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Médecine
/ 20-12-2017
Radet Caroline
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Objectifs:Les études épidémiologiques montrent que la prévalence de l’insuffisance en vitamine D dans population française est de 80% ce taux variant de 76% à 100% selon les études menées chez les personnes âgées. La Haute Autorité de Santé (HAS) ne recommande pas de réaliser systématiquement un dosage de la vitamine D avant de débuter la supplémentation, mais on manque de données sur la sécurité et l’efficacité de cette attitude. Notre étude a pour objectif de montrer que chez des patients âgés de 65 ans et plus hospitalisés en Gériatrie et naïfs de traitement par vitamine D, le dosage préalable à la supplémentation est superflu. Matériel et Méthodes:Nous avons fait l’hypothèse que dans cette population un taux dans les normes recommandées de vitamine 25(OH)D (>30ng/ml, <150ng/ml) peut être obtenu, sans réaliser ce dosage en suivant un schéma classique de substitution en cas de carence par UVEDOSE 100 000UI tous les 15 jours pour un total de 4 doses. Tous les patients qui étaient hospitalisés dans le service de Gériatrie du Centre Hospitalier Universitaire (CHU) de Rennes et qui ne présentaient pas de critère d’exclusion, pouvaient être potentiellement inclus. Les critères d’exclusion étaient les suivants : hypercalcémie, supplémentation en vitamine D il y a moins d'un an, dosage de vitamine 25(OH) D récent, pathologie médicale ne permettant pas la supplémentation, absence de signature de consentement, patient sous sauvegarde de justice. Pour chaque patient, les caractéristiques suivantes ont été collectées à partir du dossier informatisé : âge ; sexe ; indice de masse corporelle (IMC) ; antécédents principaux ; lieu de vie. Le taux de vitamine 25(OH) D2 + vitamine 25(OH)D3 était dosé 1 semaine après la dernière ampoule.Résultats:Après application du schéma de supplémentation pour 90 patients, 70% des patients inclus [IC95%:61-79] avaient un dosage en vitamine 25(OH)D dans les normes attendues, soit entre 30 et 70ng/ml.Cette supplémentation a permis de corriger les carences en Vitamine 25(OH)D, inférieures à 10ng/ml.La sécurité pour le patient était maintenue car les résultats de dosages les plus élevés dans notre étude se maintenaient loin des doses considérées comme « limites à ne pas dépasser » (le dosage de 25(OH)D était toujours<100ng/ml) et donc loin de la dose considérée comme toxique (150ng/ml).Le seul facteur lié de façon indépendante à un moindre taux final était un IMC élevé (>30).Conclusion:Notre étude mono-centrique et réalisée de façon exploratoire dans le cadre d’une thèse de médecine confirme notre hypothèse malgré quelques faiblesses dont un taux d’inclusion un peu faible. Ainsi, en hospitalisation en Gériatrie un taux dans les normes recommandées de vitamine 25(OH)D (>30ng/ml,<150ng/ml) peut être obtenu, sans réaliser de dosage préalable en suivant un schéma classique de substitution en cas de carence. Nos résultats devraient être confirmés dans une étude multicentrique, en améliorant le taux d’inclusion.
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Chirurgie dentaire
/ 20-12-2017
Poulouin Bénédicte
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Objectifs - Le but de cette étude a été d’identifier les facteurs, et leur association, influençant la conservation ou la perte des dents permanentes expulsées réimplantées. Matériels/méthodes – L’échantillon est composé de 39 patients, soit 45 dents permanentes monoradiculées expulsées et réimplantées. Ils ont été suivis au Pôle d’Odontologie de Rennes entre 1997 et 2016. C’est une étude rétrospective avec recueil de données sur le patient, sur la dent réimplantée, sur les conditions de réimplantation, sur le suivi du LAD, et sur la prise en charge endodontique de la dent. Les facteurs ont été évalués selon les dernières recommandations de l’IADT (International Association of Dental Traumatology). Les dents ont été classées en issue favorable (pas de complication) ou en échec biologique (résorption/ankylose/infection). Les échecs biologiques ont été divisés en échecs relatifs (dent conservée sur arcade malgré des complications) et échecs définitifs (perte de la dent). L’influence des facteurs a été recherchée individuellement, en comparant les dents conservées (issue favorable + échec relatif) et les dents perdues (échec définitif), à l’aide du test du Chi² (et du Chi² corrigé de Yates). L’influence d’associations de facteurs d’échec a ensuite été recherchée avec une analyse factorielle (logiciel SPAD) sur les dents perdues. Résultats – 23/45 dents (51,1%) ont été conservées sur arcade, dont 4 en issue favorable et 19 en échec relatif. Le taux de complication est de 91,1%, et la plus fréquente est l’association résorption/infection (13/45). La guérison du ligament alvéolo-dentaire a un rôle important, puisque les 9 dents concernées sont conservées (9/45 soit 20%). L’association d’une mauvaise conservation de la dent au moment de l’expulsion (milieu de conservation inadapté et/ou temps extra-alvéolaire > 60 minutes) avec une prise en charge endodontique inadaptée, est retrouvée dans 45% des échecs définitifs. Une mauvaise conservation de la dent, associée à un non-respect du protocole de contention, est retrouvée dans 35% des échecs définitifs. Conclusion – Suivre les recommandations de l’IADT concernant la conservation, la réimplantation et le suivi semble diminuer le risque de perte de l’organe dentaire. Cependant, il faut tenter la réimplantation dès que possible, car la dent a également un potentiel de cicatrisation individuel (pulpe, LAD). Le cas échéant, la réimplantation permettra de conserver un volume osseux jusqu’à la fin de la croissance. Le manque de formation des médecins /
personnels d’éducation / parents sur la conduite à tenir en cas d’expulsion est encore très important, et pourrait constituer une voie d’amélioration future.
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Chirurgie dentaire
/ 20-12-2017
Goulard Mathilde
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Objectifs - Le but de cette étude a été d’identifier les facteurs, et leur association, influençant la conservation ou la perte des dents permanentes expulsées réimplantées. Matériels/méthodes – L’échantillon est composé de 39 patients, soit 45 dents permanentes monoradiculées expulsées et réimplantées. Ils ont été suivis au Pôle d’Odontologie de Rennes entre 1997 et 2016. C’est une étude rétrospective avec recueil de données sur le patient, sur la dent réimplantée, sur les conditions de réimplantation, sur le suivi du LAD, et sur la prise en charge endodontique de la dent. Les facteurs ont été évalués selon les dernières recommandations de l’IADT (International Association of Dental Traumatology). Les dents ont été classées en issue favorable (pas de complication) ou en échec biologique (résorption/ankylose/infection). Les échecs biologiques ont été divisés en échecs relatifs (dent conservée sur arcade malgré des complications) et échecs définitifs (perte de la dent). L’influence des facteurs a été recherchée individuellement, en comparant les dents conservées (issue favorable + échec relatif) et les dents perdues (échec définitif), à l’aide du test du Chi² (et
du Chi² corrigé de Yates). L’influence d’associations de facteurs d’échec a ensuite été recherchée avec une analyse factorielle (logiciel SPAD) sur les dents perdues. Résultats – 23/45 dents (51,1%) ont été conservées sur arcade, dont 4 en issue favorable et 19 en échec relatif. Le taux de complication est de 91,1%, et la plus fréquente est l’association résorption/infection (13/45). La guérison du ligament alvéolo-dentaire a un rôle important, puisque les 9 dents concernées sont conservées (9/45 soit 20%). L’association d’une mauvaise conservation de la dent au moment de l’expulsion (milieu de conservation inadapté et/ou temps extra-alvéolaire > 60 minutes) avec une prise en charge endodontique inadaptée, est retrouvée dans 45% des échecs définitifs. Une mauvaise conservation de la dent, associée à un non-respect du protocole de contention, est retrouvée dans 35% des échecs définitifs. Conclusion – Suivre les recommandations de l’IADT concernant la conservation, la réimplantation et le suivi semble diminuer le risque de perte de l’organe dentaire. Cependant, il faut tenter la réimplantation dès que possible, car la dent a également un potentiel de cicatrisation individuel (pulpe, LAD). Le cas échéant, la réimplantation permettra de conserver un volume osseux jusqu’à la fin de la croissance. Le manque de formation des médecins /
personnels d’éducation / parents sur la conduite à tenir en cas d’expulsion est encore très important, et pourrait constituer une voie d’amélioration future.
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Physique
/ 20-12-2017
Menacer Youcef
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L'emploi des agents antibactériens est un moyen important d'une part dans la lutte contre les infections bactériennes et d'autre part pour conserver les produits alimentaires jusqu'à leur consommation. La perte d'efficacité des antibiotiques par le développement de résistance bactérienne ainsi que la toxicité des conservateurs synthétiques rend nécessaire le développement de nouveaux produits antibactériens naturels. Les protéines et les peptides antibactériens agissant sur les membranes bactériennes paraissent une alternative pour limiter l'instauration de résistances bactériennes. L'ovotransferrine est une protéine du blanc d'œuf ayant des propriétés membranotropes responsable entre autre de son activité antibactérienne. L'objectif de cette thèse est d'étudier les mécanismes membranotropes de l'ovotransferrine vis-à-vis des membranes externe et cytoplasmique d'E. coli en utilisant respectivement des monocouches de LPS (lipopolysaccharides) et de phospholipides comme modèles membranaires expérimentales. L'ovotransferrine possède une capacité d'insertion dans la monocouche de LPS qui dépend de la concentration protéique, de la compacité de la monocouche et de la conformation des molécules de LPS. L'ovotransferrine s'adsorbe faiblement à la monocouche de phospholipides. Ainsi, les monocouches sont perturbées par la désorganisation des lipides. L'analyse comparative de l'ovotransferrine chauffée à sec avec la forme native a montré la conservation des structures secondaire et tertiaire avec une augmentation de l'hydrophobie de surface et probablement de la flexibilité et une affinité plus élevée aux interfaces hydrophiles/hydrophobes (eau/air). L'activité membranaire de l'ovotransferrine est accrue après son chauffage à sec. La capacité d'insertion dans la monocouche de LPS est amplifiée avec une affinité plus importante. Une capacité d'insertion dans la monocouche de phospholipides est générée pour la forme chauffée à sec associée à une adsorption plus élevée. L'ovotransferrine chauffée à sec induit des perturbations plus importantes des monocouches à des concentrations protéiques plus faibles.
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Chimie
/ 20-12-2017
Peltier Jean-David
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Les transistors organiques à effet de champ (OFETs) dans lesquels le transport des charges se fait à travers un film mince de molécules organiques représentent une transformation de la technologie des transistors à effet de champ au regard de la technologie au silicium. Ils permettent notamment d’envisager le développement d’une électronique flexible à bas coût. Ce travail porte sur la synthèse, l’étude et l’utilisation en tant que couche active dans des OFETs de type n de couples d’isomères para- et méta-indacénodithiophènes (para- et méta-IDT) appauvris en électrons inédits. Une introduction aux OFETs de type n est tout d’abord présentée. Elle est suivie par la présentation de la synthèse des dérivés IDT et de l’analyse comparée de leurs propriétés physico-chimiques. La fabrication des OFETs, leur caractérisation et l’optimisation de leur architecture est enfin décrite, leurs performances montrant l’intérêt des IDTs pour les OFETs de type n. Différentes fonctionnalisations menant à des IDTs d’architecture 3π-2spiro sont également synthétisées afin d’étudier les propriétés intrinsèques de ces dérivés π-conjugués et d’envisager leur incorporation comme matrice hôte dans des diodes électrophosphorescentes organiques.
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Informatique
/ 20-12-2017
Coquet Jean
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Les voies de signalisation décrivent les réponses d'une cellule à des stimuli externes. Elles sont primordiales dans les processus biologiques tels que la différentiation, la prolifération ou encore l'apoptose. La biologie des systèmes tentent d'étudier ces voies de façon exhaustive à partir de modèles statistiques ou dynamiques. Le nombre de solutions expliquant un phénomène biologique (par exemple la réaction d'une cellule à un stimulus) peut être très élevé dans le cas de grands modèles. Cette thèse propose, dans un premier temps, différentes stratégies de regroupement de ces solutions à partir de méthodes de clustering et d'analyse de concepts formels. Puis elle présente la caractérisation de ces regroupements à partir de web sémantique. Ces stratégies ont été appliquées au réseau de signalisation du TGF-beta, un stimulus extra-cellulaire jouant un rôle important dans le développement du cancer, ce qui a permis d'identifier cinq grands groupes de trajectoires participant chacun à des processus biologiques différents. Dans un second temps, cette thèse se confronte au problème de conversion des données hétérogènes provenant de différentes bases dans un formalisme unique afin de pouvoir généraliser l'étude précédente. Elle propose une stratégie permettant de regrouper les différents réseaux de signalisation provenant d'une base de données en un modèle unique et ainsi permettant de calculer toutes les trajectoires de signalisation d'un stimulus.
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Génétique, génomique, bioinformatique
/ 20-12-2017
Acuña Amador Luis Alberto
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Les bactéries du phylum Bacteroidetes, classe Bacteroidia, sont parmi les plus importantes dans microbiotes gastrointestinaux des humains et d'autres mammifères. La bouche, entrée du tube digestif, est un environnement avec des sites anatomiques variés, auxquels s'associent des microbiotes de composition différente. L'union de la gencive et des dents, le sillon gingivo-dentaire ou sulcus, est un site de dépôt d'un biofilm complexe appelé plaque dentaire. Une bactérie de ce phylum, Porphyromonas gingivalis, est capable de perturber le système immunitaire humain et de produire un déséquilibre du biofilm oral également nommée dysbiose. Ceci déclenche la formation de la poche parodontale, un creusement pathologique du sulcus, et l'apparition de la parodontite. D’autres espèces du genre Porphyromonas sont également associées à la parodontite notamment chez les canidés. Les populations de P. gingivalis sont panmictiques et la plasticité de leurs génomes importante. La bioinformatique peut aider à identifier les causes de la mosaïcité des génomes de cette bactérie, à étudier les facteurs de virulence au niveau du genre bactérien pour expliquer l'existence d'espèces pathogènes et d'autres commensales et à décrire la dysbiose liée à la parodontite. La génomique comparative de P. gingivalis a démontré une corrélation entre le nombre de contigs dans les génomes draft de cette espèce et les répétitions génomiques, notamment des séquences d'insertion. Nous avons re-séquencé, re-assemblé et re-annoté trois souches de référence de cette bactérie qui avaient des génomes complets, en utilisant un séquençage en long-read. Nous avons mis en évidence des erreurs d'assemblage sur les trois génomes publiés, que nous avons corrigé. Une étude du pangénome de ces trois souches montre un génome core important. La plasticité de l'espèce serait donc plus dans l'organisation du génome que dans les différentes capacités de codage. Une sous partie du génome core, dont les gènes ont un pourcentage d'identité nucléotidique plus faible que la plupart (génome core variant) est intéressante pour expliquer les différences phénotypiques de ces bactéries. Nous avons étudié la répartition d'un facteur de virulence, les fimbriae, structures d'adhésion, au sein du genre Porphyromonas et lié les loci à la phylogénie et au caractère pathogène des espèces. Finalement, une description de la dysbiose qui a lieu lors d'une parodontite est faite par une analyse du microbiote de patients atteints de parodontite et d'individus sains. Les genres prépondérants lors des deux états sont mis en évidence. Au cours de ces travaux, nous montrons l'importance de la biocuration et sa valeur ajoutée dans les travaux de génomique et bioinformatique en général. Seulement en faisant ce travail lent et lourd de biocuration, les réponses apportées aux questions biologiques seront pertinentes.
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Traitement du signal et télécommunications
/ 20-12-2017
Maceraudi Jimmy
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En autorisant de nouveaux services centrés sur l'utilisateur (navigation indoor contextuelle, surveillance/inventaire de biens personnels, etc.), les nouvelles fonctions de radiolocalisation sont en passe de modifier en profondeur les usages liés à la mobilité. Dans ce contexte, la technologie radio ultra large bande impulsionnelle (IR-UWB), qui permet en théorie d'apprécier le temps de vol des impulsions transmises à l'échelle de la nanoseconde et donc, la distance séparant l'émetteur du récepteur avec une précision de l'ordre de quelques dizaines de centimètres seulement, a été régulièrement mise en avant ces dix dernières années. En dépit de ces bonnes dispositions, l'obstruction des liens radio par le(s) corps ou les obstacles (murs, mobilier...) donne toutefois lieu à des erreurs significatives sur les distances mesurées, dégradant d'autant les performances de positionnement, en particulier en environnements fermés (ex. indoor). Dans le cadre de cette thèse, on se proposait d'exploiter une architecture intégrée de récepteur IR-UWB, permettant d'estimer la réponse du canal multi-trajets dans son ensemble, afin d'améliorer la fonction de localisation. Une étude détaillée de ce canal radio mobile, tel que perçu par le récepteur, a d'abord été menée, débouchant sur une interprétation déterministe (c'est-à-dire géométrique) de l'évolution temporelle relative des composantes multi-trajets, ainsi qu'à une modélisation de leur interférence mutuelle. En s'appuyant sur l'étude précédente, des algorithmes de détection, d'association et de suivi des impulsions reçues (ex. batterie de filtres de Kalman à hypothèses multiples) ont alors été proposés. Ces différentes propositions tirent profit des spécificités de l'architecture du récepteur, en visant d'une part, à exploiter la cohérence spatio-temporelle des composantes multi-trajets résolues en réception, et d'autre part, à minimiser l'effet néfaste de leurs collisions au sein de canaux mobiles particulièrement denses (ex. via une estimation de canal multi-bandes). Les solutions apportées permettent en particulier, pour chaque lien radio en situation de non-visibilité, de corriger le temps d'arrivée des trajets directs manquants à partir de trajets secondaires suivis, tout en autorisant l'utilisation d'une structure de filtre classique pour la poursuite du mobile (c'est-à-dire, alimenté par plusieurs liens radio ainsi "corrigés" vis-à-vis de différentes balises fixes). Ces développements algorithmiques ont d'abord été validés par le biais de simulations (à partir d'un outil semi-déterministe, incluant un modèle de récepteur complet), avant d'être appliqués à un jeu de données réelles, issues de dispositifs radio IR-UWB commercialisés par la société BeSpoon.
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Chimie
/ 20-12-2017
Mocanu Olivia
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Ce manuscrit décrit la synthèse et les caractérisations physico-chimiques de nouveaux systèmes hétérocycliques π-conjugués contenant un atome de phosphore. Le chapitre d'introduction présente les différentes voies de synthèse du cycle phospholes pouvant être incorporé dans des systèmes π-conjugués. Le chapitre I décrit la synthèse et les propriétés physico-chimiques de dérivés du pyrène contenant soit un phosphole, soit un silole. La synthèse de ces nouvelles structures a été réalisée à l'aide de réactions métallo-catalysées. Deux types de régioisomères ont ainsi été synthétisés afin de déterminer l'impact de la nature de l'hétéroatome (P ou Si) sur leurs propriétés optiques et électrochimiques et sur l'organisation des molécules à l'état solide. Le chapitre II décrit la synthèse et les propriétés physico-chimiques de nouveaux complexes d'Ir(III) ortho-métallés contenant un ligand phosphole. La présence de deux centres stéréogènes induit la formation de diastéréoisomères, dont la formation peut être contrôlée par les conditions réactionnelles. De plus, les propriétés électroniques du ligand phosphole permettent de moduler à façon les propriétés redox et optiques du complexe. Le chapitre III se focalise sur l'utilisation de la phosphépine comme sous-unité pour la construction de nouveaux systèmes π-conjugués. Deux systèmes π-conjugués ont été synthétisés : un squelette de PAH contenant la phosphépine et les dithieno-phosphépines. Les propriétés optiques et redox de ces dérivés ont été étudiées et discutées dans le manuscrit.
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Biologie
/ 20-12-2017
Alberto Diana
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Les herbicides sont des polluants suscitant de grandes inquiétudes en raison de leur ubiquité environnementale résultant de leur usage intensif dans l’agriculture moderne et de leur persistance dans les sols et les eaux. Les herbicides peuvent être dégradés par des microorganismes, des plantes ou d’autres processus naturels, produisant alors une vaste gamme de métabolites dont l’impact sur les écosystèmes reste méconnu. Dans un contexte d’évaluation des risques environnementaux, l’étude de la réponse des plantes à des mélanges complexes de xénobiotiques est importante pour estimer les effets des contaminations, notamment dans le cas de pollution résiduelle. Afin d’étudier l’impact de cette diversité de polluants, les mécanismes de réponse et les cibles impliquées, la plante modèle Arabidopsis thaliana a été confrontée à des doses variables de molécules de la famille des triazines constituant une série chimique cohérente : atrazine, herbicide encore largement utilisé au niveau mondial, déséthylatrazine, métabolite chloré de l’atrazine, et hydroxyatrazine, métabolite de déchloration de l’atrazine. Ce travail montre que l’exposition de courte durée à des doses variables d’atrazine, de déséthylatrazine et d’hydroxyatrazine, au niveau racinaire, affecte de manière spécifique et dose-dépendante la croissance précoce et le développement de la plante. La caractérisation d’effets directs et multiples sur la respiration et la croissance racinaire a permis de révéler des mécanismes d’action non-canoniques, distincts de l’action classiquement décrite des triazines sur le photosystème II. Afin d’identifier ces mécanismes, activés en absence de dommages cellulaires, une analyse transcriptomique au niveau du génome entier a été effectuée. Les trois triazines induisent des changements coordonnés et spécifiques dans l’expression des gènes. L’analyse fonctionnelle des gènes différentiellement exprimés et de leur promoteur révèle que les voies de signalisation liées à la fois aux hormones végétales, à la perception de faibles niveaux d’énergie, aux stress environnementaux ainsi qu’aux interactions biotiques sont impliquées dans la réponse aux faibles doses de triazines. Les triazines affectent, en particulier, l’expression de gènes connus pour être régulés par les cytokinines. De manière intéressante, cette famille d’hormones végétales montre des caractéristiques chimiques similaires à celles des triazines. Des études développementales utilisant différentes modalités d’exposition aux triazines et aux cytokinines ont alors été effectuées sur des génotypes sauvages et sur des mutants de la voie de signalisation des cytokinines. L’identification d’interactions spécifiques entre les triazines et les composants de la signalisation des cytokinines a alors mis en évidence des mécanismes potentiels de compétition et/ou d’antagonisme. La caractérisation de ces perturbations au niveau de la transduction du signal pourra permettre à terme d’évaluer l’efficacité des herbicides sur les cultures ainsi que l’impact des contaminations xénobiotiques sur les communautés végétales naturelles. Enfin, l’identification des interactions entre stress xénobiotique, biotique et abiotique approfondira les connaissances sur les effets croisés de la pollution chimique et des stress liés au changement climatique.
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