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Ecologie, évolution
/ 18-12-2018
Hoeffner Kevin
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La décomposition des litières est un processus clé du fonctionnement du sol contribuant à de nombreux services écosystémiques. En climat tempéré, les lombriciens en interaction avec les micro-organismes du sol, contribuent significativement à ce processus. Cependant, les connaissances sur les lombriciens ciblent le plus souvent les trois catégories écologiques selon lesquelles ils sont définis : les épigés, les endogés et les anéciques. Les anéciques sont très répandus dans les sols tempérés, constituent la majeur partie de la biomasse lombricienne et interviennent dans la décomposition des litières. Plusieurs études ont observé des traits comportementaux, morphologiques et physiologiques distinguant deux sous-catégories au sein des anéciques : les épi-anéciques et les anéciques stricts. Le premier objectif de ce travail de thèse était de vérifier si cette distinction avait une réalité dans le cadre du processus de décomposition des litières. En conditions contrôlées, nous avons évalué (i) le rôle des principales espèces anéciques dans le processus de décomposition, (ii) l’impact de ces espèces sur les communautés de microorganismes et (iii) les activités enzymatiques des microorganismes du sol et (vi) l’impact des interactions entre espèces anéciques sur le processus de décomposition. A partir d’observations sur le terrain, le second objectif de ce travail de thèse était de définir les règles d’assemblages des communautés lombriciennes en prairie compte-tenu de leurs rôles majeurs dans divers processus du sol. Les résultats obtenus ont confirmé la distinction entre lombriciens anéciques stricts et épi-anéciques : les épi-anéciques étant les seuls à contribuer au processus de décomposition des litières et celui-ci étant corrélé à la biomasse individuelle moyenne de chaque espèce. Cette contribution passe par une plus forte stimulation des activités enzymatiques du sol, indépendamment des espèces considérées. En revanche, contrairement aux bactéries, les communautés fongiques du sol dépendent de l’espèce épi-anécique avec laquelle ils interagissent. Ce travail met également en évidence que l’abondance, la biomasse et la diversité des communautés lombriciennes des sols prairiaux sont régulées par différents filtres environnementaux dont la diversité du paysage. Cette thèse met en évidence que les deux sous-catégories écologiques au sein des anéciques ont des rôles différents sur le processus de décomposition des litières et qu’elles contribuent donc à des services écosystémiques fournis par le sol de manière différenciée.
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Medecine
/ 18-12-2018
Hervé-Buard Annabelle
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Le diabète de type 2 est une maladie grave provoquant de nombreuses complications pouvant être évitées grâce à une bonne observance des traitements et du suivi médical. Ainsi, de nombreuses solutions numériques de santé voient le jour afin d’aider le patient à gérer sa maladie au quotidien. Ces services peuvent inclure le médecin traitant entraînant des évolutions dans la pratique de la médecine. Les innovations thérapeutiques et technologiques sont nombreuses, mais cette thèse se concentrera sur le dispositif FreeStyle Libre, les pompes à insuline, les applications mobiles et la télémédecine. Elle reviendra également sur la création du site internet Diabétoclic, en réalisant un état des lieux de son intérêt, deux ans après sa création. Un questionnaire sera également envoyé aux médecins généralistes de l’Ille et Vilaine pour évaluer leur intérêt pour ces nouvelles technologies.
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Automatique, productique et robotique
/ 18-12-2018
Abi-Farraj Firas
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Bien que la pleine autonomie dans des environnements inconnus soit encore loin, les architectures de contrôle partagé où l'humain et un contrôleur autonome travaillent ensemble pour atteindre un objectif commun peuvent constituer un « terrain intermédiaire » pragmatique. Dans cette thèse, nous avons abordé les différents problèmes des algorithmes de contrôle partagé pour les applications de saisie et de manipulation. En particulier, le travail s'inscrit dans le projet H2020 Romans dont l'objectif est d'automatiser le tri et la ségrégation des déchets nucléaires en développant des architectures de contrôle partagées permettant à un opérateur humain de manipuler facilement les objets d'intérêt. La thèse propose des architectures de contrôle partagé différentes pour manipulation à double bras avec un équilibre opérateur / autonomie différent en fonction de la tâche à accomplir. Au lieu de travailler uniquement sur le contrôle instantané du manipulateur, nous proposons des architectures qui prennent en compte automatiquement les tâches de pré-saisie et de post-saisie permettant à l'opérateur de se concentrer uniquement sur la tâche à accomplir. La thèse propose également une architecture de contrôle partagée pour contrôler un humanoïde à deux bras où l'utilisateur est informé de la stabilité de l'humanoïde grâce à un retour haptique. En plus, un nouvel algorithme d'équilibrage permettant un contrôle optimal de l'humanoïde lors de l'interaction avec l'environnement est également proposé.
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Ecologie, évolution
/ 18-12-2018
Raitif Julien
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La connexion entre milieux aquatiques et terrestres a suscité l’intérêt de la communauté scientifique, notamment l’effet du transfert d’énergie et de matière sur le fonctionnement des écosystèmes adjacents. Beaucoup d’études se sont intéressées aux apports d’insectes aquatiques ailés dans les écosystèmes naturels, mais peu à leur impact en milieu agricole. En modifiant la production secondaire d’invertébrés aquatiques, les pratiques agricoles sont à même d’intensifier ou diminuer l’effet de ces apports aquatiques dans les terres agricoles et par conséquent la fourniture de services écosystémiques utiles à l’agriculture. Nous avons collecté des données d’émergences et de dispersion d’insectes aquatiques depuis plusieurs rivières dans des paysages agricoles. Les principaux groupes d’insectes émergents sont les trichoptères (56%), chironomidés (25%) et éphéméroptères (19%). Nous estimons la biomasse sèche émergente entre 1445 et 7374 mg m-2 an-1 selon les sites. Une majorité de ces insectes aquatiques se déposent sur une bande entre 0 et 10 mètres du bord de la rivière mais une proportion importante (45%) se dépose dans les cultures après 20 mètres. Nous apportons de nouvelles et prometteuses connaissances suggérant que les insectes aquatiques participent à la fourniture de plusieurs services écosystémiques (fertilisation, contrôle biologie, épuration de l’eau et pollinisation). En paysage agricole, une communauté d’insectes riche et abondant est nécessaire à la mise en place d’un système agricole durable. Nous pensons que le rôle des insectes aquatiques est à ce titre important et suggérons de nouvelles pistes de recherches pour l’agroécologie.
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Neurosciences, Ethologie
/ 18-12-2018
Stomp Mathilde
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L’évaluation des émotions positives chez l’animal est encore délicate. Pourtant, de nombreuses évidences démontrent l’intérêt de favoriser l’expression de ces émotions, notamment dans le but d’améliorer le bien-être des individus. Cette recherche vise à valider et identifier des indicateurs d’émotions positives chez le cheval. Dans un premier temps, une étude expérimentale basée sur l’utilisation d’accéléromètres, tout comme l’observation d’épisodes d’anticipation alimentaire quotidiens en centre équestre, ont permis d’identifier le déclenchement de l’anticipation et de mieux caractériser les comportements exprimés dans ce cadre. Nos résultats dévoilent que les comportements d’anticipation reflètent davantage un état de frustration. Ils ne constituent donc pas un indicateur fiable d’émotions positives. En revanche, une augmentation d’intensité de ces comportements semble indiquer un état de mal-être. Puis, en nous appuyant sur l’utilisation d’un casque permettant la mesure de l’activité électroencéphalographique chez des chevaux éveillés et libres de leurs mouvements, nous avons pu (i) confirmer l’importance de l’hémisphère gauche dans le traitement des émotions positives et de l’hémisphère droit dans le traitement attentionnel, (ii) mettre en évidence le rôle majeur des ondes thêta lors d’un traitement cognitif attentionnel, (iii) souligner l’interaction des processus émotionnels et attentionnels chez le cheval. Par ailleurs, si le test classique d’attention visuelle (VAT) constitue un bon outil de mesure des capacités attentionnelles d’un cheval au travail, ce même test réalisé sans humain apparait être un outil novateur de mesure de l’état de bien-être. Enfin, l’étude de la production de sons non-vocaux, basée sur une approche comparative combinant l’observation de chevaux de centre équestre et des chevaux vivant en condition semi-naturelle (favorable au bien-être), a révélé que l’ébrouement (hors contrainte respiratoire liée à une maladie ou à un équipement mal ajusté) serait un marqueur fiable d’émotions positives d’intensité modérée chez le cheval, puisqu’il exprimerait que ce dernier perçoit de façon positive son environnement. L’ensemble des recherches menées dans ce travail ouvrent vers des perspectives d’applications intéressantes dans le milieu équin, mais aussi d’un point de vue fondamental et méthodologique.
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Pharmacie
/ 18-12-2018
Pépin Aurélie
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La prévalence des allergies alimentaires a augmenté durant ces dernières années, et notamment l’allergie aux protéines de lait de vache (PLV). L’allergie aux PLV est à différencier de l’intolérance, et notamment de l’intolérance au lactose, dont les mécanismes sont distincts. L’objectif de ce travail de thèse est de définir ces pathologies, avant de faire le point sur leurs mécanismes physio-pathologiques et leur diagnostic. Le traitement de ces maladies repose sur l’éviction des PLV ou du lactose, des laits de substitution sont proposés afin d’éviter de développer des carences nutritionnelles. La majorité des enfants APLV développe naturellement une tolérance vers l’âge de 2 à 3 ans. Mais une immunothérapie orale peut être mise en place chez les patients présentant une allergie sévère. Enfin, dans le cadre de l’éducation thérapeutique du patient, le pharmacien d’officine joue un rôle important dans l’accompagnement et la prise en charge du patient allergique ou intolérant aux PLV.
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Informatique
/ 18-12-2018
Fayet Cédric
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Cette thèse traite de la détection multimodale des anomalies dans le discours en utilisant les expressions faciales et l'expressivité dans la voix. Ces deux modalités sont des vecteurs d’émotions, des intentions, et peuvent refléter l'état d'esprit d'un être humain. Dans ce travail, un corpus de discours contenant des anomalies induites ou actées a été construit. Il a permis de mettre à l'épreuve une chaîne de détection à base de classification semi-supervisée. GMM, One Class SVM et Isolation Forest sont quelques exemples de modèles utilisés. Cela a également permis d'étudier la contribution de chacune des modalités et leur apport conjoint sur l'efficacité de la détection.
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Informatique
/ 18-12-2018
Leslous Mourad
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Les smartphones sont devenus omniprésents dans notre vie quotidienne à cause des options qu'ils proposent. Aujourd'hui, Android est installé sur plus de 80% des smartphones. Les applications mobiles recueillent une grande quantité d'informations sur l'utilisateur. Par conséquent, Android est devenu une cible préférée des cybercriminels. Comprendre le fonctionnement des malwares et comment les détecter est devenu un défi de recherche important. Les malwares Android tentent souvent d'échapper à l'analyse statique en utilisant des techniques telles que l'obfuscation et le chargement dynamique du code. Des approches d'analyse ont été proposées pour exécuter l'application et surveiller son comportement. Néanmoins, les développeurs des malwares utilisent des bombes temporelles et logiques pour empêcher le code malveillant d'être exécuté sauf dans certaines circonstances. Par conséquent, plus d'actions sont requises pour déclencher et surveiller leurs comportements. Des approches récentes tentent de caractériser automatiquement le comportement malveillant en identifiant les endroits du code les plus suspicieux et en forçant leur exécution. Elles se basent sur le calcul des graphes de flot de contrôle (CFG) qui sont incomplets, car ils ne prennent pas en considération tous les types de chemins d'exécution. Ces approches analysent seulement le code d'application et ratent les chemins d'exécution générés quand l'application appelle une méthode du framework, qui appelle à son tour une autre méthode applicative. Nous proposons GPFinder, un outil qui extrait automatiquement les chemins d'exécution qui mènent vers les endroits suspicieux du code, en calculant des CFG qui incluent les appels interprocéduraux explicites et implicites. Il fournit aussi des informations clés sur l'application analysée afin de comprendre comment le code suspicieux a été injecté dans l'application. Pour valider notre approche, nous utilisons GPFinder pour étudier une collection de 14224 malwares Android. Nous évaluons que 72,69% des échantillons ont au moins un endroit suspicieux du code qui n'est atteignable qu'à travers des appels implicites. Les approches de déclenchement actuelles utilisent principalement deux stratégies pour exécuter une partie du code applicatif. La première stratégie consiste à modifier l'application excessivement pour lancer le code ciblé sans faire attention à son contexte originel. La seconde stratégie consiste à générer des entrées pour forcer le flot de contrôle à prendre le chemin désiré sans modifier le code d'application. Cependant, il est parfois difficile de lancer un endroit spécifique du code seulement en manipulant les entrées. Par exemple, quand l'application fait un hachage des données fournies en entrée et compare le résultat avec une chaîne de caractères fixe pour décider quelle branche elle doit prendre. Clairement, le programme de manipulation d'entrée devrait inverser la fonction de hachage, ce qui est presque impossible. Nous proposons TriggerDroid, un outil qui a deux buts : forcer l'exécution du code suspicieux et garder le contexte originel de l'application. Il fournit les événements framework requis pour lancer le bon composant et satisfait les conditions nécessaires pour prendre le chemin d'exécution désiré. Pour valider notre approche, nous avons fait une expérience sur 135 malwares Android de 71 familles différentes. Les résultats montrent que notre approche nécessite plus de raffinement et d'adaptation pour traiter les cas spéciaux dus à la grande diversité des échantillons analysés. Finalement, nous fournissons un retour sur les expériences que nous avons conduites sur différentes collections, et nous expliquons notre processus expérimental. Nous présentons le dataset Kharon, une collection de malwares Android bien documentés qui peuvent être utilisés pour comprendre le panorama des malwares Android.
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Chirurgie dentaire
/ 18-12-2018
Le Floch Caroline
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Objectifs: Mesurer la dose moyenne d’irradiation reçue au niveau du pouce, de l’index et du cristallin sur une période de trois mois. Conclure sur la dose efficace moyenne estimée pour un seul cliché radiographique intra-oral. Méthodes: L'étude s'est déroulée dans les services d’Odontologie Pédiatrique et de Soins Adaptés de l'Hôpital Universitaire de Rennes. Les praticiens ont été invités, pendant trois mois, à porter deux bagues dosimètres et un dosimètre cristallin à chaque fois qu'ils devaient tenir le capteur pour un examen radiographique. La dose totale enregistrée nous a permis de conclure sur la dose de rayonnement d’un seul cliché radiographique. Résultats: Les dosimètres ont été utilisés 109 fois pour des radiographies intra-orales au cours desquelles l'opérateur tenait le capteur radiographique avec ses doigts. Pour un seul cliché radiographique, la dose équivalente était de 0.75 mSv sur le pouce, 0.74 mSv sur l'index et en dessous du seuil de détection pour le cristallin. Le facteur de pondération du rayonnement X sur les tissus cutanés étant de 0.01, la dose efficace estimée pour une radiographie est donc de 0.0075 mSv au niveau des doigts. Conclusions: Nos valeurs sont cohérentes avec les résultats des études précédentes dans la littérature. Les étudiants dentistes ne doivent pas effectuer plus de 1 radiographie, en tenant le capteur avec les doigts, par semaine (en considérant 40 semaines de travail par an) pour éviter une exposition des mains supérieure à la limite de dose « population » de 50 mSv. Compte tenu de ces résultats, il apparaît que l'exposition des mains des étudiants et des dentistes travaillant principalement avec des enfants et des patients handicapés devrait faire l'objet d'une surveillance plus étroite.
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Chirurgie dentaire
/ 18-12-2018
Haute Élise
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Objectifs: Mesurer la dose moyenne d’irradiation reçue au niveau du pouce, de l’index et du cristallin sur une période de trois mois. Conclure sur la dose efficace moyenne estimée pour un seul cliché radiographique intra-oral. Méthodes: L'étude s'est déroulée dans les services d’Odontologie Pédiatrique et de Soins Adaptés de l'Hôpital Universitaire de Rennes. Les praticiens ont été invités, pendant trois mois, à porter deux bagues dosimètres et un dosimètre cristallin à chaque fois qu'ils devaient tenir le capteur pour un examen radiographique. La dose totale enregistrée nous a permis de conclure sur la dose de rayonnement d’un seul cliché radiographique. Résultats: Les dosimètres ont été utilisés 109 fois pour des radiographies intra-orales au cours desquelles l'opérateur tenait le capteur radiographique avec ses doigts. Pour un seul cliché radiographique, la dose équivalente était de 0.75 mSv sur le pouce, 0.74 mSv sur l'index et en dessous du seuil de détection pour le cristallin. Le facteur de pondération du rayonnement X sur les tissus cutanés étant de 0.01, la dose efficace estimée pour une radiographie est donc de 0.0075 mSv au niveau des doigts. Conclusions: Nos valeurs sont cohérentes avec les résultats des études précédentes dans la littérature. Les étudiants dentistes ne doivent pas effectuer plus de 1 radiographie, en tenant le capteur avec les doigts, par semaine (en considérant 40 semaines de travail par an) pour éviter une exposition des mains supérieure à la limite de dose « population » de 50 mSv. Compte tenu de ces résultats, il apparaît que l'exposition des mains des étudiants et des dentistes travaillant principalement avec des enfants et des patients handicapés devrait faire l'objet d'une surveillance plus étroite.
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