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Doctorat de l'université de Rennes1 mention biologie
/ 16-12-2011
Costache Vlad
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La traduction est une étape critique de la régulation de l’expression des gènes. Chez l’oursin, la fécondation induit une augmentation de la synthèse protéique, qui dépend essentiellement de la traduction d’ARN messagers maternels. Cette synthèse protéique est indispensable au déroulement des cycles cellulaires du développement précoce. Le développement embryonnaire de l’oursin constitue ainsi un modèle de choix pour étudier la régulation de la traduction. Dans le cadre de cette thèse, le contrôle de la traduction a été étudié chez l’oursin dans deux situations : le contexte physiologique de la fécondation et le contexte de l’induction de l’apoptose. Nous nous sommes interrogés d’abord sur les mécanismes régulateurs impliqués dans la synthèse protéique après fécondation. L’une des étapes limitantes de la traduction est l’initiation. Dans ce cadre, le facteur d’initiation eIF2 joue un rôle clé. eIF2 est responsable de l’apport de la méthionine initiatrice au niveau du ribosome. Lorsque la sous-unité alpha d’eIF2 est phosphorylée, la synthèse protéique globale est inhibée et la traduction sélective de certains ARNm est stimulée. Dans les ovules non fécondés d’oursin, eIF2alpha est physiologiquement phosphorylé et la fécondation provoque sa déphosphorylation. En microinjectant dans les ovules non fécondés un variant d’eIF2alpha mimant l’état phosphorylé, nous avons montré que la déphosphorylation d’eIF2alpha est nécessaire pour la première division mitotique chez l’oursin. Nous nous sommes intéressés au lien entre la phosphorylation d’eIF2alpha et l’induction de l’apoptose chez l’oursin. En effet, la traduction d'ARNm codant pour des protéines pro- ou anti- apoptotiques influence directement la survie des cellules. L'embryon d'oursin possède la machinerie nécessaire pour le déclenchement de l'apoptose, après induction par l’agent génotoxique MMS. Le traitement au MMS des embryons provoque la phosphorylation d’eIF2alpha. Dans cette situation, nous avons trouvé que la kinase GCN2 est impliquée dans la phosphorylation d’eIF2alpha. En fin, dans le but d’étudier comment la machinerie traductionnelle module le recrutement polysomal, nous avons analysé le traductome en réponse à la fécondation et après le traitement au MMS. Nous avons effectué une approche de séquençage à haut-débit des transcrits purifiés par gradients de polysomes. L’analyse de ces transcrits nous permettra d'appréhender le réseau des gènes régulés au niveau traductionnel lors de la fécondation et de l’induction de l’apoptose dans les embryons d’oursin.
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Doctorat de l'université de Rennes1 mention mathématiques fondamentales et applications
/ 24-11-2011
Bonnéry Daniel
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Étant donné un modèle de super-population (des variables aléatoires sont générées indépendamment et selon une même loi initiale sur une population) et un plan de sondage informatif, une loi de probabilité limite et une densité de probabilité limite des observations sur l’échantillon sont définies correspondant à des tailles de population et d'échantillon tendant vers l'infini. Le processus aléatoire de sélection peut induire une dépendance entre les observations sélectionnés. Un cadre asymptotique et des conditions faibles sur le processus de sélection sont donnés, sous lesquels les propriétés asymptotiques classiques sont conservées malgré la dépendance des données : la convergence uniforme de la fonction de répartition empirique. Par ailleurs, nous donnons la vitesse de convergence de l’estimateur à noyau de la densité vers la densité limite de l’échantillon. Ces résultats constituent des indications selon lesquelles il est parfois possible de considérer que les réalisations sur l’échantillon sont id et suivent approximativement la densité limite définie, notamment dans une perspective d’inférence sur le modèle de super-population. Par exemple, étant donné un modèle paramétrique on peut définir la vraisemblance approchée de l’échantillon comme produit de densités limites et un estimateur de maximum de vraisemblance approchée, dont on établit la normalité asymptotique . La dernière partie traite de tirage équilibré : des algorithmes de calcul de probabilités d’inclusion minimisant une approximation de la variance de l’estimateur de Horvitz-Thompson d'un total sont proposés.
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Doctorat de l'université de Rennes1 mention chimie
/ 29-11-2011
Chlique Christophe
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Ce travail de recherche porte sur la synthèse, la mise en forme et la caractérisation de matériaux à base de sulfures ou oxysulfure pour des applications optiques passives ou actives. Différentes techniques de synthèse, notamment la précipitation en milieu aqueux ou la synthèse par combustion, ont été utilisées pour préparer les nanopoudres précurseurs, ZnS, CaLa₂S₄, BaLa₂S₄ ou La₂O₂S. Il a été constaté qu'un traitement sous H₂S/N₂ permet de purifier ces précurseurs tout en conservant la phase cubique (ZnS) nécessaires pour la préparation de céramiques transparentes. Des céramiques ZnS, avec une transmission maximale d'environ 70% à la longueur d'onde de 10 µm, ont été élaborées par compaction à chaud en utilisant les techniques Hot Pressing ou Spark Plasma Sintering pour des applications optiques dans la fenêtre 8-12 µm. Des poudres de ZnS dopées au Fe²⁺ ont été synthétisées et étudiées avec une bande d'émission très large entre 3 µm et 4,5 µm. Des effets laser ont été obtenus à des longueurs d'ondes entre 3,4 µm et 3,6 µm en fonction de la température. Des poudres d'oxysulfure de lanthane co-dopées à l'Er³⁺ et l'Yb³⁺ ont été étudiées comme matériaux fluorescents pour modifier le spectre solaire avec l'objectif d'augmenter le rendement des cellules solaires photovoltaïques. Un rendement quantique supérieur à 100% a été obtenu avec un pompage à 523 nm pour des émissions dans le visible et le proche infrarouge. Ces résultats montrent que ces matériaux sont des matrices très efficaces pour le dopage des terres rares.
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Doctorat de l'université de Rennes1 mention chimie
/ 06-12-2011
Aubert Tangi
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Ces travaux de thèse sont dédiés à l’élaboration de nanoparticules de silice fonctionnelles. Celles-ci présentent des propriétés de luminescence, de magnétisme et/ou de plasmonique, et trouvent généralement des applications en biotechnologie. Le caractère innovant de ces nanoparticules repose sur l’utilisation de clusters octaédriques d’éléments de transition en tant que luminophores. Ces clusters ont principalement été encapsulés dans des nanoparticules de silice via un procédé de microémulsion eau-dans-huile. Cette méthode est particulièrement bien adaptée pour la synthèse de nanoparticules de diamètre inférieur à 50 nm et présentant des architectures complexes. La caractérisation des nanoparticules de cluster@SiO2 et de leurs propriétés a fait l’objet d’une étude approfondie. Ces clusters ont également été associés dans des nanoparticules de silice conjointement avec des nanocristaux de ZnO, conduisant à l’obtention de matériaux avec des propriétés de luminescence modulables. Afin de créer un système pouvant à la fois être excité et émettre dans le proche infrarouge, des clusters ont été associés avec des nanocristaux de NaYF4:Er/Yb ayant des propriétés d’upconversion de photons. Des nanoparticules bifonctionnelles luminescentes et magnétiques ont été obtenues en associant des clusters avec des nanocristaux de γ-Fe2O3. Enfin, le potentiel des clusters en tant qu’agent réducteur pour décorer des nanoparticules de cluster@SiO2 avec des nanocristaux d’or ou d’argent a été démontré. En parallèle, la nanototoxicité des clusters sur des plantes de colza a également été étudiée, ainsi que le rôle protecteur de la silice contre leurs effets néfastes.
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Sciences de la terre
/ 19-12-2011
Bresciani Etienne
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L'étude des flux souterrains à l'échelle régionale / continentale englobe des problématiques majeures de l'hydrogéologie telles que le partitionnement entre nappes et rivières, les chemins et les temps de transfert des circulations souterraines, ainsi que l'impact et la vulnérabilité d'un pompage. Les flux souterrains résultent d'une combinaison complexe de facteurs climatiques, topographiques et géologiques. Dans les aquifères de socle, les structures hétérogènes d'altération de subsurface et de fracturation tectonique ont un impact particulier. Nous abordons cette thématique sous l'hypothèse de contraintes stationnaires. Notre approche repose sur la modélisation numérique des écoulements poreux à surface libre qui permet d'étudier les interactions de la nappe avec la topographie, déterminantes de l'organisation des écoulements. Basée sur un schéma d'adaptation locale de la méthode des volumes finis, une méthode numérique de résolution performante de ce problème fortement non linéaire a été développée. Dans le cadre d'un bassin "élémentaire" représentatif d'un bassin hydrogéologique de premier ordre idéalisé, une étude adimensionnelle des paramètres de contrôle des écoulements a été menée. Les résultats forment une base pertinente pour l'étude de systèmes plus complexes. Dans des configurations plus réalistes et représentatives des aquifères de socle, les principaux mécanismes régissant les écoulements souterrains sous contrainte de la recharge et d'un pompage sont mis en évidence. Ces derniers résultats ont abouti à la formulation d'un modèle conceptuel adapté à la problématique de l'influence du pompage sur les zones de décharge naturelles de l'aquifère.
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Biologie et sciences de la santé
/ 04-11-2011
Sarkis Joe
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La caractérisation de l’interaction de différentes biomolécules avec les lipides constitue une étape cruciale pour mieux comprendre le comportement et le mode d’action de ces molécules avec la membrane. Nous présentons ici des études biomimétiques d’une protéine musculaire en utilisant des modèles membranaires et des méthodes biophysiques. La dystrophine est une protéine filamenteuse essentielle pour le fonctionnement musculaire. Son absence ou sa modification suite à des mutations sont responsables de myopathies. Dans cette étude, nous avons analysé les propriétés de certaines répétitions homologues à la spectrine du domaine central de la dystrophine. Nous caractérisons les interactions spécifiques de deux sous domaines constitués des répétitions 1 à 3 et 20 à 24 avec les lipides. Nous montrons d’autre part, que l’interaction et l’organisation des répétitions 11 à 15 avec des membranes anioniques et zwitterioniques sont modulées par la courbure membranaire et le packing lipidique. L’analyse de propriétés rhéologiques de surface montre que les répétitions 11 à 15 forment un lien fonctionnelle entre la membrane et les filaments d’actines du cytosquelette. Cette liaison mécanique contribuerait in vivo au rôle d’amortisseur de chocs de la dystrophine au cours des cycles de contractions-relaxations musculaires. Dans une dernière partie de ce travail, nous avons étudié la relation structure-activité d’un de novo peptide antimicrobien, K4. Nous identifions un mécanisme d’action de type detergent-like, conférant l’activité antimicrobienne.
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Chimie
/ 12-09-2011
Peu Pascal
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La première partie de ce travail de thèse s’est intéressée à l’impact des régimes alimentaires des porcs sur la quantité de soufre présente dans les déjections. La charge en soufre apportée par chacun des ingrédients qui composent la formulation a été analysée. La rétention et l’excrétion du soufre ingéré par les animaux (porcs) ont été évaluées par une étude in-vivo. Le soufre absorbé par les animaux est faiblement retenu, au-delà des besoins nutritionnels, il est excrété principalement sous la forme de sulfates, par la voie urinaire. La dynamique des sulfates dans le lisier a été évaluée par une simulation de stockage anaérobie, ils sont consommés et transformé en sulfure d’hydrogène, lequel est, soit transféré vers la phase gazeuse, soit stocké dans la phase liquide. La principale voie de production étant la réduction dissimilatrice des sulfates. La deuxième partie de ce travail de thèse est consacrée au devenir du soufre dans les unités de méthanisation agricoles où la production d’hydrogène sulfuré est sous la dépendance des mélanges de co-substrats digérés. Un inventaire des différents substrats utilisables par les unités de méthanisation à la ferme a donc été réalisé. Les teneurs en soufre total ainsi que les potentiels méthanogènes pour chacun de ces substrats ont été déterminés et un potentiel sulfurogène (concentration maximale d’hydrogène sulfuré du biogaz pour un substrat donné) a été défini. Grâce à ces données, un ratio C/S a pu être défini, lequel a permis de classer les différents substrats quant à leur potentialité à produire de l’hydrogène sulfuré. Les algues vertes d’échouage, substrat à faible ratio C/S, ont été testées sur des pilotes de digestion anaérobie en co-digestion avec des lisiers de porcs. Pour ces algues, le faible potentiel de production de biogaz couplé aux fortes teneurs en hydrogène sulfuré du biogaz mesuré avec nos essais limite fortement l'intérêt de leur utilisation dans les filières de méthanisation à la ferme.
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Sciences Economiques
/ 12-07-2011
Bousrih Jihéne
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Cette thèse s’intéresse à étudier la politique de ciblage de l’inflation compte tenu des caractéristiques économiques et financières des économies émergentes. Depuis sa première adoption en adoption en 1990, la politique de ciblage de l’inflation a montré son efficacité en limitant la flambée des prix et en favorisant la croissance économique. Cependant, pour les marchés émergents, l’amélioration de leur performance économique reste faible par rapport aux économies développées. Ce résultat est du principalement aux caractéristiques de ces économies et à leur vulnérabilité économique et financière. Ce travail explore l’impact de deux importantes caractéristiques des marchés émergents, sur le choix de la politique monétaire. Il s’agit de la dépendance commerciale et de la dépendance financière. L’approche théorique de cette thèse montre que la Banque Centrale des économies émergentes a intérêt à adopter la politique de ciblage de l’inflation qui limite la transmission de l’inflation importée vers le niveau des prix domestiques. La thèse propose également une approche empirique qui cherche à identifier, d’une part, l’efficacité de la politique de ciblage de l’inflation et d’autre part, les facteurs qui peuvent influencer la volatilité des prix. Les résultats montrent, dans un premier temps, qu’il y a une amélioration de la performance des pays adoptant la politique de ciblage de l’inflation mais dans des proportions relativement faibles. Puis dans un deuxième temps, qu’un système monétaire, financier et budgétaire sain favorise la maîtrise de l’inflation.
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Biologie
/ 09-12-2011
Debbache Julien
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Le facteur de transcription Microphthalmia (Mitf) et la voie de signalisation des « Mitotic Activated Protein Kinase » (MAPK) sont des éléments déterminants pour la différentiation, la prolifération et la survie des melanocytes. L’altération des fonctions de l’un ou l’autre se manifeste par une perte totale ou partielle de ce type cellulaire. A l’inverse, le mélanome est associé très majoritairement à une activation constitutive des MAPK, et parfois, à un gain d’activité de MITF. Afin d’étudier les interaction entre les MAPK et l’activité de MITF, nous nous sommes intéressés aux modifications post transcriptionnelles qui permettent la génération d’isoformes multiples dotées d’activité différentes. MITF contient un site de phosphorylation, la serine 73 (S73), qui a été démontré par le passé comme jouant un rôle à la fois dans l’augmentation de l’activité et dans la réduction de la stabilité de MITF in vitro. Pour comprendre le rôle de cette serine in vivo, une tentative de mutation S73A de Mitf a été réalisée. Ce codon fait parti d’un « Exon splicing Enhencer » et sa mutation réduit l’affinité de fixation de la protéine SRp40 et l’exclusion de l’exon 2B dans lequel est situé ce site de phosphorylation. Pour dissocier l’exclusion de l’exon 2B et de sa phosphorylation, nous avons donc altéré la jonction de l’exon 2A-2B afin qu’elle ne soit plus reconnue par le spliceosome. En conséquence, l’exon 2B ne peut plus être exclu des transcrits Mitf quelque soit le statut du codon 73. La comparaison de 3 nouveaux allèles Mitf S-S73A S-S73D et S-S73S, où l’inclusion de l’exon 2B est forcée, nous a permis d’associer l’absence de phosphorylation à un gain d’activité de MITF.
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Biologie
/ 16-12-2011
Vaysse Amaury
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L'espèce canine est la plus ancienne espèce domestiquée, il y a environ 15.000 ans, et se compose aujourd'hui de plus de 350 races issues d'une sélection artificielle drastique et de croisements consanguins pratiqués durant les derniers siècles. Mon travail de thèse a pour objectif l'étude de la période dominée par la sélection naturelle au cours de l'évolution des canidés et la période récente de la création des races par une sélection artificielle intense. Nous avons identifié le catalogue des gènes sous sélection positive dans 10 espèces (chien, Homme, ouistiti, macaque, orang-outan, chimpanzé, souris, rat, cheval et vache) à partir de 10.730 gènes en relation d'orthologie de type 1:1. L'espèce canine présente plus de gènes sous sélection positive en commun avec les Laurasatheria et les rongeurs qu'à l'attendu. Nous avons ensuite identifié le catalogue des régions de différenciation alléliques entre races de chien à partir de données de génotypage de 170.000 SNPs de 456 chiens de 30 races, en collaboration avec l'équipe du Dr Matthew Webster (Université d'Uppsala en Suède) dans le cadre du consortium européen de génétique du chien LUPA. Ces régions sont candidates pour être les cibles de la sélection artificielle. Ce projet se poursuit actuellement afin de comparer les sélections naturelles et artificielles et de déterminer s'il existe des régions du génome qui sont constamment affectés par la sélection ; et de déterminer si l'espèce canine peut-elle être considérée comme une simulation réduite, mais accélérée de la radiation des mammifères.
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