Tri :
Date
Titre
Auteur
|
|
Biologie
/ 16-12-2013
Bettembourg Charles
Voir le résumé
Voir le résumé
La comparaison inter-espèces de voies métaboliques est une problématique importante en biologie. Actuellement, les connaissances sont générées à partir d'expériences sur un nombre relativement limité d'espèces dites modèles. Mieux connaître une espèce permet de valider ou non une inférence faite à partir de ces données expérimentales et de déterminer si ou dans quelle mesure des résultats obtenus sur une espèce modèle peuvent être transposés à une autre espèce. Cette thèse propose une méthode de comparaison inter-espèces de voies métaboliques. Elle compare chaque étape d'une voie métabolique en exploitant les annotations dans Gene Ontology qui leur sont associées. Ce travail valide l'intérêt des mesures de similarités sémantiques pour interpréter ces annotations, propose d'utiliser conjointement une mesure de particularité sémantique et propose une méthode basée sur des motifs de similarité et de particularité pour interpréter chaque étape de voie métabolique. De nombreuses mesures sémantiques quantifient la similarité entre des produits de gènes en fonction des annotations qu'ils ont en commun. Nous en avons identifié et utilisé une adaptée à la problématique de comparaison inter-espèces. En se focalisant sur la part commune aux produits de gènes comparés, les mesures de similarité sémantiques ignorent les caractéristiques spécifiques d'un seul produit de gène. Or la comparaison inter-espèces de voies métaboliques se doit de quantifier non seulement la similarité des produits de gènes qui interviennent dans celles-ci, mais également leurs particularités. Nous avons développé une mesure de particularité sémantique répondant à cette problématique. Pour chaque étape de voie métabolique, nous calculons un profil composé de sa valeur de similarité et de ses deux valeurs de particularité sémantiques. Il n'est pas possible d'établir formellement que deux produits de gènes sont similaires ou que l'un d'eux a des particularités significatives sans disposer d'un seuil de similarité et d'un seuil de particularité. Jusqu'à présent, ces interprétations se faisaient sur la base d'un seuil implicite ou arbitraire. Pour combler ce manque, nous avons développé une méthode de définition de seuils pour les mesures de similarité et de particularité sémantiques. Nous avons enfin appliqué une mesure de similarité inter-espèces et notre mesure de particularité pour comparer le métabolisme des lipides entre l'Homme, la souris et la poule. Nous avons pu interpréter les résultats à l'aide des seuils que nous avions définis. Chez les trois espèces, des particularités ont pu être observées, y compris au niveau de produits de gènes similaires. Elles concernent notamment des processus biologiques et des composants cellulaires. Les fonctions moléculaires présentent une forte similarité et peu de particularités. Ces résultats sont biologiquement pertinents.
|
|
Chimie
/ 16-12-2013
Robin Julien
Voir le résumé
Voir le résumé
Ce travail porte sur la cristallochimie de polymères de coordination poreux, ou Metal-Organic Frameworks (MOFs), pour la séparation et la catalyse énantiosélective. Les molécules chirales sont d'une importance capitale et jouent un rôle important dans la reconnaissance moléculaire. Il est donc nécessaire de pouvoir synthétiser un seul énantiomère ou de pouvoir séparer un mélange. La particularité des polymères de coordination à bénéficier d'une partie organique est la possibilité d'introduire des fragments chiraux dans la structure-même des matériaux. Nous avons décidé d'introduire la chiralité dans les MOFs par utilisation de ligands carboxylates originaux chiraux à cœur fluorène. Le premier chapitre de ce mémoire est consacré à l'étude bibliographique des MOFs avec une description des concepts de cette chimie qui permet de comprendre la stratégie mise en place dans cette étude. Le deuxième chapitre décrit la stratégie de synthèse des ligands ainsi que leurs caractérisations. Les trois chapitres suivants décrivent la synthèse, les structures cristallines et les caractérisations physico-chimiques de séries de MOFs regroupés par métal utilisé pour leur élaboration (Zn, Cd et Cu). Ces trois chapitres exposent les problématiques généralement rencontrées avec les MOFs, comme la perte de porosité par interpénétration des réseaux, et les stratégies mises en place pour les contourner, comme l'augmentation de la taille et de la fonctionnalité des ligands utilisés. Enfin la réactivité thermique et chimique des MOFs a été investiguée par diffraction des rayons X par la poudre afin de comprendre les mécanismes réactionnels et la création éventuelle de sites acides en vue d'applications en catalyse. Les techniques expérimentales sont détaillées dans le dernier chapitre de ce mémoire. Enfin un récapitulatif de cette étude est présenté afin de conclure sur la stratégie exposée dans ce mémoire et les perspectives offertes par cette étude.
|
|
Biologie et sciences de la santé
/ 16-12-2013
Cabasse Clémence
Voir le résumé
Voir le résumé
Le myélome multiple est une néoplasie plasmocytaire caractérisée par une prolifération clonale de plasmocytes malins au niveau de la moelle osseuse. Il correspond à environ 13% des cancers hématologiques et la survie médiane à 10 ans est d’environ 30%. Le CD146 est une molécule d’adhésion (CAM) qui est surtout exprimée au niveau des jonctions des cellules endothéliales. A l’origine, le CD146 a été identifié comme un marqueur tumoral du mélanome (MCAM) et, par la suite, il a été étudié dans de nombreux cancers tels que les cancers du rein, du sein, du poumon, les cancers gastriques et les ostéosarcomes. Son expression est le plus souvent associée à un mauvais pronostic. Nous avons montré pour la première fois, que cette molécule s’exprimait aussi à la surface des plasmocytes normaux, cette expression apparaissant tardivement au cours de la différenciation B. Nous avons montré que cette expression était modulée sur des plasmocytes tumoraux de gammapathie monoclonale avec une forte diminution voire le plus souvent une disparition sur les plasmocytes malins de Myélome Multiple (MM). De plus, nous avons montré que CD146 constituait un facteur de bon pronostic indépendant dans cette maladie et qu’il était un des mécanismes permettant à la cellule tumorale d’avoir un avantage en termes de survie. Un second axe de recherche a consisté à la mise en place d’une technique de détection des cellules endothéliales circulantes dans le sang et in situ dans la moelle osseuse dans le myélome multiple afin de disposer d’un outil permettant l’étude de l’angiogenèse dans cette pathologie ainsi que son suivi en clinique.
|
|
Informatique
/ 16-12-2013
Alaggan Mohammad
Voir le résumé
Voir le résumé
Dans cette thèse nous considérons une plate-forme de filtrage collaboratif distribué dans laquelle chaque pair héberge ses informations personnelles, comme les URL qu'il a aimé, les pages d'information qui ont attiré son intérêt ou les vidéos qu'il a regardé, sur sa propre machine. Ensuite, sans reposer sur un tiers fiable, le pair s'engage dans un protocole distribué combinant ses données personnelles avec celles d'autres pairs afin d'exécuter un filtrage collaboratif. L'objectif principal est d'être capable de recevoir des recommandations personnalisées ou d'autres services comme un moteur de recherche distribué et personnalisé. Les protocoles de filtrage collaboratif basés sur les utilisateurs, qui demandent de calculer des similarités entre les utilisateurs, ont été appliqués aux systèmes distribués. Comme le calcul de similarité entre les utilisateurs nécessite d'utiliser leurs profils privés personnels, cela lève de sérieuses inquiétudes quant à la vie privée. Dans cette thèse nous adressons le problème du calcul de similarités entre les pairs sur une plate forme collaborative. Notre travail fournit une primitive préservant la vie privée pour le calcul de similarité qui peut rendre les protocoles collaboratifs respectueux de la vie privée. Nous adressons le challenge unique qui est d'appliquer des techniques de préservation de la vie privée pour le calcul de similarité aux systèmes dynamiques à large échelle. En particulier, nous introduisons un protocole cryptographique bipartite qui assure la differential privacy, une notion forte de préservation de la vie privée. De plus, nous résolvons le problème du budget de vie privée qui empêcherait les pairs de calculer leur similarité plus d'un nombre fixe de fois en introduisant la notion de canaux anonymes bidirectionnels. Nous développons aussi une variante hétérogène de la differential privacy qui peut apporter différent niveaux de confidentialité pour différent utilisateurs, et même différent niveaux de confidentialité pour différents items du profile d'un même utilisateur, prenant ainsi en compte différentes attentes en terme de préservation de la vie privée. De plus, nous proposons un protocole non interactif qui est très efficace pour publier une représentation compacte et préservant la vie privée des profiles des utilisateurs qui peut être utilisée pour estimer la similarité. Enfin, nous étudions le problème de choisir un paramètre de vie privée à la fois théoriquement et empiriquement en créant plusieurs attaques par inférence qui démontrent pour quelles valeurs du paramètre de vie privée le niveau de vie privée fournis est acceptable.
|
|
Biologie
/ 16-12-2013
Pérez María Rita
Voir le résumé
Voir le résumé
Les effets négatifs des produits pharmaceutiques (PPs) sur les écosystèmes aquatiques est une préoccupation de plus en plus sensible. Nous avons analysé les effets du 17α-éthinylestradiol (EE2), composant des pilules contraceptives, et de la fluoxétine (FLX), l'antidépresseur le plus vendu au monde, sur deux poissons. Le pejerrey (Odontesthes bonariensis) vit dans des lagunes qui sont des réservoirs d'eaux usées, où la présence d'EE2 est détectée. En utilisant l'expression des gènes cyp19a1b (aromatase cérébrale) et cyp19a1a (aromatase gonadique) comment marqueurs biologiques nous avons constaté que l'exposition à EE2 n'affectait pas l'expression du gène cyp19a1b. Cependant, augmente significativement l'expression du cyp19a1a, liée à la différenciation ovarienne, et diminue l'expression de hsd11b2, liée a la différenciation testiculaire, chez les larves et mâles juvéniles. Aussi, produit une déviation des ratios male/femelles en faveur des femelles chez les larves et l'apparition de caractéristiques typique du développement ovarien dans les testicules de mâles juvéniles. Chez le poisson zèbre (Danio rerio) nous avons évalué le rôle de la sérotonine (5-HT) comme modulateur de la prolifération; et l'effet de la FLX, inhibiteur sélectif de sa recapture. Tout d'abord, nous avons montré que les neurones sérotoninergiques de l'hypothalamus sont générés à partir de cellules gliales radiaires présente dans cette région. Ensuite, nous avons constaté une réduction significative du nombre de cellules en prolifération dans le noyau du recessus lateral (NRL) et posterior (NRP) de l'hypothalamus, après de l'inhibition de la synthèse de 5-HT ; et dans le NRL, après d'exposition a FLX.
|
|
Chimie
/ 13-12-2013
Abbour Shoukri
Voir le résumé
Voir le résumé
L'identification de nouveaux agents anti-infectieux, actifs contre les pathogènes et les micro-organismes multi-résistants, reste un enjeu majeur pour la science. Parmi les molécules développées pour combattre ces infections, les peptides thérapeutiques apparaissent comme un champ prometteur de recherche. Ils se synthétisent rapidement, grâce à la synthèse sur support solide automatisée, et leur structure modulable facilite la découverte et l'amélioration d'activités biologiques. Le principal inconvénient des peptides est leur manque de résistance face à la dégradation protéolytique, et donc leur rapide élimination du corps humain. L'introduction d'aminoacides modifiés, comme les aza-bêta³-aminoacides, au sein de la séquence peptidique, permet de renforcer la biodisponibilité de ces peptides, et peut conduire à une augmentation de l’activité biologique et/ou de la sélectivité. Les aza-bêta3-aminoacides sont des analogues aza des bêta³-aminoacides, où le carbone portant la chaîne latérale est remplacé par un atome d'azote chiral à configuration non-fixée. Introduit au sein d'une séquence peptidique, ces monomères donnent accès à des pseudopeptides dont la biodisponibilité est augmentée, et l’activité et/ou la sélectivité peuvent être améliorée. Ce mémoire de thèse présente la synthèse et la fonctionnalisation d’aza-bêta³-aminoacides, à chaînes latérales protéinogènes ou non, en vue de leur insertion en synthèse peptidique sur support solide. Deux séries de pseudopeptides cycliques de novo ont été développées. La première série cible les vésicules d’endocytose résultant d’une infection adénovirale, et la seconde série mime la séquence RGD, ligand des intégrines alpha-nu-bêta₃, qui est une cible d’intérêt contre la néo-angiogénèse tumorale.
|
|
Traitement du signal et télécommunications
/ 13-12-2013
Manac'h Lilia
Voir le résumé
Voir le résumé
Les besoins techniques et opérationnels des porteurs navals, terrestres et aériens conduisent à la conception et à l'implantation d'un nombre de plus en plus élevé d'antennes dédiées aux communications. Parallèlement, les matériaux composites sont utilisés depuis de nombreuses décennies dans les panneaux structuraux de ces porteurs en raison de leurs qualités naturelles (légèreté, performances mécaniques élevées, insensibilité à la corrosion…). L'objet de ce manuscrit concerne l'étude et le développement de matériaux composites pour des applications antennaires en hyperfréquences. Après un recensement exhaustif des caractéristiques diélectriques des différents éléments constitutifs de ces matériaux composites, la caractérisation diélectrique des matériaux composites fabriqués au Laboratoire a été réalisée via deux méthodes distinctes dans deux bandes de fréquence différentes. Parallèlement, la caractérisation électrique des tissus à base de fibres de carbone a permis d'évaluer leur possible utilisation dans la fabrication des éléments rayonnants. Dans un premier temps, deux topologies antennaires « tout composite » de géométrie carrée à base de tissus de fibres de carbone, de fibres de verre et de résine (polyester ou époxy) ont été conçues, fabriquées et caractérisées. Leurs performances similaires à celles d'antennes métalliques de référence démontrent tout l'intérêt de l'utilisation des matériaux composites en hyperfréquences. Puis, trois topologies antennaires ultra large bande en matériaux « tout composite » ont été développées spécifiquement dans le cadre du projet FUI SAMCOM (/Systèmes Antennaires en Matériaux COMposites/). La première de type Rugby-Ball couvre une octave et demi avec un gain positif et un encombrement limité à λ/4 x λ/4 x λ/10 (longueur x largeur x hauteur). La seconde configuration volumique de type dipôle et d'encombrement λ/3 x λ/3 x λ/10 couvre deux octaves et demi avec un gain toujours positif. Enfin, la troisième de structure planaire a été développée spécifiquement pour la réception de la Télévision Numérique Terrestre (TNT) et sera, à terme, intégrée dans un panneau structural d'un véhicule.
|
|
Biologie
/ 13-12-2013
Hussein Mourad
Voir le résumé
Voir le résumé
Ces dernières années ont été marquées par une progression importante dans la connaissance de la physiologie des cellules B in vivo et de leur différenciation en plasmocytes, grâce aux modèles murins et à l'imagerie intravitale. La transposition à l'Homme des connaissances acquises chez la souris soulève cependant des difficultés, telles que le manque d'outils pour visualiser les évènements qui se déroulent dans les organes lymphoïdes humains. Dans l'optique d'apporter une réponse à cette problématique, nous avons développé au sein du laboratoire un modèle in vitro en deux étapes, permettant la différenciation des lymphocytes B naïfs humains en plasmocytes. Ce modèle est particulièrement adapté pour étudier l'induction, au cours de la différenciation terminale B, des voies de signalisation, des facteurs de transcription et des grands processus cellulaires tels que la prolifération ou la mort programmée. A l'aide de ce modèle, nous avons mené deux études relatives à la différenciation B dans le centre germinatif: (i) La caractérisation sur le plan phénotypique et fonctionnel des populations cellulaires générées in vitro. Par une approche transcriptomique, nous avons comparé le profil d'expression et identifié les gènes et fonctions biologiques spécifiques à chacune de ces populations différenciées. Nous nous sommes concentrés sur l'étude de l'expression et de l'activité de l'enzyme AID, notamment au travers de la mesure des fréquences des hypermutations somatiques à chaque stade de la différenciation. (ii) L'étude des mécanismes cellulaires (cycle cellulaire, apoptose), génétiques et épigénétiques menant à la transition des cellules du centre germinatif vers le stade de plasmablastes. Cette étude a permis de caractériser au plus près une population cellulaire fondatrice à l'origine des cellules différenciées. En outre, nous avons mis en évidence l'importance de la méthylation de l'ADN, en particulier la 5-hydroxyméthylation, dans le contrôle de la différenciation terminale B.
|
|
Chimie
/ 13-12-2013
Nagaradja Elisabeth
Voir le résumé
Voir le résumé
Le but principal de ce travail a été de mettre en évidence le potentiel synthétique de nouvelles bases mixtes fer-lithium dans des réactions de déprotométallation en série aromatique. Dans un premier chapitre, les travaux de la littérature sur les composés fer-métal alcalin et notamment les bases ont d’abord été exposés. Notre étude a permis d’optimiser une nouvelle base fer-lithium et a montré la capacité de celle-ci à réaliser des réactions de déprotonation relativement chimiosélectives et efficaces. Les paramètres de la réaction de déprotométallation ont été optimisés en utilisant l’iode comme électrophile. Cette méthode a été étendue à divers hétérocycles et le piégeage subséquent à différents électrophiles. Dans un second chapitre, le comportement de la base fer-lithium développée a été comparé à celui d’autres bases bimétalliques utilisées au laboratoire. La fonctionnalisation des triazoles par ces bases a montré que la base zinc-lithium était la base la plus appropriée pour ce type de substrats. La fonctionnalisation à l’aide de cette base a donc été étendue en série indazole et benzotriazole. Les résultats ont été rationalisés en utilisant les acidités des hydrogènes des substrats (pKₐ). Dans un dernier chapitre, les méthodes développées ont été valorisées par la synthèse de 2,4-diaryl-1,2,3-triazoles analogues du resvératrol. Les propriétés cytotoxiques de ces molécules seront évaluées. Cette application reste à approfondir.
|
|
biologie
/ 13-12-2013
Azzouzi Naoual
Voir le résumé
Voir le résumé
La construction de cartes de génomes consiste à baliser les chromosomes par des repères : les marqueurs. Plus une carte est dense en marqueurs régulièrement espacés, plus elle est informative et donc plus les applications ultérieures sont nombreuses. Parmi les différentes stratégies de cartographie, celle exploitant les hybrides d'irradiation dite carte RH, présente de nombreux avantages. Ainsi, des marqueurs polymorphes tels que les microsatellites, utiles pour les analyses de liaisons génétiques et des marqueurs de gènes, polymorphes ou non polymorphes permettant d'établir des cartes comparées avec d'autres génomes et définir des zones de conservation ou de rupture de synténie, peuvent être localisés sur une carte RH. Ces cartes comparées sont utiles non seulement pour l'identification de gènes d'intérêts mais également pour l'étude de l'évolution des génomes. Parmi les nombreux vertébrés d’intérêt, nous nous sommes particulièrement attachés à la construction de cartes RH de poissons et de cichlidés en particulier. Ceux-ci constituent en effet un modèle génétique très intéressant du point de vue économique et évolutif. La réalisation de cartes des génomes de plusieurs poissons devrait aider à l'identification de gènes impliqués dans des traits phénotypiques ou pathologiques voire même des marqueurs liés aux stress et à la reproduction. Mon travail de thèse a consisté à construire une carte du génome du bar, un panel RH de tilapia et la carte RH attenante qui a été utilisée dans la phase finale de l’assemblage des données de séquence du génome de Tilapia. Par ailleurs nous avons construit un panel RH d’esturgeon et un autre d’huitre. La cartographie du génome de tilapia, réalisée dans le cadre d’un consortium international, nous a donné un accès privilégié aux données de séquences des génomes de cinq cichlidés (O. niloticus, P. nyererei, H. burtoni, N. brichardi et M. zebra) et nous a permis de participer à l’annotation de ces séquences génomiques en nous intéressant plus particulièrement à l’identification des répertoires des gènes codant pour les récepteurs olfactifs (OR) et les récepteurs connus sous le vocable de TAAR pour ‘ Trace Amine-Associated Receptors’. C’est ainsi que nous avons identifié et caractérisé 158, 88, 90, 69, 102 gènes OR et 45, 19, 23, 12, 20 gènes TAAR dans les génomes de ces cinq poissons (O. niloticus, P. nyererei, H. burtoni, N. brichardi et M. zebra)
|
|