ONoC) sont devenus une solution intéressante pour surpasser les limitations des interconnexions électriques, compte tenu de leurs caractéristiques attractives concernant la consommation d’énergie, le délai de transfert et la bande passante. Cependant, les éléments optiques nécessaires pour définir un tel réseau souffrent d’imperfections qui introduisent des pertes durant les communications. De plus, l'utilisation de la technique de multiplexage en longueurs d'ondes (WDM) permet d'augmenter les performances, mais introduit de nouvelles pertes et de la diaphonie entre les longueurs d'ondes, ce qui a pour effet de réduire le rapport signal sur bruit et donc la qualité de la communication. Les contributions présentées dans ce manuscrit adressent cette problématique d’amélioration de performance des liens optiques dans un ONoC. Pour cela, nous proposons tout d’abord un modèle analytique des pertes et de la diaphonie dans un réseau optique sur puce WDM. Nous proposons ensuite une méthodologie pour améliorer les performances globales du système s'appuyant sur l'utilisation de codes correcteurs d'erreurs. Nous présentons deux types de codes, le premier(Hamming) est d'une complexité d'implémentation faible alors que le second(Reed-Solomon) est plus complexe, mais offre un meilleur taux de correction. Nous avons implémenté des blocs matériels supportant ces corrections d'erreurs avec une technologie 28nm FDSOI. Finalement, nous proposons la définition d'une interface complète entre le domaine électrique et le domaine optique permettant d'allouer les longueurs d'ondes, de coder l'information, de sérialiser le flux de données et de contrôler le driver du laser pour obtenir la modulation à la puissance optique souhaitée.
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Informatique
/ 21-11-2018
Alawe Imad
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Afin de répondre aux besoins de la 5G, nous évaluons plusieurs visions du cœur de réseau. Nous comparons les performances des visions en mesurant le temps nécessaire pour établir le service pour l’utilisateur. De plus, nous proposons dans cette thèse un algorithme basé sur la théorie du contrôle permettant d’équilibrer la charge entre les instances AMF, et d’augmenter ou de diminuer le nombre d’instances AMF en fonction de la charge du réseau. En outre, nous proposons un nouveau mécanisme pour adapter les ressources du réseau cœur 5G en anticipant les évolutions, de la charge de trafic, grâce à des prédictions via des approches de machine learning. Enfin, nous proposons une solution pour généraliser les réseaux de neurones tout en accélérant le processus.
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Informatique
/ 17-12-2018
Audinot Maxime
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En analyse de risques, les arbres d’attaque sont utilisés pour évaluer les menaces sur un système. Les méthodes formelles permettent leur analyse quantitative et leur synthèse, mais les propriétés exprimant la qualité des arbres d’attaque par rapport au système n’ont pas été formalisées. Dans ce document, nous définissons un nouveau cadre formel pour les arbres d’attaque prenant en compte un modèle opérationnel du système, et dotant les arbres d’une sémantique de chemins. Nous définissons les propriétés de correction des raffinements, et étudions leurs complexités. A partir d’une attaque optimale dans un modèle de système quantitatif, nous guidons la conception d’un arbre d’attaque, en indiquant ses feuilles qui contribuent à l’attaque optimale considérée.
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Automatique, Productique et Robotique
/ 11-01-2018
Schiano Fabrizio
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Le but de cette thèse est d'étendre l'état de l'art par des contributions sur le comportement collectif d'un groupe de robots volants, à savoir des quadrirotors UAV. Afin de pouvoir sûrement naviguer dans un environnement, ces derniers peuvent se reposer uniquement sur leurs capacités à bord et non sur des systèmes centralisés (e.g., Vicon ou GPS). Nous réalisons cet objectif en offrant une possible solution aux problèmes de contrôle en formation et de localisation à partir de mesures à bord et via une communication locale. Nous abordons ces problèmes exploitant différents concepts provenant de la théorie des graphes algébriques et de la théorie de la rigidité. Cela nous permet de résoudre ces problèmes de façon décentralisée et de proposer des algorithmes décentralisés capables de prendre en compte également des limites sensorielles classiques. Les capacités embarquées que nous avons mentionnées plus tôt sont représentées par une caméra monoculaire et une centrale inertielle (IMU) auxquelles s'ajoute la capacité de chaque robot à communiquer (par RF) avec certains de ses voisins. Cela est dû au fait que l'IMU et la caméra représentent une possible configuration économique et légère pour la navigation et la localisation autonome d'un quadrirotor UAV.
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Informatique
/ 22-02-2018
Nguyen Viet Anh
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Les temps avancent et les applications temps-réel deviennent de plus en plus gourmandes en ressources. Les plate-formes multi-cœurs sont apparues dans le but de satisfaire les demandes des applications en ressources, tout en réduisant la taille, le poids, et la consommation énergétique. Le challenge le plus pertinent, lors du déploiement d'un système temps-réel sur une plate-forme multi-cœur, est de garantir les contraintes temporelles des applications temps réel strict s'exécutant sur de telles plate-formes. La difficulté de ce challenge provient d'une interdépendance entre les analyses de prédictabilité temporelle. Cette interdépendance peut être figurativement liée au problème philosophique de l'œuf et de la poule, et expliqué comme suit. L'un des pré-requis des algorithmes d'ordonnancement est le Pire Temps d'Exécution (PTE) des tâches pour déterminer leur placement et leur ordre d'exécution. Mais ce PTE est lui aussi influencé par les décisions de l'ordonnanceur qui va déterminer quelles sont les tâches co-localisées ou concurrentes propageant des effets sur les caches locaux et les ressources physiquement partagées et donc le PTE. La plupart des méthodes d'analyse pour les architectures multi-cœurs supputent un seul PTE par tâche, lequel est valide pour toutes conditions d'exécutions confondues. Cette hypothèse est beaucoup trop pessimiste pour entrevoir un gain de performance sur des architectures dotées de caches locaux. Pour de telles architectures, le PTE d'une tâche est dépendant du contenu du cache au début de l'exécution de la dite tâche, qui est lui-même dépendant de la tâche exécutée avant et ainsi de suite. Dans cette thèse, nous proposons de prendre en compte des PTEs incluant les effets des caches privés sur le contexte d’exécution de chaque tâche. Nous proposons dans cette thèse deux techniques d'ordonnancement ciblant des architectures multi-cœurs équipées de caches locaux. Ces deux techniques ordonnancent une application parallèle modélisée par un graphe de tâches, et génèrent un planning statique partitionné et non-préemptif. Nous proposons une méthode optimale à base de Programmation Linéaire en Nombre Entier (PLNE), ainsi qu'une méthode de résolution par heuristique basée sur de l'ordonnancement par liste. Les résultats expérimentaux montrent que la prise en compte des effets des caches privés sur les PTE des tâches réduit significativement la longueur des ordonnancements générés, ce comparé à leur homologue ignorant les caches locaux. Afin de parfaire les résultats ainsi obtenus, nous avons réalisé l'implémentation de nos ordonnancements dirigés par le temps et conscients du cache pour un déploiement sur une machine Kalray MPPA-256, une plate-forme multi-cœur en grappes (clusters). En premier lieu, nous avons identifié les challenges réels survenant lors de ce type d'implémentation, tel que la pollution des caches, la contention induite par le partage du bus, les délais de lancement d'une tâche introduits par la présence de l'ordonnanceur, et l'absence de cohérence des caches de données. En second lieu, nous proposons des stratégies adaptées et incluant, dans la formulation PLNE, les contraintes matérielles ; ainsi qu'une méthode permettant de générer le code final de l'application. Enfin, l'évaluation expérimentale valide la correction fonctionnelle et temporelle de notre implémentation pendant laquelle nous avons pu observé le facteur le plus impactant la longueur de l'ordonnancement: la contention.
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Sciences des matériaux
/ 20-12-2018
Wu Yiming
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La thèse est divisée en trois chapitres distincts. Le premier chapitre, introductif, présente les propriétés générales des verres et fibres en verres de chalcogénures ainsi que leurs intérêts, notamment dans le développement de sources supercontinuum générant des longueurs d’onde de 2 à 12 μm (source large bande issue de phénomènes optiques non linéaires). Ce domaine de longueur d’onde est très apprécié dans le domaine de la spectroscopie, car c’est dans ce domaine que l’on retrouve la majorité des signatures infrarouges des toutes les substances chimiques et biologiques. Le deuxième chapitre exploite, la photosensibilité des verres de chalcogénures pour la réalisation de guides d’onde photo-inscrits.Dans ce chapitre, 3 différentes compositions ont été étudiées mais ont présenté un comportement différent voire contradictoire. Le dernier chapitre explore la réalisation de fibres optiques nouvelles à base de verre de chalcogénures. Les premières fibres étudiées sont les fibres réalisées avec des compositions à base de tellure, afin d’augmenter la fenêtre de transmission des fibres vers les grandes longueurs d’onde. La deuxième partie du chapitre présente une méthode originale qui pourrait permettre de réaliser des fibres en verres de chalcogénures à gradient d’indice. Puis la dernière partie est consacrée au développement de fibres hybrides en verres de silice et verres de chalcogénures.
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Chimie inorganique
/ 23-01-2018
Baldo Hurtado Bianca
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Le fait qu'un composé métal-organique contienne à la fois une partie organique et une partie inorganique, rend ces systèmes hautement modulables, de la dimensionnalité de leur structure aux propriétés obtenues. Ainsi, la chimie de coordination a été axée sur la synthèse de nouveaux matériaux à base de cations 3d et 4f, liés par des ligands organiques avec des groupes fonctionnels de nature chimique différente, ce qui permet de trouver à ces matériaux intéressants des propriétés telles que la luminescence, l'optique non linéaire et le magnétisme. En outre, la synthèse de composés métal-organique de dimensionnalité supérieur a été dominé par les longues durées de réaction, en plus de l'utilisation de solvants organiques exposés à des conditions de température et supérieures à celles utilisées dans des procédés de synthèse classique pression. Cependant, au cours des dernières années, l'intérêt s'est accru dans le développement de nouvelles techniques de synthèse avec des temps de réaction plus courts et plus favorables à l'environnement, tels que la mécanochimie et la sonochimie. Dans cette thèse, nous présentons la synthèse, la caractérisation structurale et optique de neuf composés de coordination basés sur le liant d'imidazole-4-acide acrylique. Les composés sont classés en deux types: (1) sur la base des cations nd, à l'intérieur qui sont les précurseurs du type [M(HIA)2(H2O)4] (M = CuII, NiII, CdII et ZnII), obtenu par synthèse mécanochimique, et le polymère de coordination {[Cd(H2IA)(HIA)(H2O)2]2∙H2O(NO3)2}n obtenu par sonochimique; et (2) des composés hétérométallique nd/4f, qui sont basées sur la Cu(II)/Eu(III), Cu(II)/Gd(III), Cu(II)/Ce(III) et cations Cd(II)/Ce(IV), tous obtenus par synthèse sonochimique. Il est à noter que les composés basés sur les cations Cu(II)/Ln(III) ont également été caractérisés magnétiquement. De plus, une famille de composés à base de Ni(II)/Ln(II), obtenue par synthèse structurale est rapportée.
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