Les avancées récentes ont élargi le champ des possibles en synthèse de parole, en particulier pour les systèmes multi-locuteurs. Le clonage de voix correspond à la production de parole ressemblant à la voix d'un locuteur cible à partir d'une entrée textuelle et d'un échantillon audio de la cible. En théorie, ils sont capables de synthétiser la voix de n'importe quel locuteur, à partir d'un corpus audio de référence de quelques minutes seulement. Dans ce document, deux questions sont au cœur des raisonnements et des expériences présentées : Si le clonage de voix peut, en théorie, reproduire la voix de n'importe quel locuteur, alors comment se comporterait-il face à des locuteurs atypiques ? Cet axe est exploré dans ce document en premier lieu à travers des données issues de livres audio, puis avec des études préliminaires visant à une application pour les patients atteints de dysphonie. La grande majorité des études portant sur le clonage de voix sont entraînées et testées sur des données en anglais. Serait-il possible, et avec quelles performances, d'entraîner un modèle de clonage de voix dans une autre langue et de le tester avec des locuteurs parlant cette langue ? Cette question est abordée dans ce document avec le choix de la langue française, qui restreint les possibilités en termes de disponibilité de corpus, et implique des compromis entre qualité et nombre de locuteurs.

Contexte et objectifs : La fibrose hépatique avancée et la cirrhose sont les principales causes de mortalité chez les patients atteints d’une hémochromatose HFE (HH). L’EASL recommande un dépistage de la fibrose hépatique au diagnostic chez tous les patients. Alors que les tests non-invasifs ont fortement limité le recours à la biopsie hépatique dans les autres maladies chroniques du foie, il y a peu d’études comparant dans cette pathologie l’élastométrie, le FIB-4 et l’APRI à la biopsie. Notre étude a pour but d’évaluer la performance diagnostic de ces tests pour dépister la fibrose hépatique dans l’hémochromatose HFE. Méthode : Nous avons inclus tous les patients suivis pour une hémochromatose HFE de notre base de données qui ont eu une biopsie hépatique et une élastométrie dans l’année suivant le diagnostic entre 2005 et 2023. Les élastométries ne remplissant pas les critères de qualités (IQR > 0.3 si élastométrie > 7.1KPa) étaient exclues. Nous avons recueillis les données cliniques et démographiques des patients. La performance pour le diagnostic de la fibrose avancée (METAVIR F3-F4) de l’élastométrie, du FIB-4 et de l’APRI a été analysée en utilisant des courbes ROC. Résultats : Au total, 127 patients ont été inclus dont la majorité était des hommes (81,9%), avec un âge moyen de 50 ± 11 ans et un IMC de 26,3 ± 4 kg/m². Le taux de diabète et de consommation excessive d’alcool étaient respectivement de 10.2% et 7.9%. Le taux de ferritine moyen était de 2000 ± 1321 μg/l. La prévalence des différents stades de fibrose était pour F0F1 48.1%, F2 25.2%, F3 7.9%, et F4 18.9%. Les valeurs moyennes étaient pour l’élastométrie de 9.8 ± 8.8 kPa, le FIB-4 de 1.45 ± 0.83, et l’APRI de 0.69 ± 0.48. L’AUC pour le diagnostic de fibrose avancée était de 0.95(0.92-0.99) pour la ferritinémie, 0.92(0.87-0.98) pour l’élastométrie, 0.85(0.77-0.91) pour le FIB-4, et 0.83(0.75-0.90) pour l’APRI. Les seuils pour obtenir une sensibilité fixée à 90% étaient de, ferritine : 1854 μg/L, élastométrie : 8.65 kPa, FIB-4 : 1.18, et APRI : 0.53 ; pour obtenir une spécificité fixée à 90%, ferritine : 2318 μg/L, élastométrie : 10.1 kPa, FIB-4 : 2.04 et APRI : 0.87. En utilisant des seuils arrondis de ferritinémie à 1800 et 2300 μg/L, ou d’élastométrie à 8 et 10 kPa, 104 (80.1%) des patients étaient bien classés et 13 (10.3%) des patients auraient nécessité une biopsie hépatique. En les combinant, 114 (89.7%) des patients étaient correctement classés et 7 (5.5%) auraient eu besoin d’une biopsie, dont 4 avaient une fibrose avancée. Conclusion : Nos résultats suggèrent que le seuil de ferritinémie justifiant d’une biopsie pourrait être augmenté à 1800 μg/l en gardant une très bonne sensibilité. Les scores APRI et FIB-4 semblent être moins performants comparés à la ferritinémie et à l’élastométrie dans l’hémochromatose HFE, avec une précision diagnostique satisfaisante aux seuils de 8 et 10 kPa pour l’élastométrie. La combinaison des tests non-invasifs permettrait de réduire le nombre de biopsies nécessaires dans l’hémochromatose HFE en gardant une excellente performance diagnostique. Nous proposons d’utiliser un seuil d’élastométrie < 8 kPa ou de ferritinémie < 1800 μg/l pour exclure une fibrose avancée, et une valeur d’élastométrie ≥ 10 kPa combinée à une ferritinémie ≥ 2300 μg/l pour la confirmer.

Les transporteurs membranaires sont des protéines jouant un rôle dans la redistribution de leurs substrats, endogènes et exogènes, dans le corps. Ils permettent le transport de nutriments, de molécules de signalisation mais aussi de médicaments et de polluants environnementaux. Ils sont de ce fait des acteurs importants de leur pharmaco/toxicocinétique. Leur fonction peut être impactée directement ou indirectement par les xénobiotiques pouvant mener à des effets néfastes. Lors de ces travaux, nous avons déterminé l’impact sur les transporteurs et sur la santé que pouvaient avoir des polluants environnementaux émergents associés à l’utilisation du plastique ou à leurs déchets.

La modification et la structuration de surfaces sont des domaines clés pour le développement de nouvelles applications dans des secteurs variés comme l'électronique ou la (bio)détection. Les travaux présentés dans cette thèse s'articulent autour de deux approches de structuration de films organiques. Tout d'abord, la structuration de couches organiques fonctionnelles greffées par l'électroréduction de sels d'aryle diazonium porteurs de groupements labiles qui permettent la structuration locale du film. Puis, un travail exploratoire s'appuyant sur la structuration de films organiques constitués de molécules π-conjuguées est présenté dans le domaine émergent de la plasmonique organique.

Le Nil, la plus longue rivière du monde, repose sur des reliefs anorogéniques traversant la topographie "basin and swell" de l'Afrique, qui est contrôlée par la dynamique du manteau. Jusqu'à présent, le scénario controversé sur l'origine du Nil se concentre sur la question de savoir si sa configuration actuelle a été établie depuis l'Oligocène (~30 Ma) ou le Plio-Pléistocène (~2,5 Ma). Afin de contribuer à ce débat, une approche “source-to-sink” est appliquée à l'étude de l'évolution du bassin versant du Nil, comprenant trois analyses principales : (1) “source” : cartographie et datation des surfaces de planation (géomorphologie) contraintes par leur relation avec des roches volcaniques datés et des bassins sédimentaires, (2) “sink”: estimations du flux sédimentaire par de sections sismiques du delta du Nil, et (3) modélisation numérique soutenue par la topographie dynamique et contrainte par les analyses précédentes. Cette étude aboutit à la proposition d'un nouveau scénario pour l'évolution du bassin versant du Nil, appelé croissance progressive du bassin versant ou "capture du bassin versant", comme suit : 1) le bassin versant du Nil était autrefois composé de quatre systèmes (le système exoréique de la Marge de Téthys, les systèmes endoréiques Houdi, Soudanais, et Albertin), 2) le bassin versant du Nil s'est progressivement élargi vers le sud depuis sa première apparition au Priabonien (38-37 Ma) en capturant ultérieurement les trois anciens systèmes endoréiques, 3) la capture du Système Endoréique Soudanais a eu lieu vers 4 Ma (Pliocène), marquant l'intégration du Plateau Éthiopien dans le système du Nil, et 4) enfin, la configuration actuelle du bassin versant du Nil a été obtenue par la capture du Système Endoréique Albertin dès la fin du Pléistocène (<1 Ma).

Les modèles d'apprentissage profond basés sur les CNNs offrent des performances de pointe dans les tâches de traitement d'images et de vidéos, en particulier pour l'amélioration ou la classification d'images. Cependant, ces modèles sont lourds en calcul et en empreinte mémoire, ce qui les rend inadaptés aux contraintes de temps réel sur des FPGA embarqués. Il est donc essentiel de compresser ces CNNs et de concevoir des architectures d'accélérateurs pour l'inférence qui intègrent la compression dans une approche de co-conception matérielle et logicielle. Bien que des optimisations logicielles telles que l'élagage aient été proposées, elles manquent souvent de structure nécessaire à une intégration efficace de l'accélérateur. Pour répondre à ces limitations, cette thèse se concentre sur l'accélération des CNNs sur FPGA tout en respectant les contraintes de temps réel sur les systèmes embarqués. Cet objectif est atteint grâce à plusieurs contributions clés. Tout d'abord, elle introduit l'élagage des motifs, qui impose une structure à la sparsité du réseau, permettant une accélération matérielle efficace avec une perte de précision minimale due à la compression. Deuxièmement, un accélérateur pour l'inférence de CNN est présenté, qui adapte son architecture en fonction des critères de performance d'entrée, des spécifications FPGA et de l'architecture du modèle CNN cible. Une méthode efficace d'intégration de l'élagage des motifs dans l'accélérateur et un flux complet pour l'accélération de CNN sont proposés. Enfin, des améliorations de la compression du réseau sont explorées grâce à la quantification de Shift\&Add, qui modifie les méthodes de multiplication sur FPGA tout en maintenant la précision du réseau de base.

Cette thèse s’intéresse à l’action publique servant au développement, à l’intervention et au gouvernement des filières économiques rattachées à « l’économie bleue ». Ce domaine renvoie à l’exploitation des ressources naturelles dans un milieu marin dont la fragilité est de plus en plus reconnue. La thèse s’appuie sur une comparaison de filières émergentes issues du domaine de l’aquaculture marine dans trois régions maritimes situées dans deux pays : en Bretagne (France), au Québec Maritime et au Nouveau-Brunswick (Canada). L’enquête qualitative réalisée de 2019 à 2024 repose sur un matériau constitué d’entretiens semi-directifs et d’observations ainsi que sur le recueil de documents de politiques publiques et d’archives. Mobilisant les cadres d’analyse de la sociologie politique de l’économie, de l’action publique et des territoires, cette thèse interroge les dynamiques de construction des filières et en particulier ses composantes scientifiques et territoriales. La démonstration se déroule en deux parties. Premièrement, en proposant puis en mobilisant le concept de « régime territorialisé de filière », la thèse montre que l’institutionnalisation d’un soutien public aux filières aquacoles dépend de la capacité des promoteurs à inscrire leur projet économique dans un territoire régional et dans ses particularités écologiques, productives et politiques. Deuxièmement, l’analyse montre que les acteurs de l’économie bleue sont en concurrence pour affirmer un leadership dans les filières. Leur capacité à s’approprier les injonctions à l’innovation et à l’écologisation ainsi que leur faculté d’adaptation aux reconfigurations de la gouvernance multiniveau conditionnent leur accès aux ressources publiques.

Existe-t-il un numerus clausus des libéralités ? La formulation de l’article 893 alinéa 2 du Code civil porte à le croire : puisqu’« il ne peut être fait de libéralité que par donation entre vifs ou par testament », le de cujus ne devrait pas pouvoir disposer autrement. Ainsi le législateur aurait interdit les libéralités atypiques, qui réunissent les éléments caractéristiques d’une libéralité, mais qui ne remplissent les critères d’une libéralité « nommée » par le législateur dans le Titre II du Livre III du Code civil. Autrement dit, le caractère exhaustif de la classification légale des actes de disposition à titre gratuit emporterait l’interdiction des libéralités qui ne répondent pas à la définition légale de la donation ou du legs et qui, par ailleurs, ne font pas l’objet d’une réglementation spécifique – les libéralités innommées. Toutefois, cette lecture historique de l’article 893 alinéa 2 du Code civil ne rend plus fidèlement compte de l’état du droit positif. Aux côtés de la donation et du legs, il existe de nombreuses opérations originales qui, à l’heure actuelle, sont injustement désignées comme des « donations » (Première Partie). À ce titre, le législateur et la jurisprudence feraient mieux de reconnaître officiellement les libéralités qui n’ont pas de « dénomination propre », afin qu’on puisse leur associer un régime mieux adapté à leur originalité (Seconde Partie).

L’utilisation de composants de logiciels libres (OSS) pendant le développement d’applications comporte des risques de sécurité, à la fois pour les organisations de développement et pour les utilisateurs finaux des applications. Cela a été démontré à de nombreuses reprises au cours de la dernière décennie, depuis la vulnérabilité Heartbleed dans OpenSSL (2014) jusqu’à la récente attaque de la chaîne d’approvisionnement sur XZ Utils (2024). Cette thèse aborde deux problèmes importants dans le domaine du développement de logiciels libres: la consommation de composants dont les vulnérabilités sont connues et la consommation de paquets malveillants. Le premier problème est abordé par le développement d’une approche centrée sur le code pour détecter, évaluer et mettre à jour les dépendances open source à vulnérabilité connue. Le deuxième problème est abordé en fournissant une description systématique des vecteurs d’attaque spécifiques aux logiciels libres, un examen des paquets malveillants utilisés dans des attaques réelles et une exploration des techniques d’attaque spécifiques à l’écosystème Java.

Grâce à diverses techniques, notamment la microscopie et la biologie moléculaire, la chromatine a été décrite comme une structure hiérarchique à plusieurs échelles. Toutefois, ce modèle bien défini a été remis en question par des découvertes récentes suggérant que les fibres de chromatine soient plutôt disposées de manière irrégulière dans le noyau. De plus, la structure de la chromatine, au lieu d'être rigide et régulière, semble comme une structure plastique qui peut être réorganisée à différentes échelles pour remplir diverses fonctions nucléaires. En particulier, dans le contexte des lésions à l'ADN, l'activation de la réponse aux dommages de l'ADN (DDR) modifie l'organisation de la chromatine afin de faciliter l'accès aux lésions et de restaurer l'intégrité génomique avec précision. Ce processus de remodelage de la chromatine implique de nombreux acteurs de la réparation de l'ADN.Parmi ceux-ci, l'ADP-ribosylation, une modification post-traductionnelle, favorise le remodelage de la chromatine aux premiers stades de la DDR, soit en modifiant les histones, soit en recrutant plusieurs remodeleurs de la chromatine. Au cours de ma thèse, par le biais de la microscopie de super-resolution, j'ai obtenu une description préliminaire à l’échelle du nucleosome de la structure de la chromatin et de son remodelage à proximité des sites de lésions de l'ADN. Par ailleurs, grâce à l’utilisation de méthodes d’imagerie de cellules vivantes, j'ai pu déterminer le rôle de l'ADP-ribosylation dans le recrutement du complexe de remodelage de la chromatine ACF aux dommages à l’ADN. Enfin, j'ai examiné les fonctions potentielles des complexes de remodelage ACF et CHRAC au cours la réparation de l'ADN.