Cette thèse porte sur l'amélioration de la segmentation et de la détection des lésions de sclérose en plaques (SEP) dans l'IRM de la moelle épinière, une tâche important et complexe en pratique clinique. Une étude de la segmentation manuelle des lésions a mis en évidence une variabilité importante entre les experts, soulignant la nécessité de méthodes automatisées robustes et sensibles. Pour y répondre, nous avons étudié des stratégies de fusion pour combiner l'information de plusieurs images acquises avec des séquences IRM différentes. La fusion tardive s’est révélée particulièrement efficace, surpassant nettement les modèles basés sur une seule séquence. Enfin, la thèse introduit LesionSCynth, un cadre simple et efficace pour la synthèse de lésions réalistes de la moelle épinière, ce qui permet d'améliorer les performances dans des contextes de données limitées et de réduire la dépendance aux annotations manuelles. Globalement, les contributions de cette thèse font progresser le développement d’outils de segmentation fiables, généralisables et économes en données pour l’analyse des lésions de la moelle épinière dans la SEP.

Le testicule humain, en tant que site immuno-privilégié, est susceptible d’abriter certains virus bien au-delà de leur élimination systémique. Cette capacité à constituer un réservoir viral, en particulier pour des virus émergents tels que Zika (ZIKV), soulève d’importantes questions en santé publique, notamment en lien avec la transmission sexuelle. Si certains virus, comme le virus des oreillons, déclenchent une réponse inflammatoire aiguë associée à une clairance virale, d’autres comme le ZIKV persistent silencieusement dans les cellules germinales, contribuant à une excrétion prolongée dans le sperme. Dans ce contexte, mon projet de thèse a eu pour objectif d’étudier les interactions entre virus émergents et testicule humain à travers trois axes principaux :(i) l’infection testiculaire par CHIKV dont l’excrétion séminale prolongée a été récemment observée ; (ii) l’exploration des populations immunitaires gonadiques au cours de la vie; (iii) la caractérisation des réponses immunitaires innées des cellules myoïdes péritubulaires (PMCs). J’ai démontré pour la première fois la capacité du CHIKV à infecter le testicule humain ex vivo ainsi que le testicule simien in vivo, avec un tropisme marqué pour les PMCs. En culture, ces cellules se sont révélées fortement permissives à l’infection, contrairement aux cellules germinales non permissives. L’impact de l’infection sur les PMCs suggère un possible effet délétère de l’infection par le CHIKV sur l’homéostasie testiculaire et la fertilité. J’ai également établi un atlas des populations immunitaires gonadiques humaines à partir de données de transcriptomique unicellulaire, identifiant des populations hétérogènes de macrophages dans les gonades. Ces résultats forment un socle indispensable à la caractérisation de leurs fonctions lors d’une infection virale. Enfin, j’ai mis en évidence le rôle de sentinelles des PMCs dans le testicule. Leurs réponses immunes innées différentielles selon les virus et les voies de PRR activées (RIG-I/MDA5/TLR3, TLR2/6, STING) pourraient contribuer à orienter l’issue des infections virales du testicule vers la clairance ou la persistance. Dans l’ensemble, mes travaux apportent un éclairage nouveau sur le tropisme de virus émergents pour le testicule et sur la réponse des cellules testiculaires face à ces infections. Ils ouvrent notamment la voie à des investigations dans des cohortes de patients afin de déterminer l’impact de l’infection CHIKV sur la fertilité masculine. Ils soulignent également la spécificité fonctionnelle des PMCs, et offrent des pistes pour mieux comprendre les mécanismes qui sous-tendent la persistance ou l’élimination virale dans le testicule humain. Ces données sont importantes pour mieux comprendre, anticiper et prévenir les risques liés aux infections virales testiculaires.

Ces travaux portent sur l’élaboration par pulvérisation cathodique RF de couches minces ferroélectriques destinées à des dispositifs hyperfréquences reconfigurables et optiquement transparents. L’étude a d’abord porté sur BaTiO3, dont les performances diélectriques limitées ont conduit à se focaliser sur Ba0,7Sr0,3TiO3 (BSTO). L’optimisation des paramètres de dépôt et l’utilisation de recuits ex-situ ont permis l'élaboration de films accordables agiles en fréquence (A = 8,8%). L’intégration de couches tampon (CeO2, MgO, MgAl2O4) entre le substrat de saphir et la couche ferroélectrique BSTO a permis d'améliorer encore la qualité cristalline et les caractéristiques diélectriques, MgO apparaissant comme la meilleure solution (A = 15,6%). Le dopage au cérium (0,6% molaire) de la couche de BSTO a ensuite permis d’atteindre des performances record, avec une accordabilité A = 20,6% à 10 GHz. Ces hétérostructures diélectriques-ferroélectriques optimisées ont été intégrées dans une antenne boucle à fente micro-maillées (66% de transparence optique), validant la reconfigurabilité en fréquence (ΔF = 250 MHz) à 20 GHz. Ces travaux confirment ainsi le potentiel des couches minces ferroélectriques pour concevoir des dispositifs optiquement transparents et reconfigurables en hyperfréquences.

La maladie d’Alzheimer est l’une des maladies neurodégénératives les plus courantes. En France, environ 1 million de personnes sont touchées par cette maladie. Cette maladie se caractérise par l’apparition dans le cerveau de plaques séniles et de dégénérescences neurofibrillaires dues à l’auto-association des protéines Tau. De nos jours, il n’existe aucun traitement efficace pour ralentir ou stopper la maladie, ni de diagnostic fiable. L’objectif de cette étude est de développer une molécule capable d’inhiber la formation des neurodégénérescences en ciblant la fibrillation de Tau et de localiser les lésions grâce à un radionucléide. À partir de la séquence PHF6/β1 jouant un rôle crucial dans la formation des filaments, une cinquantaine d’hexapeptides ont été synthétisés. Ces hexapeptides ont été classées en fonction de leurs propriétés amyloïdes et agrégatives puis testées sur un modèle mono-peptidique in vitro PHF6-PHF6. Six hexapeptides ont montré une inhibition de plus de 50% de la fibrillation de PHF6, sans augmenter la formation des structures sédimentables après 24h. Par ailleurs, aucun des hexapeptides n’induit de mortalité cellulaire à 24h et 48h. Deux d’entre eux ont été couplés au chélateur de métal, le DOTA puis radiomarqués au Scandium-44 ou au Cuivre-64 pour créer des sondes moléculaires. Les expériences ont permis d’identifier les conditions optimales de radiomarquage et de confirmer la stabilité des sondes dans des solutions biologiques in vitro, sans induire de toxicité sur la viabilité cellulaire. Des études complémentaires sont prévues pour évaluer l’effet préventif des hexapeptides sur le développement des lésions cérébrales pathologiques et pour localiser ces lésions dans un modèle murin transgénique.

Les organisations jouent un rôle central dans la structuration de l’économie. Pourtant, le rôle de la structure de propriété dans les dynamiques du marché du travail a largement été négligé par la littérature. Cette thèse aborde cette question en quatre parties. Le chapitre 1 examine la manière dont différents types d’organisations réagissent au cycle économique. Les résultats montrent que les organisations à but non lucratif et les coopératives sont systématiquement moins sensibles aux fluctuations économiques que les entreprises. Le chapitre 2 étudie les conséquences de la concurrence entre organisations à but non lucratif et entreprises lucratives sur l’emploi. En s’appuyant sur une réforme ayant facilité l’entrée des entreprises dans un marché de l’aide à domicile historiquement dominé par les associations, le chapitre montre que la déréglementation a eu un effet négatif sur l’emploi, en particulier dans les zones peu peuplées. Le chapitre 3 documente l’écart d’absentéisme entre les salariés des organisations à but non lucratif et ceux des entreprises à but lucratif. Les résultats montrent que les employés du secteur non lucratif présentent des taux d’absentéisme plus élevés, principalement en raison d’absences de courte durée. Cet écart peut s'expliquer par une plus grande proportion d’individus vulnérables, ainsi que par des incitations à la présence au travail plus faibles. Enfin, le chapitre 4 examine l’écart de salaire horaire entre les salariés des organisations à but lucratif et ceux des entreprises. L’analyse montre que cet écart s’explique presque entièrement par des différences de composition sectorielle.

Cette thèse analyse les Cycles Législatifs Politiques (PLC), définis comme la manipulation stratégique du calendrier et du contenu de la production législative à l’approche des élections, révélateurs des problèmes d’agence entre électeurs et élus. Alors que les Cycles Budgétaires Politiques ont fait l’objet de nombreuses recherches, les PLC ont surtout été étudiés par le biais de cas isolés. L’approche empirique repose sur trois volets : (1) une étude en panel de vingt pays, (2) une analyse des régions italiennes et (3) une étude de contenu des lois adoptées dans huit pays, distinguant biens publics et biens privés. Les résultats soulignent le rôle central des institutions. La production législative diminue en début de mandat puis augmente fortement dans les six mois précédant les élections. L’ampleur varie selon les contextes : les systèmes proportionnels produisent des cycles supérieurs de 67 points de pourcentage aux systèmes majoritaires; les systèmes présidentiels, surtout en cas de gouvernement divisé, affichent des cycles plus marqués que les systèmes parlementaires; la décentralisation budgétaire accroît aussi l’intensité des cycles (+64 points). La relation avec le niveau de démocratie apparaît non linéaire. Les PLC sont également plus prononcés dans les régions italiennes à faible autonomie budgétaire ou alignées sur le gouvernement central. Enfin, l’analyse du contenu législatif montre que les lois sur les biens publics connaissent un pic préélectoral, contrairement aux lois ciblant des intérêts privés. Dans l’ensemble, cette thèse démontre que les PLC sont façonnés par les structures institutionnelles et budgétaires, et propose de nouveaux outils pour mesurer la redevabilité politique, ouvrant des pistes concrètes pour renforcer la gouvernance démocratique.

Ce manuscrit construit un modèle géométriquement exact de matériau micro-structuré en généralisant la notion de variétés de Riemann--Cartan. Le modèle repose sur l'interaction de deux échelles: une échelle macroscopique et une échelle microscopique. Leur couplage engendre des phénomènes émergents tels que les dislocations (torsion) et les disclinaisons (courbure). Le placement est décrit par un morphisme de fibrés du premier ordre F entre le corps micro-structuré B et l'espace ambiant micro-structuré E, permettant de tirer en arrière la géométrie de Riemann--Cartan de E sur B. Afin de permettre l'apparition de courbure, F n'est en général pas le gradient d'un placement ponctuel. Au cœur du modèle se trouve la notion nouvelle de pseudo-métrique qui, pour une structure microscopique linéaire, fournit simultanément une métrique macroscopique (analogue au tenseur de Cauchy--Green), une métrique microscopique, une forme de soudure couplant les deux échelles et une connexion (potentiellement affine). Une notion d'objectivité (isotropie de l'espace) est formalisée et les invariants associés sont calculés. Via le calcul variationnel, les équations d'Euler-Lagrange sont obtenues en dynamique et en statique. En découlent, dans le cas linéarisé, des EDPs de type Helmholtz reliant courbure et torsion, illustrées par des simulations numériques. Enfin, le modèle est appliqué à la mécanique des poutres élancées. Les modèles classiques de Timoshenko et d'Euler--Bernoulli apparaissent comme cas particuliers et une nouvelle famille continue de modèles obtenus par homogénéisations est proposée.

Les gammes spectrales du proche et du moyen infrarouge représentent deux domaines clés du spectre électromagnétique, en plein essor technologique. Le proche infrarouge (NIR/SWIR) est particulièrement intéressant pour l’imagerie active, car il permet une observation fiable même en conditions de faible luminosité ou d’obscurité totale, un atout majeur pour les secteurs de la sécurité et de la défense. Toutefois, l’imagerie active nécessite des sources lumineuses à la fois puissantes et à forte luminance, ce que les sources actuelles ne parviennent pas toujours à satisfaire pleinement. Les concentrateurs de lumière offrent une solution particulière permettant la redirection de l’émission spontanée dans une direction préférentielle, répondant ainsi aux contraintes de puissance et de luminance requises par l’imagerie active. Dans cette optique, les verres de chalcogénures dopés aux ions de terres rares se positionnent idéalement. Un deuxième axe majeur de cette thèse concerne le développement de sources moyen infrarouge intégrées sur silicium, également à base de verres de chalcogénures dopés aux ions de terres rares. L’une des applications clés de cette technonlogie concerne les capteurs moyen infrarouge qui permettent un accès direct aux bandes d’absorption fondamentales, ce qui rend possible la détection de faibles concentrations de diverses substances avec une grande spécificité et une interférence minimale. Les plateformes photoniques sur silicium comptent parmi les technologies les plus largement utilisées en photonique intégrée. Les approches actuellement développées pour cette intégration atteignent leurs limites dans le moyen infrarouge. Ainsi, l’intégration des verres de chalcogénures dopés terres rares sur silicium permettrait de relever les défis actuels liés aux sources moyen infrarouge intégrées, en raison de leur large transparence dans le moyen infrarouge et de leur faible énergie de phonon.

Cette thèse analyse les causes et les effets de la perception de lourdeur administrative dans la mise en œuvre de la politique de cohésion de l’Union européenne, à partir d’une enquête conduite en Auvergne Rhône-Alpes. En mobilisant une approche comportementale et une méthodologie mixte croisant données qualitatives et quantitatives, elle montre que cette perception ne résulte pas uniquement d’une charge administrative objective, mais se construit progressivement tout au long du cycle de la politique publique : depuis sa formulation, en passant par sa mise en œuvre, jusqu’à sa réception par les bénéficiaires. Malgré l’ambition affichée de simplification, des exigences rigides inscrites dans le cadre réglementaire, combinées à certaines dynamiques de mise en œuvre, engendrent des situations d’ambiguïté, une charge administrative élevée pour les porteurs de projet et des délais importants dans l’instruction et le paiement des subventions. L’analyse de la variabilité de cette perception permet d’éclairer les facteurs qui y contribuent, en fonction des caractéristiques des bénéficiaires, du contexte institutionnel et de la nature des projets financés. La lourdeur administrative n’est pas sans conséquences : elle tend à renforcer les inégalités d’accès, à affaiblir l’utilité perçue des fonds européens et à fragiliser la capacité de mise en œuvre des porteurs. En restituant l’expérience des bénéficiaires, cette thèse propose une lecture renouvelée des tensions à l’œuvre dans la mise en œuvre d’une politique publique européenne.

La forme des cellules épithéliales et leur adhésion sont des processus étroitement coordonnés, essentiels à la morphogenèse tissulaire et au bon fonctionnement des tissus. La forme cellulaire est déterminée à la fois par des facteurs intrinsèques, tels que l'organisation du cytosquelette, et par des propriétés extrinsèques dues aux interactions physiques avec les cellules voisines, en particulier au niveau des jonctions adhérentes (AJs). La myosine non musculaire de type II (MyoII) joue un rôle central dans la mise en forme des cellules, son activité étant finement régulée dans l’espace et dans le temps. L’activation de MyoII est induite par les GTPases Rho, qui sont elles-mêmes activées par des facteurs d’échange de nucléotides guanine (GEFs) et inhibées par des protéines activatrices de GTPase (GAPs). Dans cette étude, un criblage basé sur l’interférence par ARN (RNAi) des GAPs et GEFs a permis d’identifier des régulateurs de la dynamique de MyoII et de la forme cellulaire dont deux candidats, PlexA et Cyst, ont été caractérisés plus en détail. Dans l’ensemble, ce travail fournit une ressource importante quant au rôle des GEFs et des GAPs dans la morphogenèse et l’homéostasie de l’épithélium du thorax dorsal chez la Drosophile. Cela offre aussi de nouvelles perspectives sur la manière dont la contractilité de l’actomyosine est intégrée à la forme cellulaire et à la dynamique des jonctions.