Le séquençage du génome entier d'une seule cellule (scWGS) pour étudier les bactéries s'est développé ces dernières années. Les microbiologistes sont particulièrement intéressés par cette approche pour accéder à l'échelle de la population de l'organisation des bactéries et évaluer le potentiel d'évolution et d'interaction de ces structures bactériennes. Le scWGS devrait également accélérer la découverte de bactéries inconnues et fournir un contenu génomique plus précis que la métagénomique traditionnellement utilisée, qui n'est pas adaptée à la description des communautés bactériennes à des échelles organisationnelles fines. Dans la pratique, les scWGS sont peu utilisés en raison de leurs limites en termes de coût, d'équipement nécessaire, de temps de manipulation long et de génomes récupérés partiels et contaminés. J’ai développé une préparation de librairies génomique unicellulaire afin de proposer une approche facile à utiliser avec un coût limité et discute ses possibles améliorations futures. Pour compenser le manque de procédures de décontamination universelles pour de tels jeux de données, un pipeline de décontamination automatisé a été développé et permet l'unification du traitement des données unicellulaires. Je démontre, sur des souches bactériennes pures et environnementales, la nécessité d'une procédure de décontamination systématique et souligne les avantages du scWGS par rapport à la métagénomique. Enfin, je discute des perspectives techniques et écologiques que cette approche a à offrir à la microbiologie.

Le contrôle de la personne est au cœur du régime de la protection des données personnelles, car il concentre les préoccupations sociétales en raison des conséquences des usages des données sur la conduite de la vie des personnes. Cela explique que l’individu dispose de différentes prérogatives pour maîtriser le devenir de ses informations. Malgré cela, la réalité du contrôle de la personne est remise en cause, notamment en raison de la dualité inhérente au régime de la protection des données. Ce dernier a en effet pour double finalité d’assurer la protection des personnes sans contrarier la libre circulation des données. Dès lors, le contrôle de la personne est marqué par cette dualité. Afin que cette dernière n’en vide pas le sens, il est possible de réorganiser les fondements de manière à proposer une nouvelle lecture des fonctions du contrôle. Dans un premier temps, les sources primitives du contrôle peuvent être situées à la fois dans la liberté individuelle ainsi que dans son expression civiliste des droits de la personnalité. Ces derniers n’empêchent pas leur circulation. Ils conjuguent la patrimonialisation des données avec le marché qui s’organise autour d’elles. C’est donc par l’intermédiaire du contrat comme fondement dérivé du contrôle de la personne que cette conciliation des intérêts divergents est possible. Ainsi, dans un second temps, les fonctions du contrôle peuvent être relues à l’aune de ces fondements. D’une part, le contrôle de la personne a une fonction prophylactique en raison de la place de l’information et, car aucun droit individuel ne permet une réelle maîtrise des données. Il revêt alors, d’autre part, une fonction sanctionnatrice en ce qu’il participe de la régulation des traitements qui peut aboutir à une sanction dont la personne ne sera que rarement bénéficiaire.

Dans le cadre d’un précédent projet, nous avons pu mettre en évidence que de jeunes femmes adultes, confrontées à des situations émotionnelles négatives, pouvaient présenter une consommation alimentaire excessive, ceci étant défini comme hyperphagie émotionnelle (HE). L’HE peut être un facteur de risque à moyen terme, si répétée, concourant à l’établissement de troubles du comportement alimentaire, eux-mêmes pouvant mener à plus long terme à la mise en place de pathologies liées à l’alimentation : désordres métaboliques, obésité, diabète de type 2. Une intervention préventive pour limiter l’HE serait donc recommandée pour empêcher l’établissement de ces pathologies. Le fait qu’une situation émotionnelle délétère induise une augmentation momentanée de la consommation alimentaire suggère une implication de structures cérébrales impliquées dans la motivation alimentaire (striatum ventral), la récompense (noyau accumbens), mais aussi les émotions (amygdale), ainsi que dans un contrôle cognitif défaillant notamment au niveau du cortex préfrontal (PFC). Par conséquent, l’amélioration du contrôle cognitif, via une augmentation de l’activité du PFC est une stratégie prometteuse pour l’amélioration de ces troubles. L’amélioration contrôlée de la réponse du PFC par le sujet est réalisable par l’approche de « neurofeedback », qui consiste à présenter le niveau d’activité du PFC au sujet et de lui demander de l’augmenter de manière volontaire et autonome lors de sessions d’entrainement répétées. Cette approche a déjà montré son efficacité dans le cas de la régulation des émotions. Parmi les différentes modalités d’imagerie employées pour le neurofeedback, la fNIRS est actuellement la plus facile et la moins coûteuse à mettre en œuvre. Pour l’instant, aucune intervention de neurofeedback via la fNIRS n’a été réalisée dans le cadre de troubles du comportement alimentaire.

La thèse examine l’ennemi et ses représentations dans l’armée de Terre française depuis 1945 à partir de l’étude de quatre conflits qui donnent lieu à des opérations militaires françaises : la guerre d’Indochine, la guerre d’Algérie, le conflit en Afghanistan et celui au Sahel. S’inscrivant dans une perspective constructiviste proche de l’analyse cognitiviste, elle a pour but d’interroger la façon dont l’ennemi est conceptualisé, construit et rendu opérationnel par les officiers français. À partir d’une enquête qualitative reposant sur des observations et des entretiens semi-directifs et d’une enquête archivistique au Service historique de la Défense, la thèse analyse le système de représentations de l’ennemi en ce qu’il est produit par ceux qui l’ont combattu. Elle procède à une analyse à différents niveaux : de l’individu à l’état-major. Ainsi, la thèse éclaire en premier lieu ce que l’ennemi signifie pour les officiers en ce qu’il fait naître des affects, partagés, transmis dans la durée, donnant lieu à une mémoire de l’inimitié la plus hostile. Ensuite, elle interroge les représentations de l’ennemi construites par le renseignement militaire en tant qu’acteur premier d’une construction qui sert ensuite la décision au sein d’un état-major. La thèse s’intéresse aux notions de cadre et de cadrage au travers desquels l’ennemi est conçu et questionne, dans la dernière partie, la façon dont il devient un facteur de décision, tant que l’information à son sujet est diffusée au sein d’un état-major.

Le droit de la responsabilité administrative se caractérise par son aspect éminemment casuistique. Sans remettre totalement en cause la pertinence de la présentation classique entre la responsabilité pour faute et sans faute, il est possible de trouver une notion transcendant ces deux pans de la responsabilité administrative : l’anormalité. La notion est présente à l’origine dans la responsabilité sans faute, par la condition de préjudice anormal et spécial. Or, elle est aussi employée de façon plus discrète par le juge administratif à propos des conditions de faute et de risque. Faisant la jonction entre le fait générateur et le préjudice, l’anormalité innerve aussi le lien de causalité.Elle constitue ainsi le marqueur de la responsabilité administrative. Notion relative et souple, l’anormalité confère au juge une capacité d’adaptation constante aux faits et situations qui lui sont soumis. C’est dans la faute que ses effets se sont déployés avec le plus d’intensité. La graduation de l’anormalité entraîne une gradation des fautes, laquelle confère au juge une certaine latitude vis-à-vis de l’Administration. L’anormalité devient alors le vecteur supposé d’une logique de sanction et de régulation des comportements anormaux les plus graves. L’anormalité joue ainsi un rôle dans l’imputation de la réparation au responsable, ainsi que sur la forme de celle-ci.